New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 831493 = | 73 (1.220) | 4 (0.070) | 4/230 | NT | 5.8% | coding (764/1515 nt) | PP_0715 | outer membrane efflux protein |
? | NC_002947 | 831529 = | 61 (1.060) | coding (800/1515 nt) | PP_0715 | outer membrane efflux protein |
CGAGCTCGACTGGCAGCAGGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGCGCCGCCCGGACATCCGCGCCGCCGAGCAGGCAGTGGCGGCGCAGTCGGCGCTGGTCGGGGTGGCCGAGGCCGATCTTTATCCACA > NC_002947/831380‑831676 | cgaGCTCGACTGGCAGCAGGAGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCa > 1:464629/1‑150 (MQ=255) aGCTCGACTGGCAGCAGGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATCCTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATg < 1:202776/150‑1 (MQ=255) gCTCGACTGGCAGCAGGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATgg < 1:481509/150‑1 (MQ=255) gCTCGACTGGCAGCAGGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATgg < 1:165022/150‑1 (MQ=255) cTCGACTGGCAGCAGGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGc > 2:219664/1‑150 (MQ=255) gACTGGCAGCAGGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCaa > 2:686467/1‑150 (MQ=255) tGGCAGCAGGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTg > 2:899169/1‑150 (MQ=255) ggCAGCAGGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGc < 2:1562059/150‑1 (MQ=255) gcagcaGGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCTTCCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGcc > 1:131217/1‑150 (MQ=255) gcagcaGGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGcc > 1:1472781/1‑150 (MQ=255) gcagcaGGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGcc < 1:952512/150‑1 (MQ=255) cagcagGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCAt > 2:336939/1‑138 (MQ=255) cagcagGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCAt < 1:336939/138‑1 (MQ=255) cagcagGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGccc > 1:1271964/1‑150 (MQ=255) agcagGCGCGTACTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCt > 1:310645/1‑150 (MQ=255) cTCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTAACGATTCATATAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCggg < 2:131217/150‑1 (MQ=255) tCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGc > 1:1521972/1‑150 (MQ=255) tCAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGc > 2:923662/1‑150 (MQ=255) cAATACCTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCa < 1:899169/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGtt > 2:204663/1‑150 (MQ=255) tGGCGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGc > 2:1337998/1‑150 (MQ=255) ggatgtccgggcggcgctgcagcaggctggcaggtacatcctgcaacactgcccggttgggcaagggcagttggccatGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCAt < 1:891015‑M1/38‑1 (MQ=255) ggatgtccgggcggcgctgcagcaggctggcaggtacatcctgcaacactgcccggttgggcaagggcagttggccatGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCAt > 2:891015‑M1/79‑116 (MQ=255) cGACCCTGGCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAgg < 2:1472781/150‑1 (MQ=255) tGGCCCCCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCCGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTAc < 2:902477/150‑1 (MQ=255) gCCACCATTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCt < 1:880733/150‑1 (MQ=255) caccaTTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGc < 2:1246643/150‑1 (MQ=255) caccaTTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGc > 2:754861/1‑150 (MQ=255) caTTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCgg > 2:1330577/1‑124 (MQ=255) caTTCCCGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCgg < 1:1330577/124‑1 (MQ=255) cccGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCctg < 1:923662/150‑1 (MQ=255) ccGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCctgc < 2:1521972/150‑1 (MQ=255) cGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGTTGGATGCCGGGCATTGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCctgct < 1:1480453/150‑1 (MQ=255) cGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCtt > 2:1626949/1‑108 (MQ=255) cGAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCtt < 1:1626949/108‑1 (MQ=255) gAGTTCGAGAACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCctgctg < 2:1274532/150‑1 (MQ=255) gagaACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGc < 2:1552258/90‑1 (MQ=255) gagaACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGc > 1:1552258/1‑90 (MQ=255) gagaACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAgcgc > 1:193278/1‑150 (MQ=255) gagaACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAgcgc > 1:762069/1‑150 (MQ=255) gagaACCAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCAGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAgcgc > 1:1571400/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGcgcc < 1:893415/146‑1 (MQ=255) ccAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGcgcc > 2:893415/1‑146 (MQ=255) ccAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGCGCCGccc > 2:1035140/1‑150 (MQ=255) cAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGcccggtt < 1:1584100/103‑5 (MQ=255) cAGCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGcccggtt > 2:1584100/1‑99 (MQ=255) gCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGcgcc > 2:1109466/1‑143 (MQ=255) gCTCAACGCCCTGCGCAACATACTGTGCTCGCTGCTTGGCCGCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGcgcc < 1:1109466/143‑1 (MQ=255) 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atgcccggcctccagctgcggcagcggcccgggcgggcATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGCGCCGCCCGGACATcc < 1:891015‑M2/78‑1 (MQ=255) GCCCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGCGCCGCCCGGACATCCGCGCCGCCGAGCAGGCAGTGGCGGCGCAGTCGgcgc < 2:1202672‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGCGCCGCCCGGACATCCGCGCCGCCGAGCAGGCAGTGGCGGCGCAGTCGGCGCTg > 1:681138‑M1/1‑150 (MQ=255) CCGCCCGGGCCGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTAACTGCCGGCTTGTTGATGATTCGCCCGGACATCCGCGCCGCCGAGCAGGCAGTGGCGGCGCATTCGGCGCTg < 1:1427108‑M1/150‑1 (MQ=255) ccGCTGCCGCAGCTGGAGGCCGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGCGCCGCCCGGACATCCGCGCCGCCGAGCAGGCAGTGGCGGCGCAGTCGGCGCTGGTCGGGGTg < 2:1271964/150‑1 (MQ=255) 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ccGGGCATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGCGCCGCCCGGACATCCGCGCCGCCGAGCAGGCAGTGGCGGCGCAGTCGGCGCTGGTCGGGGTGGCCGAGGCCGATCTTTATc < 2:387692/150‑1 (MQ=255) cgggcATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGCGCCGCCCGGACATCCGCGCCGCCGAGCAGGCAGTGGCGGCGCAGTCGGCGCTGGTCGGGGTGGCCGAGGCCGATCTTTATcc > 2:892443‑M2/6‑150 (MQ=255) gcATGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGCGCCGCCCGGACATCCGCGCCGCCGAGCAGGCAGTGGCGGCGCAGTCGGCGCTGGTCGGGGTGGCCGAGGCCGATCTTTATCcaca > 1:55212‑M2/3‑150 (MQ=255) aTGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGCGCCGCCCGGACATCCGCGCCGCCGAGCAGGCAGTGGCGGCGCAGTCGGCGCTGGTCGGGGTggccgaggc > 2:107343/1‑133 (MQ=255) aTGGCCAACTGCCCTTGCCCAACCGGGCAGTGTTGCAGGATGTACCTGCCAGCCTGCTGCAGCGCCGCCCGGACATCCGCGCCGCCGAGCAGGCAGTGGCGGCGCAGTCGGCGCTGGTCGGGGTggccgaggc < 1:107343/133‑1 (MQ=255) | 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |