New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | 1561044 = | 91 (1.030) | 6 (0.070) | 6/240 | NT | 6.3% | coding (1089/1875 nt) | pctA | methyl‑accepting chemotaxis protein PctA |
? | NC_002947 | 1561078 = | 89 (1.040) | coding (1055/1875 nt) | pctA | methyl‑accepting chemotaxis protein PctA |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GCGGAGCTTGCGTGCTGCGAAGCCTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCC > NC_002947/1560898‑1561193 | gcgGAGCTTGCGTGCTGCGAAGCCTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGGTCAcc < 1:1491378/150‑1 (MQ=255) gcgGAGCTTGCGTGCTGCGAAGCCTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCAcc < 2:162991/150‑1 (MQ=255) ggAGCTTGCGTGCTGCGAAGCCTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑g < 2:398531/150‑1 (MQ=255) gCTTGCGTGCTGCGAAGCCTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAg < 1:2024889/150‑1 (MQ=255) cTTGCGTGCTGCGCCGTGTGGGCGCCTTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTGTATTGGCTG‑TGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAgg < 1:42000/150‑1 (MQ=255) cTTGCGTGCTGCGAAGCCTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAgg < 1:157704/150‑1 (MQ=255) ttGCGTGCTGCGAAGCCTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGTGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAggg > 2:2063951/1‑150 (MQ=255) ctgcGAAGCCTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTc > 1:1301054/1‑150 (MQ=255) gcGAAGCCTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGt < 2:1686053/150‑1 (MQ=255) gcGAAGCCTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGt > 2:83861/1‑150 (MQ=255) gCCTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTTATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGAcc > 2:117102/1‑150 (MQ=255) cTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCGGAACCGCAGCGCCAAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTg > 1:2220164/1‑150 (MQ=255) tGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGc > 2:1912892/1‑150 (MQ=255) gggcgacctgaccaagcgcctgcacatccacagccacgacgaattcggtgtcctcggcaacgccttcaaccgcttcgtcgaacgcattcacagcagcattcgcgaagtgtcctcagcCACCGAGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCg > 1:1595485‑M1/118‑149 (MQ=255) gggcgacctgaccaagcgcctgcacatccacagccacgacgaattcggtgtcctcggcaacgccttcaaccgcttcgtcgaacgcattcacagcagcattcgcgaagtgtcctcagcCACCGAGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCg < 2:1595485‑M1/32‑1 (MQ=255) gcgTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTg < 2:1173809/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGTGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGa < 1:2063951/150‑1 (MQ=255) ccGGTGATTCCCTGAGCAGCAGGATCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAg < 2:1301054/150‑1 (MQ=255) 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gCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCAGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAAtgctg > 2:1694451/1‑150 (MQ=255) ccAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGaa < 1:678277/150‑1 (MQ=255) aGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATg < 1:1761868/150‑1 (MQ=255) gTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTc > 1:1675193/1‑150 (MQ=255) gTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTc > 1:1280869/1‑150 (MQ=255) 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1:1694451/150‑1 (MQ=255) cgtcgGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATtcgt < 2:1280869/150‑1 (MQ=255) gtcgGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAg < 1:722870/135‑1 (MQ=255) gtcgGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAg > 2:722870/1‑135 (MQ=255) cgGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTcgtcgt < 1:1558197/150‑1 (MQ=255) tCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGa < 1:2194875/150‑1 (MQ=255) cATCGCCGAGTTTGTTGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGAt > 2:1676994/1‑150 (MQ=255) cATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGAGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGAt > 2:1965684/1‑150 (MQ=255) aTCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAAt > 2:1535866/1‑89 (MQ=255) aTCGACGAGTCCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAAt < 1:1535866/89‑1 (MQ=255) tCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATtcgt < 2:1638368/135‑1 (MQ=255) tCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATtcgt > 1:1638368/1‑135 (MQ=255) cgacgaGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGAtgtg < 1:2187006/150‑1 (MQ=255) gacgaGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATtc > 1:455096/1‑131 (MQ=255) gacgaGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATtc < 2:455096/131‑1 (MQ=255) gacgaGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGAAGTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGc > 1:612950/1‑150 (MQ=255) cgaGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAg > 1:1557158/1‑150 (MQ=255) cgaGTTCGAACCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAg < 1:1397731/150‑1 (MQ=255) ctgTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAgg < 1:1422321/148‑1 (MQ=255) ttCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATgctgct > 2:2221302/1‑74 (MQ=255) ttCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATgctgct < 1:2221302/74‑1 (MQ=255) ttCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGgcgc > 2:1241150/1‑150 (MQ=255) ttCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGAGGTGCAGgcgc < 2:1088121/150‑1 (MQ=255) aaGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATtcgtc < 1:1002728/124‑1 (MQ=255) aaGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATtcgtc > 2:1002728/1‑124 (MQ=255) gcTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGTCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAg < 2:931106/150‑1 (MQ=255) tGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGt > 2:446250/1‑150 (MQ=255) CACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGcc < 1:1628323‑M1/150‑1 (MQ=255) CACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCAACGAAGCGGTTGAAGGCGTTTCCGAGGACACCGAATTCGTCGTCGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGcc > 2:287964‑M1/1‑150 (MQ=255) | GCGGAGCTTGCGTGCTGCGAAGCCTGGGCGGCGTTGCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGA‑TGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCC‑GCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCC > NC_002947/1560898‑1561193 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |