New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | 1561044 = | 91 (1.030) | 6 (0.070) | 6/240 | NT | 6.3% | coding (1089/1875 nt) | pctA | methyl‑accepting chemotaxis protein PctA |
? | NC_002947 | 1561078 = | 89 (1.040) | coding (1055/1875 nt) | pctA | methyl‑accepting chemotaxis protein PctA |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCG > NC_002947/1560933‑1561221 | ccGGTGATTCCCTGAGCAGCAGGATCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAg < 2:1301054/150‑1 (MQ=255) gCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGac > 2:678277/1‑150 (MQ=255) gCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGAATGATCGTCGGAGTTGGTAATCGACGAGTTCGAAGCGATGATAACCCGGAGGGCAAGTTGGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGac > 1:1461068/1‑150 (MQ=255) gATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGacac > 2:1558197/1‑150 (MQ=255) ttCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTc < 2:1506492/150‑1 (MQ=255) ccTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTcgc > 1:831142/1‑150 (MQ=255) cTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCt > 2:1953160/1‑136 (MQ=255) cTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCt < 1:1953160/136‑1 (MQ=255) aGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAAt < 1:117102/150‑1 (MQ=255) acatccacagccacgacgaattcggtgtcctcggcaacgccttcaaccgcttcgtcgaacgcattcacagcagcattcgcgaagtgtcctcagcCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTcgc > 1:457710‑M1/95‑144 (MQ=255) acatccacagccacgacgaattcggtgtcctcggcaacgccttcaaccgcttcgtcgaacgcattcacagcagcattcgcgaagtgtcctcagcCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTcgc < 2:457710‑M1/50‑1 (MQ=255) gCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAAtgctg > 1:931106/1‑150 (MQ=255) gCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAAtgctg > 2:1389512/1‑150 (MQ=255) gCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCAGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAAtgctg > 2:1694451/1‑150 (MQ=255) gTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTc > 1:1280869/1‑150 (MQ=255) gTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTc > 1:1675193/1‑150 (MQ=255) ttGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGATCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTcg > 1:1088121/1‑150 (MQ=255) tGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGATTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGTGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGACTGCGTTcga > 2:397672/1‑150 (MQ=255) 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gACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGaa > 1:1800921/1‑150 (MQ=255) gACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGaa < 2:831142/150‑1 (MQ=255) acacTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGaa > 2:240902/1‑115 (MQ=255) acacTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGaa < 1:240902/115‑1 (MQ=255) cacTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGATTGGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAgg < 1:1592945/150‑1 (MQ=255) acTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGc < 1:570569/150‑1 (MQ=255) acTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGATGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGc > 2:1592945/1‑150 (MQ=255) tGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGaa > 1:1492078/1‑145 (MQ=255) tGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGaa < 2:1492078/145‑1 (MQ=255) tGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGt > 1:971535/1‑150 (MQ=255) gTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGtt < 1:83861/150‑1 (MQ=255) 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< 2:2220164/150‑1 (MQ=255) cTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGaa < 2:629763/126‑1 (MQ=255) cTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGaa > 1:629763/1‑126 (MQ=255) cgtcgGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGCGCTGCTCTGGGGGTGAGGACAATTCGCGAATGCTGATGTGAATGCGTTCGACTAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATtcgt < 1:1694451/150‑1 (MQ=255) cgtcgGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATtcgt < 2:1280869/150‑1 (MQ=255) gtcgGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAg > 2:722870/1‑135 (MQ=255) gtcgGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAg < 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tGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGt > 2:446250/1‑150 (MQ=255) CACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGcc < 1:1628323‑M1/150‑1 (MQ=255) CACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCAACGAAGCGGTTGAAGGCGTTTCCGAGGACACCGAATTCGTCGTCGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGcc > 2:287964‑M1/1‑150 (MQ=255) ACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGAAACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGccc < 2:603790‑M1/150‑1 (MQ=255) cgagcaggtcaacgaagtggccctgctcggtgGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGccc < 2:1595485‑M2/117‑1 (MQ=255) cgagcaggtcaacgaagtggccctgctcggtgGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGccc > 1:1595485‑M2/33‑149 (MQ=255) CCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAAt < 2:1885668‑M1/106‑1 (MQ=255) CCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAAt > 1:1885668‑M1/1‑106 (MQ=255) cGCAGGGCCACTTCGTTGCCCTGATAGGTGGATGGGGACAATGCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCa < 2:612950/150‑1 (MQ=255) cGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCa > 1:733168/1‑150 (MQ=255) ggCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGAt < 2:1954733/117‑1 (MQ=255) ggCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGAt > 1:1954733/1‑117 (MQ=255) gCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCg < 2:1800921/150‑1 (MQ=255) ccACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCgg > 1:2018611/1‑150 (MQ=255) ttCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGAt > 2:1751985/1‑150 (MQ=255) ttGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCt > 1:296772/1‑150 (MQ=255) gACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTc < 1:941820/150‑1 (MQ=255) aCCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAgg < 1:1799381/123‑1 (MQ=255) aCCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAgg > 2:1799381/1‑123 (MQ=255) aCCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTcc < 1:446250/150‑1 (MQ=255) cTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCAt > 2:305930/1‑150 (MQ=255) gCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATgg > 1:2131178/1‑150 (MQ=255) cTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGgc > 2:667270/1‑150 (MQ=255) cTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGgc > 2:1283772/1‑150 (MQ=255) tCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGgcg > 1:256608/1‑150 (MQ=255) | GCCGGCGATTTCCTGAGCCGCAGCGCCCAGTTCGTTGATGGCGGCTGCGACACTGTTGGTGCGGTTGGACTGCTCGTCGGAGTTGGTCATCGACGAGTTCGAAGCGCTGATCACCCGCAGGGCCACTTCGTTGACCTGCTCGGTGGCTGAGGACACTTCGCGAATGCTGCTGTGAATGCGTTCGACGAAGCGGTTGAAGGCGTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCG > NC_002947/1560933‑1561221 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |