| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5159794 = | 86 (1.440) | 6 (0.140) | 5/178 | NT | 9.7% | intergenic (+9/+97) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 5159871 = | 48 (1.080) | intergenic (+86/+20) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
ATTGCCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGA > NC_002947/5159645‑5159943 | aTTGCCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTgcg‑c > 2:1140931/1‑150 (MQ=255) cccGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGcc < 2:682812/150‑1 (MQ=255) ggcattacctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCttt < 1:996185‑M1/8‑1 (MQ=255) ttacctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTcgc > 1:241403‑M1/139‑150 (MQ=255) acctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgccggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCgg > 2:1099185‑M1/137‑150 (MQ=255) cctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCggg < 1:673749‑M1/15‑1 (MQ=255) ctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttatcatgaaggcacgggaaggggtcaaggggtaggccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctttgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGt < 1:1518918‑M1/16‑1 (MQ=255) tgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTa < 2:1498866‑M1/17‑1 (MQ=255) gCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTaa > 1:1390948/1‑150 (MQ=255) gctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTtcgcggagat < 1:912392‑M1/18‑5 (MQ=255) ggtgCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGc < 1:1193672/150‑1 (MQ=255) ggtgCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGc < 2:1480537/150‑1 (MQ=255) cccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGc > 1:1421393‑M1/127‑150 (MQ=255) tgCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATCGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTc < 1:1107511/150‑1 (MQ=255) ggACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac > 2:1090597/1‑150 (MQ=255) gttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac < 1:182194‑M1/30‑1 (MQ=255) gttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac > 1:1043157‑M1/121‑150 (MQ=255) ttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa < 1:846500‑M1/29‑1 (MQ=255) ttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa > 2:846500‑M1/120‑148 (MQ=255) aaGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAg > 1:126107/1‑150 (MQ=255) gggCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGtt < 2:243085/150‑1 (MQ=255) gggCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGtt > 2:1112520/1‑150 (MQ=255) gggCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGtt > 1:1373746/1‑150 (MQ=255) gCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCg > 1:995206/1‑150 (MQ=255) gCGAATTAGCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGAGTCGCTTGACCCCTGCG‑CGGCC‑TTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGc < 2:441920/150‑1 (MQ=255) aaTTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTa < 2:860193/150‑1 (MQ=255) aTTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTAt < 1:1070859/150‑1 (MQ=255) cGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑Tg < 2:811755/150‑1 (MQ=255) 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ggCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGc < 2:995206/150‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGTgg > 1:1394767/1‑150 (MQ=255) cAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCgg < 2:240495/150‑1 (MQ=255) gctgaaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgcagcggcgcgggcgatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgcgc‑GGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCggg > 2:644040‑M1/94‑150 (MQ=255) agcaagaGTGATTTGCTGGAGCAGGAAGGGCTGTGTGCCAGGTTGTGGCACCATCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATCTACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAGACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCggg < 2:371261/144‑1 (MQ=255) gcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTc > 2:196950‑M1/91‑116 (MQ=255) gcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTc < 1:196950‑M1/26‑1 (MQ=255) aGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCgg < 2:864877/100‑1 (MQ=255) aGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTAcc > 1:745844/1‑150 (MQ=255) cTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCCAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCgg < 1:221168/134‑1 (MQ=255) cTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCgg > 2:221168/1‑134 (MQ=255) 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gAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCTGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAAc < 2:126107/150‑1 (MQ=255) gAGGTTGTGTCGGGGACGGTTGACACCTGCG‑GGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACACAGGTACGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAAc < 2:623281/150‑1 (MQ=38) gTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATc > 2:1518918/1‑150 (MQ=255) ttttGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATcc > 1:640725/1‑150 (MQ=255) gggTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCTT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGcc > 2:1358659/1‑150 (MQ=255) gggTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAg > 1:1556468/1‑102 (MQ=255) gggTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAg < 2:1556468/102‑1 (MQ=255) gagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCgg > 1:1040159‑M1/21‑77 (MQ=255) gagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCgg < 2:1040159‑M1/57‑1 (MQ=255) ggTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCgg > 2:682491/1‑75 (MQ=255) ggTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCgg < 1:682491/75‑1 (MQ=255) gATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTc > 1:930803/1‑150 (MQ=255) aTTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAg < 1:835156/86‑1 (MQ=255) ttGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCgg > 1:1269790/1‑150 (MQ=255) acacCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTAcc > 2:811603/1‑73 (MQ=255) acacCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTAcc < 1:811603/73‑1 (MQ=255) acacCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGc < 2:1166386/84‑1 (MQ=255) acCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATccccc < 1:302516/133‑1 (MQ=255) acCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATccccc > 2:302516/1‑133 (MQ=255) acCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATAc < 2:1182219/150‑1 (MQ=255) gcg‑cGGCGTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCAAAAAGTCTGTCACACGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACCTCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCt < 2:470273/150‑1 (MQ=38) cg‑cgGCCTTCCCGCCGGAAAACCCGGTCCTACACTGGTTCGCTATCGT‑TGAAAGAGCGTGTTTCCCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCtt < 2:305963/150‑1 (MQ=255) CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGa > 2:1269790‑M1/1‑150 (MQ=255) CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGAGCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGGCCCTTCGGCCTACCCCTtgg < 2:1589159‑M1/150‑2 (MQ=255) | ATTGCCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCG‑CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGA > NC_002947/5159645‑5159943 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |