New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5159794 = | 61 (1.010) | 13 (0.280) | 12/208 | 3.3 | 22.1% | intergenic (+9/+97) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 5159871 = | 45 (0.970) | intergenic (+86/+20) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
CCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGA > NC_002947/5159650‑5159943 | ccGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCt > 1:1449636/1‑150 (MQ=255) ggACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTcgc < 2:1399320/150‑1 (MQ=255) aCCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCCCCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCgg < 2:476947/150‑1 (MQ=255) aCCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCgg > 1:1086759/1‑150 (MQ=255) aCCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCgg < 2:309944/150‑1 (MQ=255) cGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGt > 1:503774/1‑150 (MQ=255) tGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTTTACCCGcgaaaa < 1:1209012/150‑6 (MQ=255) gACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCGGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCgg > 2:962243/1‑133 (MQ=255) gACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCgg < 1:962243/133‑1 (MQ=255) gACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTaca > 1:230478/1‑150 (MQ=255) aCAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTGTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacac > 2:1240180/1‑150 (MQ=255) gggCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacaacgata > 1:384110/1‑144 (MQ=255) gggCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGtt > 1:1019370/1‑150 (MQ=255) tCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAg > 2:855298/1‑137 (MQ=255) tCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 1:855298/137‑1 (MQ=255) gagaGTGGCAGGCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTATATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGt > 2:775664/1‑150 (MQ=255) tGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAg > 1:1482719/1‑150 (MQ=255) gCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCg > 2:230089/1‑150 (MQ=255) cAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTATATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCgg < 1:775664/150‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGCGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTTGGTGTCCATTGACACCTGCGCGGCGCGACCTGGCAGAAACCCCCTGCGACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCgg < 1:638407/150‑1 (MQ=255) acaGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCgg > 2:1377458/1‑102 (MQ=255) acaGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCgg < 1:1377458/102‑1 (MQ=255) acaGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGCGCAACCCAGGTGGTGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTa < 2:39939/150‑1 (MQ=255) aGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTAcc < 1:761883/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaaaa < 2:1086759/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaaaa < 2:1019370/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑ACGATAGCGAACCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaaaa < 2:720574/150‑1 (MQ=18) tGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAgg > 2:777580/1‑150 (MQ=255) tGGAGCAGAAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGCCCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTACTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAgg < 2:54427/150‑1 (MQ=255) ggAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGc < 1:1240180/150‑1 (MQ=255) agcagcAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCATACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCg < 1:1193264/150‑1 (MQ=255) agcagcAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCg < 1:777580/150‑1 (MQ=255) gcagcaAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGGCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCgg < 1:230089/150‑1 (MQ=255) gCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAg < 1:1409866/146‑1 (MQ=255) gCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAg > 2:1409866/1‑146 (MQ=255) gCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGAt < 1:691036/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCaa < 1:1471284/141‑1 (MQ=255) ccGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCaa > 2:1471284/1‑141 (MQ=255) ccGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGAtct > 2:1198133/1‑150 (MQ=255) cGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGt < 1:869498/89‑1 (MQ=255) cGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGt > 2:869498/1‑89 (MQ=255) ggTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGAtctct < 2:230478/150‑1 (MQ=255) accaGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAAcaca < 1:1368213/131‑1 (MQ=255) accaGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAAcaca > 2:1368213/1‑131 (MQ=255) ccaGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGt < 2:386950/150‑1 (MQ=255) ccaGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGt > 1:386950/1‑150 (MQ=255) aGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGGAGGAGCGGGTTCACCCCCGAGCAGGCCGGCACAGGCGACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAg < 2:503774/150‑1 (MQ=38) ccGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGAGTTTGCCCGCGAAAGGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGc < 2:1257779/150‑1 (MQ=255) gATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCcgc > 1:601613/1‑142 (MQ=255) gATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCcgc < 2:601613/142‑1 (MQ=255) ttGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGATTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCgg > 1:170649/1‑150 (MQ=255) cacCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATa > 1:976043/1‑150 (MQ=255) acCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAaca > 1:1356014/1‑96 (MQ=255) acCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAaca < 2:1356014/96‑1 (MQ=255) cTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATAccc > 2:636803/1‑150 (MQ=255) cgcgGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGca > 2:976360/1‑82 (MQ=255) cgcgGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGca < 1:976360/82‑1 (MQ=255) gcgGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAg > 2:861448/1‑93 (MQ=255) gcgGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAg < 1:861448/93‑1 (MQ=255) gcgGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGAt < 2:1096626/95‑1 (MQ=255) gcgGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGAt > 1:1096626/1‑95 (MQ=255) cgGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGa < 1:636803/150‑1 (MQ=255) | CCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGT‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGA > NC_002947/5159650‑5159943 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |