| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5984491 | 57 (0.950) | 9 (0.190) | 10/194 | NT | 16.1% | intergenic (+31/+58) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| ? | NC_002947 | = 5984511 | 48 (0.990) | intergenic (+51/+38) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase | |||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGT > NC_002947/5984342‑5984637 | ggATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGC < 1:353605‑M1/150‑1 (MQ=255) gCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACGGTCg > 1:1340123/1‑150 (MQ=255) aTCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCt < 2:270769/150‑1 (MQ=255) tGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGGCTTTGCATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTa > 2:1003926/1‑150 (MQ=255) tGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTa < 2:1428288/150‑1 (MQ=255) gTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCccctacagccgaccgtag > 1:1472326‑M1/1‑132 (MQ=255) gTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAg > 2:1343121/1‑150 (MQ=255) gTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCccctacagccgaccgtaggag > 1:640072‑M1/1‑129 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCccctacagccgaccgtaggagcgg < 2:1472326‑M1/150‑25 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCccctacagccgaccgtaggagcgg < 2:640072‑M1/150‑25 (MQ=255) ggTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcggg > 2:24699‑M2/1‑145 (MQ=255) gTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAGGCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgg < 1:414798‑M2/148‑5 (MQ=255) gTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgg > 2:414798‑M2/1‑144 (MQ=255) gCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcggggtta < 2:936662‑M2/150‑10 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTc > 2:1504416/1‑129 (MQ=255) cAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttaccc > 2:1340123‑M2/1‑138 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAgcgggtttacccgcgaa > 2:246827‑M2/1‑133 (MQ=255) cggcggGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCccctacagccgaccgtaggagcgg > 1:991148‑M1/1‑110 (MQ=255) 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tCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTa > 2:658132/1‑102 (MQ=255) tCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTa < 1:658132/102‑1 (MQ=255) gCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTTTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaa < 2:882407‑M2/120‑18 (MQ=255) gCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaa > 1:882407‑M2/1‑103 (MQ=255) gCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAg > 2:124014/1‑150 (MQ=255) gCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGATGTAGTGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAg < 1:936662/150‑1 (MQ=255) aGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggc < 1:701352‑M2/123‑23 (MQ=255) aGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggc > 2:701352‑M2/1‑101 (MQ=255) gCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgg > 1:1603508‑M2/1‑89 (MQ=255) gCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgg < 2:1603508‑M2/93‑5 (MQ=255) cGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACa > 2:1507908/1‑116 (MQ=255) cGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACa < 1:1507908/116‑1 (MQ=255) ggATTCGTGCCAGTCTACCTTTGAATCGCACATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCTTGGGTAAACACGCTCCTACGTTCGGTTATAGGGGCGAGTTTAACCGCTTAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAAGCCAACGCTGCTTAGCt > 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2:882407‑M1/120‑104 (MQ=255) cgcgGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAg < 1:1367329/150‑1 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCt < 1:250652/150‑1 (MQ=255) ggTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCt > 1:785440/1‑150 (MQ=25) ggTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCGGGTTTACCCGAGAATGGGCCGGCACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCt > 1:785469/1‑150 (MQ=25) gTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCa > 1:1211417/1‑81 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGa < 1:1003926/150‑1 (MQ=255) cccGCccctacagccgaccgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaa > 1:50933‑M1/1‑5 (MQ=255) cccGCccctacagccgaccgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaa < 2:50933‑M1/88‑84 (MQ=255) ccGCtcctacggtcggctgtaggggcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacaccagcgcctgcagctgcccgccg > 2:991148‑M1/1‑4 (MQ=255) ccGCccctacagccgaccgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacaccagcgcctgcagctgcccgccgtgggcctgagccac > 2:414798‑M1/1‑4 (MQ=255) ccGCccctacagccgaccgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggc > 1:1603508‑M1/1‑4 (MQ=255) ccGCccctacagccgaccgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggc < 2:1603508‑M1/93‑90 (MQ=255) ccGCccctacagccgaccgtaggagcgcctttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacaccagcgcctgcagctgcccgccgtgggcctgagccac < 1:414798‑M1/148‑145 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacaccagcgcctgcagctgcccgccgtgggcctgagccaccg < 2:640072‑M2/150‑127 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgacacgaatccggcatccacccaactgcgacaccagcgcctgcagctgcccgccg > 1:991148‑M2/1‑24 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcaga > 1:1566565‑M2/1‑24 (MQ=255) ccGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcaga < 2:1566565‑M2/77‑54 (MQ=255) cGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgaca < 1:1638654‑M2/82‑60 (MQ=255) cGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGgcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatgcgtgattcaaaggcagactgaca > 2:1638654‑M2/1‑23 (MQ=255) | GGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCTGCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAGGTTACCCAGCCCTTCGATGT > NC_002947/5984342‑5984637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |