New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3419393 = | 59 (0.990) | 3 (0.060) | 3/216 | NT | 5.9% | intergenic (‑5/+103) | PP_5553/PP_3033 | hypothetical protein/CI/C2 family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3419425 = | 43 (0.800) | intergenic (‑37/+71) | PP_5553/PP_3033 | hypothetical protein/CI/C2 family transcriptional regulator |
GTAGTGACGAATGCGCAGCCGTGTTGCTTGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTGGGTCTCTTCCGTGATGTCTATGATTGGATACTGAG > NC_002947/3419282‑3419572 | gTAGTGACGAATGCGCAGCCGTGTTGCTTGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCaa < 2:692226/150‑1 (MQ=255) tAGTGACGAATGCGCAGCCGTGTTGCTTGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAAc > 1:1508804/1‑150 (MQ=255) gTGACGAATGCGCAGCCGTGTTGCTTGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACtt < 1:1272078/150‑1 (MQ=255) tGACGAATGCGCAGCCGTGTTGCTTGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTtg > 1:295421/1‑150 (MQ=255) ggtaaggtcgtgggctccttcatccccgagtgatcaacccatcgacccacggccctcttaagaaatcaattttcagttgacataaaacaaccacaagttgatatttgcctcactctgtggtggaagagtgaggcaaATATCAACTTGTgg < 1:664657‑M2/14‑1 (MQ=255) cGAATGCGCAGCCGTGTTGCTTGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTgg < 2:1066815/150‑1 (MQ=255) gAATGCGCAGCCGTGTTGCTTGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGgt > 1:891012/1‑150 (MQ=255) cgcAGCCGTGTTGCTTGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGCATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGttt > 1:526018/1‑150 (MQ=255) gcAGCCGTGTTGCTTGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGtttt < 2:1157825/150‑1 (MQ=255) ttGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTAt < 1:149456/139‑1 (MQ=255) ttGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTAt > 2:149456/1‑139 (MQ=255) tGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGaaaa < 1:1197447/150‑1 (MQ=255) gCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAAc < 1:1603144/121‑1 (MQ=255) gCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAAc > 2:1603144/1‑121 (MQ=255) gTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCaa < 2:592773/137‑1 (MQ=255) gTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCaa > 1:592773/1‑137 (MQ=255) cGGACGTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCTTCACTCTGTGGTGGAAGAGGGAGGCAAATATGAGCTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTTATTTCTTa > 2:570656/1‑150 (MQ=255) ggACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTaa > 2:475328/1‑150 (MQ=255) tttGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAgg < 2:295421/150‑1 (MQ=255) 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2:1046812/1‑99 (MQ=255) ggCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATg < 1:1046812/99‑1 (MQ=255) gctgGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCgg < 2:1508804/150‑1 (MQ=255) ggatggaCATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGt < 1:991778/124‑1 (MQ=255) ggatggaCATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGt > 2:991778/1‑124 (MQ=255) tggaCATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTtgtg < 1:1213689/78‑1 (MQ=255) tggaCATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTtgtg > 2:1213689/1‑78 (MQ=255) gaCATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCCCGGTATTGCTTCAGTTTGTGGTTGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAg < 1:1598601/150‑1 (MQ=255) gaCATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAg < 1:475328/150‑1 (MQ=255) tGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCgg < 2:663476/138‑1 (MQ=255) tGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCgg > 1:663476/1‑138 (MQ=255) gTAGCGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCACCTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCCTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGcc > 1:751670/1‑150 (MQ=255) tGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAGAATTGATTTCTTAAGAGTGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGTGATGAAGGAGCCCACGAcc > 1:1187664/1‑150 (MQ=255) tGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTAcc < 2:797558/150‑1 (MQ=255) ccacaagttgatatTTGCCTCACTCTTCCACCACAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTAcc < 1:664657‑M1/136‑1 (MQ=255) tgtagttCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGAAAATATCAACTTGGGGTTGTTTTATGTCCACTGAAAATTGAGTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGAGCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCATATGTgg > 2:751670‑M1/8‑150 (MQ=255) ggTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGt > 2:121400/1‑96 (MQ=255) ggTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGt < 1:121400/96‑1 (MQ=255) ggTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTgg < 1:672834/150‑1 (MQ=255) tATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTGCGt < 2:683218/150‑1 (MQ=255) TTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGGTGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGAt < 2:1327978‑M1/142‑1 (MQ=255) TTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGAt > 1:1327978‑M1/1‑142 (MQ=255) cctcactcttccaccacagagtgaggcaaATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAgg < 1:657142‑M2/51‑1 (MQ=255) cctcactcttccaccacagagtgaggcaaATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAgg > 2:657142‑M2/30‑80 (MQ=255) TCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTGGGTCTCTTcc < 2:236545‑M1/150‑1 (MQ=255) tggtggAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGt > 2:91514/1‑79 (MQ=255) tggtggAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGt < 1:91514/79‑1 (MQ=255) gtggAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTGGGTCTCTTCCGTGATGTCTa < 1:796105/150‑1 (MQ=255) tggAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTGGGTCTCTTCCGTGATGTCTAt > 2:768093/1‑150 (MQ=255) gAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGGTTGTCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTGGGTCCCTTCCGTGATGTCTATGa > 1:515682/1‑150 (MQ=255) agagtgaggcaaATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTGGGTCTCTTCCGTGATGTCTATGAtt < 1:236545‑M2/138‑1 (MQ=255) gagtgaggcaaATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGAt < 1:1585559‑M2/72‑1 (MQ=255) gagtgaggcaaATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGAt > 2:1585559‑M2/12‑83 (MQ=255) gagtgaggcaaATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTGGGTCTCTTCCGTGATGt < 2:316975‑M2/130‑1 (MQ=255) gagtgaggcaaATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTGGGTCTCTTCCGTGATGt > 1:316975‑M2/12‑141 (MQ=255) gttaGGCAAATATCAACTTTTGGTTGTTTTATGTCAACGGAAAATTGATTTCTTAAGATGTCCGTGAATCGATTTGTTGAGCACGCCGCGATGAAGAAGCCCACGACCTTACCGGAGATGTGGGTCTCTTCCTTGATGTCTATGATTGGa < 2:526018/147‑1 (MQ=255) tgaggcaaATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTGGGTCTCTTCCGTGATGTCTATGATTGGAt > 1:1420016‑M2/9‑150 (MQ=255) aaATATCAACTTGTTGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTGGGTCTCTTCCGTGATGTCTATGATTGGATACTGAg < 1:594731‑M2/148‑1 (MQ=255) | GTAGTGACGAATGCGCAGCCGTGTTGCTTGGCCAGTCGCCGGACTTTGAAGGTTAGGTCGATGGTTGCGGCTGCTGGATGGACATGTAGTGATGCGGTGGCGTGCATGGTATTGCCTCACTCTGTGGTGGAAGAGTGAGGCAAATATCAACTTGTGGTTGTTTTATGTCAACTGAAAATTGATTTCTTAAGAGGGCCGTGGGTCGATGGGTTGATCACTCGGGGATGAAGGAGCCCACGACCTTACCGCAGATGTGGGTCTCTTCCGTGATGTCTATGATTGGATACTGAG > NC_002947/3419282‑3419572 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |