New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5918398 | 97 (1.100) | 4 (0.050) | 4/214 | NT | 4.1% | intergenic (+32/+63) | ygiF/PP_5188 | thiamine triphosphatase/AsnC/Lrp family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 5918438 | 104 (1.370) | intergenic (+72/+23) | ygiF/PP_5188 | thiamine triphosphatase/AsnC/Lrp family transcriptional regulator | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GAAAAAGCTGCACGAGCTGGCCGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGATCTCGGAAAGCGCCACAATCGAGTTCACCTCCTGAATCCCCGGCACGTTCGA > NC_002947/5918249‑5918547 | gAAAAAGCTGCACGAGCTGGCCGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCGCCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGC > 2:1563234‑M1/1‑150 (MQ=255) gAAAAAGCTGCACGAGCTGGCCGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCCCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGGCAACCCGC > 1:1864264‑M1/1‑150 (MQ=255) aaaGCTGCACGAGCTGGCCGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc < 2:576670/150‑1 (MQ=255) aaaGCTGCACGAGCTGGCCGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 2:182580/1‑150 (MQ=255) aaaGCTGCACGAGCTGGCCGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc < 2:1446722/150‑1 (MQ=255) gCTGCACGAGCTGGCCGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 2:1966944/150‑1 (MQ=255) cACGAGCTGGCCGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAg > 1:236135/1‑150 (MQ=255) cACGAGCTGGCCGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCCGTCGCCCGGCAGTACGGCTGGATGTTCCTGCGGAATGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAg < 1:2037128/150‑1 (MQ=25) cGAGCTGGCCGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGt < 1:1640822/150‑1 (MQ=255) gAGCTGGCCGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGtt > 1:1335268/1‑150 (MQ=255) cTGGCAGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTcgc < 2:1683919/150‑1 (MQ=255) agcagcCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGc < 2:918058/150‑1 (MQ=255) cagcCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGt < 1:1960589/150‑1 (MQ=255) cagcCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGt < 1:249944/150‑1 (MQ=255) agcCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCgcctacaccggcctcacgcctggcgc > 1:343951‑M1/1‑124 (MQ=255) tCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCg < 1:1018309/150‑1 (MQ=255) cAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCgg < 1:92695/150‑1 (MQ=255) aGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGgt < 1:538023/150‑1 (MQ=255) aGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGgt < 1:1547514/150‑1 (MQ=255) aGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGgt < 2:645170/150‑1 (MQ=255) gCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGgtg > 1:102430/1‑150 (MQ=255) gATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTa > 1:1759842/1‑150 (MQ=255) aTGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAg < 2:1198633/150‑1 (MQ=255) aaGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCg < 1:2118019‑M2/150‑2 (MQ=255) aGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTCATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCgcctacaccggcctcacgcctggcgcgaacctttgtaggagc < 2:855269‑M1/150‑43 (MQ=255) tGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCgcctacaccggcctcacgcctggcgcgaacctttgtaggagcgg < 2:343951‑M1/150‑45 (MQ=255) tGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCgcgg > 1:219269‑M2/1‑146 (MQ=255) aaGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCgcgggtttac > 1:784798‑M2/1‑140 (MQ=255) tATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCgcgggtttacccgcgaa > 1:660883‑M2/1‑133 (MQ=255) gAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGc < 1:1491712/150‑1 (MQ=255) aaCAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGcc > 2:1682401/1‑150 (MQ=255) aGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCa > 2:321731/1‑150 (MQ=255) gCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCAcc > 2:780856/1‑150 (MQ=255) tCGGGCGTTGGACCAGAGCCGCGTCTGGAAGCCCCTGCTCAAGGCGTGATACTGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACGCGCTCCTACAAAGGTGCCCTACAGTCGTGAGGACGGTGTAGGCGTCGGCTTATCCGCGACTAGCCTCACcgc > 2:2297695/1‑150 (MQ=255) cGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACcgcg < 1:1682401/150‑1 (MQ=255) cGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACcgcg < 1:386551/150‑1 (MQ=255) gggCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCgg > 2:1043903/1‑150 (MQ=255) gggCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCgg < 2:709352/150‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGt > 2:1789152/1‑150 (MQ=255) tGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCgg < 2:2118019/150‑1 (MQ=255) tGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCgg > 1:687051/1‑150 (MQ=255) tGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCgg > 1:76153/1‑150 (MQ=255) gACCAGACCCGCAACTTGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCGGCTGCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCa > 2:1842394/1‑150 (MQ=255) 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cgcgGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAgtgg < 1:1658876/150‑1 (MQ=255) cgcgGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAgtgg < 1:1662206/150‑1 (MQ=255) aaGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGa < 2:1759842/150‑1 (MQ=255) gCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGAtc > 2:114438/1‑150 (MQ=255) cccTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGAtctc < 2:1864264/149‑1 (MQ=255) 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ccGCgcctacaccggcctcacgcctggcgcgaacctttgtaggagcgggtttacccgcgaagcaggcgacgcggtatcacgccttgagcaggtgcttccagccgcggctctggtccaccgcccgagcctgttcgatacgcgcttccagca > 1:219269‑M1/1‑4 (MQ=255) ccGCgcctacaccggcctcacgcctggcgcgaacctttgtaggagcgggtttacccgcgaagc < 2:199699‑M1/63‑60 (MQ=255) ccGCgcctacaccggcctcacgcctggcgcgaacctttgtaggagcgggtttacccgcgaagc > 1:199699‑M1/1‑4 (MQ=255) ccGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCgcgggtttacccgcgaagcaggcgacgcggtatcacgccttgagcaggtgcttccagccgcggctctggtccaccgcccgagcctgttcgatacgcgcttccagca < 2:343951‑M2/150‑107 (MQ=255) ccGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGTTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGc > 1:1805520/1‑86 (MQ=255) ccGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGAtctc > 2:1874081/1‑105 (MQ=255) ccGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGAtctc < 1:1874081/105‑1 (MQ=255) 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GAAAAAGCTGCACGAGCTGGCCGAGCAGCCCATCAGCGATGAAGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGATCTCGGAAAGCGCCACAATCGAGTTCACCTCCTGAATCCCCGGCACGTTCGA > NC_002947/5918249‑5918547 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |