New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3102573 | 38 (0.630) | 6 (0.110) | 5/222 | NT | 13.6% | coding (361/642 nt) | PP_2712 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 3102593 | 41 (0.740) | coding (381/642 nt) | PP_2712 | hypothetical protein |
GTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGCAGAAGCGCTACCCTGAAGCTACCGCC > NC_002947/3102451‑3102740 | gTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggct > 2:871577‑M2/1‑143 (MQ=255) ttGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctg > 2:1261022‑M2/1‑142 (MQ=255) tGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctgg > 2:1479794‑M2/1‑141 (MQ=255) ggTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCTGTTTCGGt < 2:1505014/150‑1 (MQ=255) cTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGt > 2:221207/1‑144 (MQ=255) cTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGt < 1:221207/144‑1 (MQ=255) cACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATgg > 2:1270819/1‑150 (MQ=255) aCTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGt < 1:145107/136‑1 (MQ=255) aCTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGAACCCCCCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGt > 2:145107/1‑136 (MQ=255) tGGGCAAGGTTAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGAAGCCGAGAtagtcg > 2:292142/1‑145 (MQ=255) aaGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGa < 2:1438279/131‑1 (MQ=255) aaGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGa > 1:1438279/1‑131 (MQ=255) aGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGc > 2:827774/1‑108 (MQ=255) aGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGc < 1:827774/108‑1 (MQ=255) ggcgAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCg < 2:97590/116‑1 (MQ=255) ggcgAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCg > 1:97590/1‑116 (MQ=255) gCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTg < 1:1356444/150‑1 (MQ=255) gCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGa < 1:795795/150‑1 (MQ=255) gAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAAc < 1:652518/150‑1 (MQ=255) aGCAGTCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCTTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGTTTTTGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAAcc < 1:292142/150‑1 (MQ=255) gggcATGAAATTGGACCGCGCCGCCCTGCAAGGTTGGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCaa < 2:151028/147‑1 (MQ=255) cATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACgg > 1:1427913/1‑150 (MQ=255) cATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGATTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGGGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCAGTGATGCGGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAAAgg > 1:647317/1‑150 (MQ=255) aaaTTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATc < 1:65723/150‑1 (MQ=255) cccGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAAc > 2:1269372/1‑150 (MQ=255) tGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTg < 2:1616156/148‑1 (MQ=255) tGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTg > 1:1616156/1‑148 (MQ=255) gCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCTGAGATGGCCGACAAGAtgct < 1:1248144/86‑1 (MQ=255) gCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCTGAGATGGCCGACAAGAtgct > 2:1248144/1‑86 (MQ=255) cTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGt > 2:1202736/1‑150 (MQ=255) ttACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTa > 2:194402/1‑150 (MQ=255) acCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccaggctagctttcgccgccttgaccttgcccagtgcaccgaggccacccgtcgcccccgccc < 2:524646‑M2/150‑121 (MQ=255) acCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccaggctagctttcgccgcctt > 2:173888‑M2/1‑30 (MQ=255) acCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccaggctagctttcgccgcctt < 1:173888‑M2/109‑80 (MQ=255) ccAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGc > 2:1564971/1‑150 (MQ=255) gCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccag > 1:1393139‑M2/1‑26 (MQ=255) gCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccag < 2:1393139‑M2/87‑62 (MQ=255) tGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGCAGAAgc < 1:1202736/150‑1 (MQ=255) cACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGCAGAAGCGCTa > 1:1342929/1‑150 (MQ=255) aCGCTGTATGACCAGGTGccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccaggctagctttcgccgccttgaccttgcccagtgcaccgaggccacccgtcgcccccgcccaactgctgttga > 1:524646‑M2/1‑18 (MQ=255) cGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGCAGAAGCGCTAcc < 2:1342929/150‑1 (MQ=255) cGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGCAGAAGCGCTAcc < 2:1427913/150‑1 (MQ=255) tGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGa < 1:919759/60‑1 (MQ=255) tGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGa < 1:400406/100‑1 (MQ=255) tGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGa > 2:400406/1‑100 (MQ=255) tGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTGCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGa > 2:919759/1‑60 (MQ=255) tGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGatcatc > 2:775326/1‑122 (MQ=255) tGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGatcatc < 1:775326/122‑1 (MQ=255) gACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGCAGAAGCGCTACCCTGAAGCt > 2:1615467/1‑150 (MQ=255) gACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCAAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGCAGAAGGGCTAGCATGAAGCt > 2:791539/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGCAGAAGCGCTACCCTGAAGCTAc > 1:575346/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGCCAGGCTGGCCTAGCTGTTTCGGTGATGCCAAGATGGCCGAAAAGATGCTGCGCACAGCCTTGCAGATCAAGCCAAACGCTATCCACAGCAACTATTTCTGGACCGATCATCTGTCTCGAAAGAAGCGCTACACTGAACCTAc > 2:312244/1‑150 (MQ=255) ggTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTgg > 2:987336/1‑106 (MQ=255) ggTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTgg < 1:987336/106‑1 (MQ=255) gTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGCTCATCTGTATCGGCAGAAGCGCTACCCTGAAGCTAccgcc < 1:1564971/150‑1 (MQ=255) | GTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGCAGAAGCGCTACCCTGAAGCTACCGCC > NC_002947/3102451‑3102740 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |