| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_002947 | 5908776 = | 232 (0.790) | 34 (0.130) | 17/242 | NT | 14.9% | intergenic (+27/+80) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | 5908836 = | 183 (0.710) | intergenic (+87/+20) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
ATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTC > NC_002947/5908628‑5908924 | tggtacttcagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacg < 2:5106282‑M1/1‑1 (MQ=255) gtacttcagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGcc > 2:5998306‑M1/148‑150 (MQ=255) gcgcTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGccc > 2:6685042/1‑150 (MQ=255) gcTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGc > 1:2667679/1‑150 (MQ=255) cTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCt < 1:3583631/150‑1 (MQ=255) gCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCCTGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTGGAGGGCTGGATGGGTCATAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGcgaa < 2:6574186/150‑4 (MQ=255) gCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGcgaa < 1:5109449/150‑4 (MQ=255) gCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGcgaa < 1:4916962/150‑4 (MQ=255) gCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTcc < 2:3049768/150‑1 (MQ=255) cagccgccaggccgaagagtgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTcc > 1:5694233‑M1/142‑150 (MQ=255) cGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGcgaag < 1:832222/150‑5 (MQ=255) cGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTccc > 2:4547346/1‑150 (MQ=255) gCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCcac > 2:1423321/1‑150 (MQ=255) gCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCcac > 2:4009590/1‑150 (MQ=255) cAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCTGTACATTGTTGCCATTCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGATTCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCcaca < 2:6079592/150‑1 (MQ=255) cgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCcaca > 1:2274975‑M1/138‑150 (MQ=255) gccaggccgcagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgacgagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTcccaccg > 2:3505603‑M1/137‑148 (MQ=255) gccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttagcgggcgtGCccgcgaa > 2:4717732‑M1/137‑142 (MQ=255) agTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgggacc < 1:3070979/150‑4 (MQ=255) gtgtgtGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTcac < 2:5215818/150‑1 (MQ=255) gtgtgtGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTcac < 1:1454500/150‑1 (MQ=255) gtgtgtGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTcac < 1:2032348/150‑1 (MQ=255) ccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGGCTca > 1:5197467‑M1/131‑150 (MQ=255) tgtgtgGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTcacc < 2:4288180/150‑1 (MQ=255) gtgGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACcaca > 2:6266316/1‑150 (MQ=255) tgGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACaa < 1:5051158/150‑1 (MQ=255) gTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAAcc < 2:3315486/150‑1 (MQ=255) tCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCt < 1:2977561/150‑1 (MQ=255) aTGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGa < 1:1901008/150‑1 (MQ=255) tGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGaa < 1:2110046/150‑1 (MQ=255) tGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGaa < 2:4816827/150‑1 (MQ=255) tGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGaa < 2:176725/150‑1 (MQ=255) tGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGaa < 2:4311666/150‑1 (MQ=255) 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cccGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCCTGCCCCCTCCCACCCGGCTCACCACAAACCAGAAGGcag > 1:4625521/1‑148 (MQ=255) cccGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCGGAAGGCtg > 2:3822062/1‑150 (MQ=255) ccGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGTTATGGCTTTGAATGGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCtgt < 1:4769390/150‑1 (MQ=255) ggTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑Ga < 1:2515027/150‑1 (MQ=255) ttgttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCCCGCCCACAGGGCGCACCACAACCCAGAAGGCGGT‑GAGGTccc > 1:6558788/1‑150 (MQ=255) 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ttgggttATGGCTTTGATTGGGTGCTGGCGCC‑TTCGGGGGCATGCCCGCTCCCACCGGGCTCACCACAACCCTGACGGCTGT‑GAGGTCCGTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCgg < 1:5359029/144‑1 (MQ=38) tATGGCTTTGACTCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACCGGGCTCACCACACCCCGGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCtt < 2:791756/150‑1 (MQ=39) cTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATTCCCGCTCCCACAGGGCTCAACACAAACCCGAAGGCGGT‑GCGGTCCCTGGGGGCGCGGGCGGGCCCGCGGAAGGGCCAGGGCAGGCCGACGCAGCCACCGGCGCCGGGCGCTTGAcca > 2:5807477/1‑149 (MQ=255) cTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCGGAAGGCGGT‑GAGGTCCCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGCAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCCGCCACCAGCGCCGGGCGCTTGAccg > 2:390437/1‑149 (MQ=39) tttGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCTCGGGGAAGACCGGTAAAGCCAGGGTCACCCCAACCCATAAGGCAGT‑GAGGTGCCGGTTGGGGCCGGCGTTCCAGCCAAAGGGCCATGTCAGGCCGACGCAGAAAACTTCGACGGGCGCGTGAccag > 2:5749504/1‑148 (MQ=255) tttGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAAGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCggg > 1:24343/1‑90 (MQ=255) aTCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCg < 2:2487623/83‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGCGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGc < 1:3881502/150‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACACCCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGc < 2:2161657/150‑1 (MQ=255) tGGAGCC‑TTCGCGGGCCTGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGCAGGCTGT‑GAGGTCCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCGTGACCTGCGGCTGCGAAGCg > 2:3728604/1‑150 (MQ=255) cc‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGc > 1:432057/1‑150 (MQ=255) tCGCGGGCATGCCCGCTCCCACTGGGCTCACCACAACCCTGATGGCTTT‑GAGGTCCCTGTGGGTGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTgc < 1:5240303/150‑1 (MQ=255) tCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTgc < 1:6266404/150‑1 (MQ=255) tCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTgc < 1:1034681/150‑1 (MQ=255) ggCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCAc > 2:2601156/1‑150 (MQ=255) gccgGCCCGCCCCCACCGGGCTCACCACACCCCTGAAGGCGGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCAcc > 1:1157630‑M1/5‑150 (MQ=255) gCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCAcc < 1:3220868/150‑1 (MQ=255) gCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGGCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCAcc < 1:6685042/150‑1 (MQ=255) cATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTgcgc > 2:2770296/1‑107 (MQ=255) cATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTgcgc < 1:2770296/107‑1 (MQ=255) aTGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCct > 1:4334508/1‑150 (MQ=255) tGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCctc < 1:4974747/150‑1 (MQ=255) | ATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGT‑GAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTC > NC_002947/5908628‑5908924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |