| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 195222 = | 95 (1.080) | 5 (0.060) | 5/230 | NT | 5.8% | coding (728/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
| ? | NC_002947 | 195247 = | 74 (0.900) | coding (753/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein | |||||
TCAGGCGCCGACCACCAACCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCAAGCGTGACCGAAGGTGGCGTGATCACCTACACCGT > NC_002947/195100‑195393 | tCAGGCGCCGACCACCAACCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGa < 1:1267227/149‑1 (MQ=255)tCAGGCGCCGACCACCAACCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGa > 2:1267227/1‑149 (MQ=255) aGGCGCCGACCACCAACCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAg > 1:310061/1‑150 (MQ=255) cGACCACCAACCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGgtagta > 1:891942/1‑150 (MQ=255) gACCACCAACCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTAc > 2:44801/1‑150 (MQ=255) caccaACCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTAcc > 1:1343304/1‑148 (MQ=255) caccaACCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTAcc < 2:1343304/148‑1 (MQ=255) accaACCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCggt < 2:1857519/150‑1 (MQ=255) ccaACCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCggtg < 1:1536987/150‑1 (MQ=255) caACCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCggtgg < 1:2087323/150‑1 (MQ=255) aaCCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCggtggt > 2:1650661/1‑150 (MQ=255) aaCCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGAGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCggtggt > 2:1186751/1‑150 (MQ=255) tGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGGCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCg > 2:393109/1‑150 (MQ=255) tAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCgg < 2:345674/148‑1 (MQ=255) tAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCgg > 1:345674/1‑148 (MQ=255) aaTTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCt > 2:596028/1‑150 (MQ=255) aTTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTg > 1:2276212/1‑150 (MQ=255) ctctGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCggg < 2:2003824/143‑1 (MQ=255) 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tGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCACACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGa < 1:1653504/150‑1 (MQ=255) cAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACAtt > 1:2016569/1‑150 (MQ=255) aaTGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTg > 2:770516/1‑150 (MQ=255) aaTGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTg > 2:1470146/1‑150 (MQ=255) aTGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACAGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGc < 1:2302421/150‑1 (MQ=255) ccGTCATCGTCATGTCGGCTGGGCAGCCCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCaaa < 2:879718/150‑1 (MQ=255) cGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAAc > 2:535072/1‑150 (MQ=255) cGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAAc > 1:2218599/1‑150 (MQ=255) cGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAAc < 2:2016569/150‑1 (MQ=255) ttgtatcggtcacttgggtaaccgctggcgtttgcggcaatgtcaccgtcagcccgccaccaccggtactacctgtcacggtggccagatttcggccaccgtGACAGGTAGTACCGgtggtg > 2:537409‑M2/103‑122 (MQ=255) ttgtatcggtcacttgggtaaccgctggcgtttgcggcaatgtcaccgtcagcccgccaccaccggtactacctgtcacggtggccagatttcggccaccgtGACAGGTAGTACCGgtggtg < 1:537409‑M2/20‑1 (MQ=255) aTCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGCTCGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCa < 1:776015/150‑1 (MQ=255) gTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGgt > 1:1767511/1‑102 (MQ=255) gTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGgt < 2:1767511/102‑1 (MQ=255) gTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCg > 1:1499272/1‑150 (MQ=255) aTTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGa < 1:2313444/94‑1 (MQ=255) aTTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGa > 2:2313444/1‑94 (MQ=255) ttCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGcc > 2:1312862/1‑133 (MQ=255) ttCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGcc < 1:1312862/133‑1 (MQ=255) tCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTAc > 1:452480/1‑150 (MQ=255) cGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTAccc < 2:452480/150‑1 (MQ=255) ngCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCa > 2:1379457/2‑150 (MQ=255) 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caccaccggtactacctgtcACGGTGGCCGAAATCT‑GGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACaa > 2:537409‑M1/21‑122 (MQ=255) aaaCGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATa > 1:191244/1‑119 (MQ=255) aaaCGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATa < 2:191244/119‑1 (MQ=255) accggtactacctgtcACGGTGGCCGAAATCT‑GGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGACTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTAcc < 1:514301‑M1/86‑1 (MQ=255) accggtactacctgtcACGGTGGCC‑GAAATCTGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGACTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTAcc > 2:514301‑M1/17‑102 (MQ=255) cacCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCaa < 1:434259/150‑1 (MQ=255) acCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACcgc < 2:826947/129‑1 (MQ=255) acCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACcgc > 1:826947/1‑129 (MQ=255) gACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCAGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCAAGCGTGGCCGaa > 2:2030504/1‑150 (MQ=255) ACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCAAGCGTGACCGAAg > 1:535072‑M1/1‑150 (MQ=255) ggtggccgaaatctggccaccgtGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAGGCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCAAGCGTGACCGAAGGt > 1:2260441‑M2/24‑150 (MQ=255) ttCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCAAGCGTGACCGAAGGTGGCGTGATCAc < 2:2294051/150‑1 (MQ=255) ggccaccgtGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGc < 1:781921‑M2/110‑1 (MQ=255) ggccaccgtGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGc > 2:781921‑M2/10‑119 (MQ=255) ggccaccgtGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCAAGCGTGACCGAAGGTGGCGTGATCACCTa < 1:596028‑M2/141‑1 (MQ=255) ggccaccgtGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGAAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCAAGCGTGACCGAAGGTGGCGTGATCACCTa > 2:1108254‑M2/10‑150 (MQ=255) gccaccgtGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGANCGCNTCGCCANGCGTGACCGANGGTGGCGTGATCACCTac > 2:1889303‑M2/9‑150 (MQ=255) gccaccgtGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCAAGCGTGACCGAAGGTGGCGTGATCACCTac > 1:2120170‑M2/9‑150 (MQ=255) ccaccgtGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCAAGCGTGACCGAAGGTGGCGTGATCACCTaca < 2:1629795‑M2/143‑1 (MQ=255) ccgtGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCAAGAGTGACCTAAGGTGGCGTGATCACCTACACCg > 1:2428‑M2/5‑150 (MQ=255) cgtGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCAAGCGTGACCGAAGGTGGCGTGATCACCTACACCGt > 2:2034679‑M2/4‑150 (MQ=255) | TCAGGCGCCGACCACCAACCTGGTAATTACTCTGTCCAATGGTGCCGTGATCGTCATTCCGGCTGGGCAGACCAGTGGTAGCGTCAACGTCGCAGTTCCGGCAAACGACACACCTTACATCGACGGTGGCC‑AGATTTCGGCCACCGTGACAGGTAGTACCGGTGGTGGCGGGCTGACGGTGACATTGCCGCAAACGCCAGCGGTTACCCAAGTGACCGATACAATCGACACTACAACCGCGACCCTGACCGCCTCGCCAAGCGTGACCGAAGGTGGCGTGATCACCTACACCGT > NC_002947/195100‑195393 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |