New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4027890 = | 49 (3.280) | 6 (0.420) | 5/234 | NT | 15.4% | intergenic (‑592/+76) | PP_3547/emrB | NAD(P)‑binding oxidoreductase/multidrug transporter permease |
? | NC_002947 | 4912947 = | 19 (1.330) | coding (72/198 nt) | PP_4317 | hypothetical protein |
CGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGG > NC_002947/4912816‑4913082 | cGGAGTCAGCGGGCAGTACAGTCAATGGAAATAACAATGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttga < 2:217537/136‑1 (MQ=255) cGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGttgatcttgatcttgatcttgatcttgatcttga < 1:149213/136‑1 (MQ=255) aTGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACtt > 1:348598/1‑136 (MQ=255) ggAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCa > 2:221585/1‑136 (MQ=255) gcgggcccggcatcggcggggcattgagctaaaatcaaggcaagatcccgatgctctcgctctcgctctcgctctcgctctcgctctcgcttcggcttttgatCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCagg > 1:364689‑M2/104‑136 (MQ=255) aaTAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCagga < 1:343393/136‑1 (MQ=255) aCAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGcc > 2:320204/1‑136 (MQ=255) cAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCg > 2:163300/1‑136 (MQ=255) cattgagctaaaatcaaggcaagatcccgatgctctcgctctcgctctcgctctcgctctcgctctcgcttcggcttttgatCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCg > 1:27166‑M2/83‑136 (MQ=255) tgttgtTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCa > 1:90205/1‑136 (MQ=255) tgttgtTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCa > 1:56476/1‑136 (MQ=255) tattgttgCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCa > 2:319081/3‑136 (MQ=255) gttgctgttgcCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGc > 1:423197/1‑136 (MQ=40) tgttgcCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGa > 2:389810/1‑136 (MQ=38) tgttgcCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGa > 1:266895/1‑136 (MQ=38) gttgccgttgccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGt > 1:364922/1‑136 (MQ=37) ctctcgctctcgctctcgctctcgctctcgctctcgcttcggcttttgatCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAg < 1:405336‑M2/86‑1 (MQ=255) ctctcgctctcgctctcgctctcgctctcgctctcgcttcggcttttgatCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAg > 2:405336‑M2/51‑136 (MQ=255) gttgccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCGCGTCAAgcg > 2:42427/1‑136 (MQ=37) gttgccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAgcg < 1:50603/136‑1 (MQ=37) ttgccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAgcgc < 2:369992/136‑1 (MQ=37) tgccgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCt < 1:163300/136‑1 (MQ=37) cgttgccgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAg < 2:11652/136‑1 (MQ=37) cgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGccccc > 1:34131/1‑135 (MQ=37) cgttgccgttgATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCa > 1:347851/1‑136 (MQ=37) cgctctcgctctcgcttcggcttttgatCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGACCGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCGGTCAAGCGCTGAGGCCCCTGTATGGGGc < 2:364689‑M2/108‑1 (MQ=255) cgctctcgctctcgcttcggcttttgatCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGc < 2:27166‑M2/108‑1 (MQ=255) cttttgatCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCgg > 1:68596‑M2/9‑136 (MQ=255) cttttgatCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCgg > 1:370553‑M2/9‑136 (MQ=255) cttgatcttgatcttgatcttCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAgg > 2:274929/1‑136 (MQ=32) | CGGAGTCACCGGCCAGTACAGTCAATGGAAATAACAAGGCAAAACTGTACTGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGCCGTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTGATCTTCGCGACTTCAGGAGGCCGAACGCAGGCCTTGCGGAGGCAGGTGACGGGCATGGATGCCCGTCAAGCGCTGAGGCCCCAGGATGGGGCCTTCGGCGCGGTCCTGCCGGGAGCGAGG > NC_002947/4912816‑4913082 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |