| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4586100 | 12 (0.240) | 8 (0.220) | 8/190 | 3.3 | 54.1% | intergenic (+139/+78) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| ? | NC_002947 | = 4586128 | 5 (0.140) | intergenic (+167/+50) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
CTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTG > NC_002947/4585957‑4586244 | cTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTg > 2:1161104/1‑150 (MQ=255) ttAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAggggcagcgc > 1:88324/1‑143 (MQ=255) ttAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGc > 2:995043/1‑150 (MQ=255) gggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGc > 1:519284/1‑150 (MQ=255) gagtacccgatgaccgtgaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGTGCCGGc < 2:885272‑M1/49‑1 (MQ=255) cccgatgaccgtgaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGa < 1:582709‑M1/54‑1 (MQ=255) ccgatgaccgtgaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGaa < 2:352583‑M1/55‑1 (MQ=255) aCCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGaa < 1:370092/150‑1 (MQ=255) ccACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAAt < 1:1161104/150‑1 (MQ=255) ccACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAAt < 2:269562/150‑1 (MQ=255) gTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGAGTTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGcccc < 1:78373/150‑1 (MQ=255) cggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGcccc > 1:352583‑M1/82‑150 (MQ=255) gcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTg > 1:885272‑M1/80‑150 (MQ=255) caaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTgg > 2:582709‑M1/79‑150 (MQ=255) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGt < 1:995043/150‑1 (MQ=255) ctgctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 2:519284/150‑1 (MQ=255) gagatcagcgtggcggagattgcggctgcatctgccggttgaggtgctggcgcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag > 1:899569‑M1/54‑150 (MQ=255) aGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGCTCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCTTTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggcc < 1:301436/150‑1 (MQ=255) gTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑Ggcgc < 1:265132/84‑1 (MQ=255) gTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑Ggcgc > 2:265132/1‑84 (MQ=255) gcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTgg > 1:845677‑M1/3‑74 (MQ=255) gcGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTgg < 2:845677‑M1/72‑1 (MQ=255) CGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTg < 1:951057‑M1/62‑1 (MQ=255) CGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTg > 2:951057‑M1/1‑62 (MQ=255) CGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTgg < 1:773236‑M1/69‑1 (MQ=255) CGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTgg > 2:773236‑M1/1‑69 (MQ=255) GCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCGGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGTGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCAt < 1:112411‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGaa < 1:1173227‑M1/147‑1 (MQ=255) CCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGaa > 2:1173227‑M1/1‑147 (MQ=255) CCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt < 2:516213‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACtt < 2:517350‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACCAGGGGCAGCGCCG‑CATTCAAGGCCGGCACGGTCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTc < 1:476639‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAAc < 2:667490‑M1/97‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAAc > 1:667490‑M1/1‑97 (MQ=255) GCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAt < 1:1207669‑M1/129‑1 (MQ=255) GCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGAt > 2:1207669‑M1/1‑129 (MQ=255) CTCCTACCAGGGACCGTGCGGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGTGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGc > 2:112411‑M1/1‑150 (MQ=255) CTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCAcc < 1:594521‑M1/150‑1 (MQ=255) CCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCGTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAACACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTg < 1:734798‑M1/150‑1 (MQ=255) AGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACt > 2:553374‑M1/1‑117 (MQ=255) AGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACt < 1:553374‑M1/117‑1 (MQ=255) | CTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGC‑GGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTG > NC_002947/4585957‑4586244 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |