| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5048151 = | 81 (0.920) | 6 (0.070) | 6/238 | NT | 7.6% | intergenic (‑173/+170) | PP_5685/PP_4451 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 5048180 = | 68 (0.800) | intergenic (‑202/+141) | PP_5685/PP_4451 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
GGAGGAGGCCGATGGCGGTGTCATTCAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCTTGACAACTCGGTCAAAAG > NC_002947/5048003‑5048299 | caggtaatatttgtgcgaaaaaaggtaacttttgaccgagttgtcaaggcacttcaaggtcaaatttcgccgggaaaatgttatcaaagattactcaggccgtcagagcaagcggagcgcgcatgcgggaggatggaagcccaacgggcc < 1:999086‑M1/2‑1 (MQ=255)caggtaatatttgtgcgaaaaaaggtaacttttgaccgagttgtcaaggcacttcaaggtcaaatttcgccgggaaaatgttatcaaagattactcaggccgtcagagcaagcggagcgcgcatgcgggaggatggaagcccaacgggcc < 1:1142643‑M1/2‑1 (MQ=255) gaggagGCCGATGGCGGTGTCATTCAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCa > 2:934989/1‑150 (MQ=255) aggtaatatttgtgcgaaaaaaggtaacttttgaccgagttgtcaaggcacttcaaggtcaaatttcgccgggaaaatgttatcaaagattactcaggccgtcagagcaagcggagcgcgcatgcgggaggatggaagcccaacgggCCa < 1:2081990‑M1/3‑1 (MQ=255) ggaggCCGATGGCGGTGTCATTCAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAg < 2:1847191/150‑1 (MQ=255) gaggCCGATGGCGGTGTCATTCAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGc > 1:382429/1‑150 (MQ=255) gCCGATGGCGGTGTCATTCAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTg > 1:444595/1‑150 (MQ=255) tGGCGGTGTCATTCAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGt > 1:1297664/1‑150 (MQ=255) ggTGTCATTCAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGACGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTgc‑cc > 1:1072025/1‑150 (MQ=255) aTTCAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGt > 1:1041058/1‑150 (MQ=255) aTTCAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGt > 1:814195/1‑150 (MQ=255) ttCAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTc > 1:32578/1‑150 (MQ=255) tCAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCt < 1:2227079/150‑1 (MQ=255) cAATGTATACTCATGTGAGTGCTCGTTTTCCAGTAGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCtt < 2:382429/150‑1 (MQ=255) cAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCtt < 2:1072025/150‑1 (MQ=255) aaGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTg > 2:605859/1‑150 (MQ=255) aGGTATGCGGATGTGACTGCTCATATTTGAGTTGTGCGCCGCAAAAACCCCACCCAAACCTAACTATGGGAGCAGCTTAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTgg < 1:2270741/150‑1 (MQ=255) gTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCtt < 1:1360412/146‑1 (MQ=255) gTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCtt > 2:1360412/1‑146 (MQ=255) ataCGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGc > 2:1225914/1‑123 (MQ=255) ataCGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGc < 1:1225914/123‑1 (MQ=255) aTGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGc > 1:1414669/1‑150 (MQ=255) gtgACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCtt > 1:1840223/1‑150 (MQ=255) gACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAACCCCTCTTTCGGGAGCTGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTcc < 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tCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCAt < 2:1711638/150‑1 (MQ=255) tCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCAt < 2:548332/150‑1 (MQ=255) tCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCAt > 1:1711638/1‑150 (MQ=255) tCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCAt > 1:548332/1‑150 (MQ=255) aGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATgcg > 2:1231929/1‑150 (MQ=255) gTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATgcgc < 1:2159809/150‑1 (MQ=255) tCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGTGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATgcgcg > 2:507721/1‑150 (MQ=255) tCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTgc < 2:1641499/106‑1 (MQ=255) tCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTgc > 1:1641499/1‑106 (MQ=255) gTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTgc‑cc < 2:807759/106‑1 (MQ=255) gTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTgc‑cc > 1:807759/1‑106 (MQ=255) gTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTccc > 2:1862999/1‑139 (MQ=255) gTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTccc < 1:1862999/139‑1 (MQ=255) gACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCGGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCtt > 2:211990/1‑150 (MQ=255) gACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCtt > 1:1388974/1‑150 (MQ=255) aCAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTg < 1:189928/150‑1 (MQ=255) 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tGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCtt < 2:444595/150‑1 (MQ=255) gCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCTTGa < 2:1270090/150‑1 (MQ=255) gAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGaa > 1:311693/1‑139 (MQ=255) gAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGaa < 2:311693/139‑1 (MQ=255) gAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCTTGACa > 1:1385050/1‑150 (MQ=255) ggCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCTTGACAAc < 1:2317830/150‑1 (MQ=255) tGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACATTTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGt < 1:1581076/137‑1 (MQ=255) tGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACATTTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGt > 2:1581076/1‑137 (MQ=255) tGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTTACCTTGAAGTGCCTTGACAACTCg < 1:1231929/150‑1 (MQ=255) tGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCTTGACAACTCg < 1:1973906/150‑1 (MQ=255) tCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCTTGACAACTCGGt > 1:1207235/1‑150 (MQ=255) tCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCTTGACAACTCGGt > 1:1076747/1‑150 (MQ=255) cGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCTTGACAACTCGGTc < 2:1385050/150‑1 (MQ=255) aacgggCCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCTTGACAACTCGGTc < 1:951090‑M1/144‑1 (MQ=255) ggCCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCTTGACAACTCGGTCaaaa > 2:951090‑M1/3‑150 (MQ=255) aCCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGaa < 2:241536/126‑1 (MQ=255) aCCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGaa > 1:241536/1‑126 (MQ=255) aCCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCTTGACAACTCGGTCAAAAg > 2:395156/1‑150 (MQ=255) | GGAGGAGGCCGATGGCGGTGTCATTCAAGGTATACGCATGTGACTGCTCATTTTCCAGTCGTGAACGACAAGGTCGCTACTCAAACCTAACTATGGGAGCGGTTGAGCCAGGAGGTGCGGGGCCACTCCGTGGCGAGGCTGTCGTAAACCAAGCCTGACGGTGC‑CCGCCCGTCTTGGCCCGTTGGGCTTCCATCCTCCCGCATGCGCGCTCCGCTTGCTCTGACGGCCTGAGTAATCTTTGATAACA‑TTTTCCCGGCGAAATTTGACCTTGAAGTGCCTTGACAACTCGGTCAAAAG > NC_002947/5048003‑5048299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |