New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1161301 | 102 (0.350) | 28 (0.120) | 14/224 | NT | 22.4% | intergenic (+49/‑167) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
? | NC_002947 | = 1161324 | 111 (0.460) | intergenic (+72/‑144) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGC > NC_002947/1161152‑1161450 | cgcgcAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTAC > 2:1662183‑M1/1‑150 (MQ=255) gcgcAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGTACCCGCACCGACa > 1:4683615/1‑150 (MQ=255) gcACCATCGCCCTTTGCCTTGGGGGCGAGGTGAGCTGGCTGAACCTGCGGGCGGGGGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAc < 1:2132496/150‑1 (MQ=38) aCATCGCCCTTAGCCTTGGGGGCGTGGTGTGCTTGCTGAACGTGGGGGTGGGCGGGGTGGGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGAc < 1:253458/150‑1 (MQ=38) tCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGa < 2:4821455/150‑1 (MQ=255) tCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGa < 2:4015045/150‑1 (MQ=255) tCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGa < 1:6657956/150‑1 (MQ=255) cccATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTc < 1:938573/150‑1 (MQ=255) cccATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTc > 2:1586682/1‑150 (MQ=255) ccATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGGGTACCCGCTCCAACCACGACCGAGTcc > 1:5451916/1‑149 (MQ=255) cATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAg < 2:5238688/150‑1 (MQ=255) tAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGt < 1:4971692/150‑1 (MQ=255) cATGGGGGCGTGGTTCGCTTGCTGAACCTGGGGGTGGGGGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGc < 2:294732/150‑1 (MQ=38) cATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGc < 2:3715577/150‑1 (MQ=255) gggggCGAGGTGTGCTTGCTGAACCTGGGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGcgtc < 2:4067015/150‑1 (MQ=255) gggCGTGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgt < 1:657448‑M1/150‑26 (MQ=255) ggCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgta > 2:443462‑M2/1‑147 (MQ=255) gCGAGGTGTGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtag < 1:3557907‑M1/150‑28 (MQ=255) 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gAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGGGGACCCCCGCCGAAAACCACCCCGTCAGGTTTTGGGCGTAGGGGCGGGGTGACCcgc > 1:3436904/1‑150 (MQ=255) ccTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaa < 2:6061024‑M2/150‑24 (MQ=255) gggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcg < 2:3537281‑M1/123‑33 (MQ=255) gggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgacccggtcgttgtaggagcg < 2:3537308‑M1/123‑33 (MQ=255) gggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACgacgcaaacctgacacggtcgttgtaggagcg > 1:3537308‑M1/1‑91 (MQ=255) ggggtcccccTTTATCGGCCGGGGGTTTTGTTTTGCTTTTTGGGGGGGCGTGTGGGGGCTTGTGCGGGGGTCACCCCGCCCCAACACCCCCCGCGTCTGGTTGGCGTCGTAGTTGGGGGTCCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAccc < 2:218829/143‑1 (MQ=255) ggTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACCGGCACCCaa > 2:6105303/1‑150 (MQ=255) gTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCaaa > 2:5050595/1‑150 (MQ=255) gtGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGACCCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCAGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCa < 2:5960705/149‑1 (MQ=255) cgttATCTGCGGGGGGGTTGGGTTTGCGTTTTTGGGGGGCGTGTGCGGGCTTCTTGGCGGGGCAACCCGCGCCCACACCCCCCGAGTCAGGTTTGCGCCGAAGGCGCGGGTCCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCa < 2:2556390/147‑1 (MQ=255) cTGTATCTGCCGCGGGGTTTGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGCGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCa < 2:544358/150‑1 (MQ=255) 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cGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagctcac < 2:5662673‑M2/150‑119 (MQ=255) cGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagctcac < 2:3277091‑M2/150‑119 (MQ=255) gCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagcgcacc > 2:5044863‑M1/1‑8 (MQ=255) gCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgcccgcccgcaggttcagcaagctcacc > 1:2726329‑M1/1‑8 (MQ=255) gCTCCTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgcccacccgcaggttaagcaagctcacc > 1:829419‑M1/1‑8 (MQ=255) ccTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGAc > 1:2414339/1‑150 (MQ=255) cTACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagctcacctcgc > 1:5522871‑M1/1‑4 (MQ=255) tACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgccggttaagccagctcaccgcgcc > 1:6466808‑M1/1‑3 (MQ=255) tACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagcacacctcgcc > 1:10030‑M1/1‑3 (MQ=255) tACgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgcccacccgcaggttcagcaagctcccctcgcc > 1:4353571‑M1/1‑3 (MQ=255) tACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagctcacctcgcc < 2:5551263‑M2/150‑125 (MQ=255) tACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagctcacctcgcc < 2:4465778‑M2/150‑125 (MQ=255) aCAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgccggttcagcaagctcaccgcgccc < 1:657474‑M2/150‑126 (MQ=255) aCAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagctcacctcgccc < 1:6521822‑M2/150‑126 (MQ=255) aCAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTgg > 2:6415208/1‑150 (MQ=255) 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CGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGC > NC_002947/1161152‑1161450 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |