New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | 5919647 = | 100 (1.130) | 6 (0.070) | 6/230 | NT | 6.4% | coding (177/1674 nt) | PP_5190 | type II secretion system protein |
? | NC_002947 | 5919691 = | 83 (1.020) | coding (221/1674 nt) | PP_5190 | type II secretion system protein |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CTCAAGCGCGTGCTCCAGGCCCTGCTCGCTGACCAGCACCTGCACGCCAGCGATACCCTGCAAGTACTCGAACACGCCGCTGCCCACCCCGCTAGCCACCCGCTGGAGCACATCGCCGCCTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCAGGTCACCAGCCTGATCTCCCCAGCCTTCGCCCAGCGCCACGGCAT > NC_002947/5919501‑5919790 | ctgggcgctggcgacggtgacgctggaggcatcggccgcgacgatgaggatgccgtggcgctgggcgaaggctggggagatcaggctggtgacctggggcaggtcgagttgcatggggtcgatgcgcaggtagggttggccgcccttgtc < 1:2063633‑M1/1‑1 (MQ=255) tCAAGCGCGTGCTCCAGGCCCTGCTCGCTGACCAGCACCTGCACGCCAGCGATACCCTGCAAGTACTCGAACACGCCGCTGCCCACCCCGCTAGCCACCCGCTGGAGCACATCGCCGCCTGCAGCCCGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGcc > 1:1099688/1‑150 (MQ=255) ggcgctggcgacggtgacgctggaggcatcggccgcgacgatgaggatgccgtggcgctgggcgaaggctggggagatcaggctggtgacctggggcaggtcgagttgcatggggtcgatgcgcaggtagggttggccgaccttgtCGGc < 2:280782‑M1/4‑1 (MQ=255) 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tggcgacggtgacgctggaggcatcggccgcgacgatgaggatgccgtggcgctgggcgaaggctggggagatcaggctggtgacctggggcaggtcgagttgcatggggtcgatgcgcaggtagggttggccgaccttgtCGGcc > 1:585011‑M1/142‑146 (MQ=255) gTGCTCCAGGCCCTGCTCGCTGACCAGCACCTGCACGCCAGCGATACCCTGCAAGTACTCGAACACGCCGCTGCCCACCCCGCTAGCCACCCGCTGGAGCACATCGCCGCCTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTg > 1:1408410/1‑150 (MQ=255) gCTCCAGGCCCTGCTCGCTGACCAGCACCTGCACGCCAGCGATACCCTGCAAGTACTCGAACACGCCGCTGCCCACCCCGCTAGCCACCCGCTGGAGCACATCGCCGCCTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGa < 1:1959477/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCCCTGCTCGCTGACCAGCACCTGCACGCCAGCGATACTCTGCAAGTACTCGAACACGCCGCTGCCCACCCCGCTAGCCACCCGCTGGAGCACATCGCCGCCTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACt > 2:1695506/1‑150 (MQ=255) tCCAGGCCCTGCTCGCTGACCAGCACCTGCACGCCAGCGATACCCTGCAAGTACTCGAACACGCCGCTGCCCACCCCGCTAGCCACCCGCTGGAGCACATCGCCGCCTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACt > 1:17339/1‑150 (MQ=255) 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gAGCACATCGCCGCCTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGAccc < 1:412460/119‑1 (MQ=255) gAGCACATCGCCGCCTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGAccc > 2:412460/1‑119 (MQ=255) gAGCACATCGCCGCCTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCAGGTCACCAGc < 1:421998/150‑1 (MQ=255) gCACATCGCCGCCTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCAGGTCACCAGCCt > 1:1001521/1‑150 (MQ=255) aTCGCCGCCTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCAGGTCACCAGCCTGAtc > 1:2040678/1‑150 (MQ=255) aTCGCCGCCTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCAGGTCACCAGCCTGAtc > 2:2178746/1‑150 (MQ=255) ccgccTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCt > 2:1552399/1‑124 (MQ=255) ccgccTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCt < 1:1552399/124‑1 (MQ=255) cTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATg > 1:1793352/1‑109 (MQ=255) cTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATg < 2:1793352/109‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCgg < 2:2247899/77‑1 (MQ=255) aGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCgg > 1:2247899/1‑77 (MQ=255) ccTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCAGGTCACCAGCCTGATCTCCCCAGCCTTCGc > 1:1518047/1‑150 (MQ=255) cTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCAGGTCACCAGCCTGATCTCCCCAGCCTTCGcc < 2:2175757/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCAGGTCACCAGCCTGATCTCCCCAGCCTTCGCCCa < 2:1640509/150‑1 (MQ=255) cg‑‑ccAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGCGCTCCTTTGCCAGTGGATGGCCGACAAGGGCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCAGGTCACCAGCCTGATCTCCCCAGCCTTCGCCCAGCGCCAc < 2:1715525/150‑1 (MQ=255) cg‑‑ccAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCCGGTCACCAGCCTGATCTCCCCAGCCTTCGCCCAGCGCCAc < 1:2221874/150‑1 (MQ=255) g‑‑ccAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGATCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCAGGTCACCAGCCTGATCTCCCCAGCCTTCGCCCCGCGCCACg > 2:36381/1‑150 (MQ=255) ccgaccttgtCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGtgg > 2:288146‑M1/11‑47 (MQ=255) ccgaccttgtCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGtgg < 1:288146‑M1/37‑1 (MQ=255) ccAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCt > 1:1350642/1‑75 (MQ=255) cAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCAGGTCACCAGCCTGATCTCCCCAGCCTTCGCCCAGCGCCACGGc < 1:1388124/150‑1 (MQ=255) | CTCAAGCGCGTGCTCCAGGCCCTGCTCGCTGACCAGCACCTGCACGCCAGCGATACCCTGCAAGTACTCGAACACGCCGCTGCCCACCCCGCTAGCCACCCGCTGGAGCACATCGCCGCCTGCAGCCTGGAAAGCCG‑‑CCAGCA‑CCCCGGCCAGCCCCTGGACTTGGAGCACCTTTGCCAGTGGCTGGCCGACAAGGTCGGCCAACCCTACCTGCGCATCGACCCCATGCAACTCGACCTGCCCCAGGTCACCAGCCTGATCTCCCCAGCCTTCGCCCAGCGCCACGGCAT > NC_002947/5919501‑5919790 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |