| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1161301 | 102 (0.350) | 28 (0.120) | 14/224 | NT | 22.4% | intergenic (+49/‑167) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
| ? | NC_002947 | = 1161324 | 111 (0.460) | intergenic (+72/‑144) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase | |||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
GGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGA > NC_002947/1161175‑1161471 | gggggCGAGGTGTGCTTGCTGAACCTGGGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGcgtc < 2:4067015/150‑1 (MQ=255) ggCGAGGTGTGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgta > 1:10030‑M2/1‑147 (MQ=255) ggCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgta > 2:5056363‑M2/1‑147 (MQ=255) ggCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgta > 2:443462‑M2/1‑147 (MQ=255) gAGGTGCGCTTGCTGAACCTGGGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtagga > 1:6000233‑M2/1‑144 (MQ=255) ggTGCGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagc > 2:5044863‑M2/1‑142 (MQ=255) ggTGAGCTTGCTTAACCTGCGGGTGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagc > 1:829419‑M2/1‑142 (MQ=255) gTGAGCTGGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcg > 2:3608289‑M2/1‑141 (MQ=255) tGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGTTTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgg > 2:4244822‑M2/1‑140 (MQ=255) gAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcggg > 2:1851740‑M2/1‑139 (MQ=255) gAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcggg > 2:1448409‑M2/1‑139 (MQ=255) tGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcac > 1:931459‑M2/1‑134 (MQ=255) gCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGTAACCCCGCCGACAACCACCCAGTCAGGGTTGGGGGgtaggggcggggtgacc < 1:2012660‑M2/150‑18 (MQ=255) tGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCGACAACGACCGGGTCCGGTTTGCGTCgtgggagcgggttcacccg < 2:1155961‑M2/150‑20 (MQ=255) ccTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaa < 2:6061024‑M2/150‑24 (MQ=255) cTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGGTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaag < 2:5870234‑M2/150‑25 (MQ=255) ggggggtggGCGGGCTGCGGGTGACCCGGTTTGGGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTGTTCGCGGGTGAACCGGCTCCTACACCGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaaga > 2:3805320‑M2/4‑125 (MQ=255) gggggTGGGGGGGCGGCGGGTGACCCTGTATCGGCCGCGGGGTATGGATTGTTTTTTTGGGGTGCGTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGTTTTGCGGCGTAGGAGGGGGTTCACCCGCGAagag < 2:6595107/148‑1 (MQ=38) gtgggggggcTGGGGGTCACCCGGTATCTGCGGGGGGTTTTGTTTTGTTTTTTGGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTCCGGGGGGCACCCCGCCCCAACACCGACGGAGTCTGTTTGGCGTCTTAGGAGCGGGTACACCCGCGAAGAGGccc < 2:3436904/148‑1 (MQ=255) ggggggggcTGGGGGTTACCGTGTATCTGCCGGGGGTTTTGTTTTGTTTTTTTGGGGGGCGTGTGGGGGCTTCTTCGGGGGTTAACCCGCTCCTACACCCACCGTTGATGTTTTGCGTCGTAGGCGGGGTTTCACCCGCGAAGAGGCCCg < 2:6426129/149‑1 (MQ=255) gggcgggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGGTCACCCGCGAAGCGGCCCGc > 2:6555836/1‑150 (MQ=255) ggggtcccccTTTATCGGCCGGGGGTTTTGTTTTGCTTTTTGGGGGGGCGTGTGGGGGCTTGTGCGGGGGTCACCCCGCCCCAACACCCCCCGCGTCTGGTTGGCGTCGTAGTTGGGGGTCCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAccc < 2:218829/143‑1 (MQ=255) ggACCCGGTATCTGCGGGGGGTTATGGTTTTTGTTTTTGGGGTCCGTGTGCGGGTTTGGTCGGGGGTTAACCCGCTCCTACACCCACCGTGTCTGGTGTGCGTCTTCGGCGGGGTTTCCCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCaaaa < 2:2917491/149‑1 (MQ=255) aCCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCCCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCCAAATg > 2:2335705/1‑150 (MQ=255) cgttATCTGCGGGGGGGTTGGGTTTGCGTTTTTGGGGGGCGTGTGCGGGCTTCTTGGCGGGGCAACCCGCGCCCACACCCCCCGAGTCAGGTTTGCGCCGAAGGCGCGGGTCCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCa < 2:2556390/147‑1 (MQ=255) cTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGGAACCCCGCCCACCACCACCCCGGCCGGGTTGCGTCGGAGGGGCCGGGTGACCCCCCAAGAGGCCCCCCCCCGCACCCCAAAAGtaa > 1:2531509/1‑148 (MQ=255) cTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCGACAACGACCGAGTCAGGGTTGCGTCGTAGGTGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCa > 1:6851115/1‑150 (MQ=255) tATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCCCGCCGACAACGACCCGGTCAGGTTTGCGTCGGAGGAGCGGGGTCACCCGCCGAGAGGCCCGCACAGGCACCCCAAAAGTCACTg > 2:321489/1‑150 (MQ=37) 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gCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGGAGGAGCGGGGTCACCCGCGAAGAGGCCCGCCCAGGCACCCAAAATGTCACAGCCCGGTGGCAATCCCGTCGGCCTTCGTGACATCCg > 2:4029906/1‑150 (MQ=38) cgtggggggggTTCTTGGGGGGTGAACCCGGTCCTACACCGCCGGTGTCCGGTTTGCGTCGTCGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGc < 2:6580617/143‑1 (MQ=255) ccTGGGCGGGCTTCTGCGCGGGTGACCCGGCCCCTCCCACGCCCGAGTCAGGTTGGCGTCGTCGGTGCGGGTCCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGc < 2:1384867/150‑1 (MQ=255) tgCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcac > 1:1591706‑M2/1‑56 (MQ=255) tgCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATg > 2:1665248/1‑150 (MQ=255) gCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACACCGACCGCGTCTGTTTTGCGTCGTTGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGa < 2:5310997/150‑1 (MQ=38) 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aCGACCGAGTCTGGTTTGCGTCTTAGGAGGGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCaa < 2:4683615/150‑1 (MQ=255) aCGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCaa > 1:4098179/1‑150 (MQ=255) aCGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCaa > 1:4097954/1‑150 (MQ=255) cGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAg > 2:248366/1‑150 (MQ=255) aCCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGa > 1:6617826/1‑150 (MQ=255) cGAGTCTGGTTGGCGTCGTAGGAGGGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATc < 2:2610754/150‑1 (MQ=255) cGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATc > 1:1892960/1‑150 (MQ=255) gAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCa > 1:3123216/1‑150 (MQ=255) cAGTTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCt < 2:5451916/150‑1 (MQ=255) cAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCt > 1:3840000/1‑150 (MQ=255) 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gCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCAt > 1:628490/1‑150 (MQ=255) | GGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGA > NC_002947/1161175‑1161471 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |