New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1015848 | 1 (0.040) | 17 (0.700) | 12/264 | 0.5 | 94.4% | intergenic (‑75/‑693) | SBRG_Ecoli_galE/prfC | SBRG_Ecoli_galE/peptide chain release factor 3 |
? | NC_002947 | = 4543236 | NA (NA) | intergenic (+45/‑275) | PP_4025/PP_4027 | transposase/hypothetical protein |
CCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGGCGCACGCACGGCGATCAGTGGCGGCAGCAAGTTCATCCGCCCGGTGTTCATCACCGTGGTGCTGGCGTTGA > NC_002947/4543107‑4543359 | ccTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCg > 1:479041/1‑136 (MQ=34) tGGAGCGACTGCCGCAGGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCATAGATGCCACGGTAAGTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGTTCGGTTACATATCGtt < 1:338090/136‑1 (MQ=255) tGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGtt < 1:459392/136‑1 (MQ=37) tGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGtt < 2:477923/136‑1 (MQ=37) aGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCtttt > 2:615820/1‑136 (MQ=255) aGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCtttt > 2:612868/1‑136 (MQ=255) gctgcCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGgcg > 2:248345/1‑136 (MQ=255) tgcCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGGcgca > 2:168081/1‑136 (MQ=255) ccATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGGcgcacg > 1:330162/1‑136 (MQ=255) cTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGGCGCACGCACGGCGa > 1:46484/1‑136 (MQ=255) agaTGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGGCGCACGCACGGCGATCAGTggcggc < 1:615820/136‑1 (MQ=255) agaTGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGGCGCACGCACGGCGATCAGTggcggc < 1:612868/136‑1 (MQ=255) agaTGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGGCGCACGCACGGCGATCAGTggcggc > 1:316696/1‑136 (MQ=255) gTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGGCGCACGCACGGCGATCAGTGGCGGCAGCAAGTTCa > 1:129086/1‑136 (MQ=255) gTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCAGCGCCTTTTTCGGCGCACGCACGGCGATCAGTGGCGGCAGCAAGTTCa > 1:623840/1‑136 (MQ=255) gTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGGCGCACGCACGGCGATCAGTGGCGGCAGCAAGTTCATCCGCCCGGTGTTCATCACCgtg < 1:387134/136‑1 (MQ=255) aTGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGGCGCACGCACGGCGATCAGTGGCGGCAGCAAGTTCATCCGCCCGGTGTTCATCACCGTGGTGCTGGCGTTGa < 2:307531/136‑1 (MQ=255) aTGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGGCGCACGCACGGCGATCAGTGGCGGCAGCAAGTTCATCCGCCCGGTGTTCATCACCGTGGTGCTGGCGTTGa < 2:479041/136‑1 (MQ=255) | CCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACATATCGTTGGCCTGTGCATGGGCCTGTCGGTGATGGTCGGCGCCTTTTTCGGCGCACGCACGGCGATCAGTGGCGGCAGCAAGTTCATCCGCCCGGTGTTCATCACCGTGGTGCTGGCGTTGA > NC_002947/4543107‑4543359 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |