| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_002947 | 4934781 = | 228 (0.940) | 13 (0.060) | 7/252 | NT | 6.0% | coding (385/2244 nt) | cheA | chemotaxis histidine kinase CheA |
| ? | NC_002947 | 4934861 = | 195 (0.880) | coding (305/2244 nt) | cheA | chemotaxis histidine kinase CheA | |||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGGCGCTCACCTT > NC_002947/4934632‑4934930 | ggggcgccggcttccttcagctgaacgagctggtggagtgctgccatatcgccgagaacgtgttcgacgtcctgcgcaaaggtgagcgccgggtcgatgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGt < 2:796445‑M1/2‑1 (MQ=255) gcgccggcttccttcagctgaacgagctggtggagtgctgccatatcgccgagaacgtgttcgacgtcctgcgcaaaggtgagcgccgggtcgatgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCg > 1:1429553‑M1/146‑150 (MQ=255) gcgccggcttccttcagctgaacgagctggtggagtgctgccatatcgccgagaacgtgttcgacgtcctgcgcaaaggtgagcgccgggtcgatgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCg > 2:5595784‑M1/146‑150 (MQ=255) tCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCa < 1:5131288/150‑1 (MQ=255) tCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCa > 2:321177/1‑150 (MQ=255) tCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCa > 2:322279/1‑150 (MQ=255) ggcttccttcagctgaacgagctggtggagtgctgccatatcgccgagaacgtgttcgacgtcctgcgcaaaggtgagcgccgggtcgatgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCGGCCAg > 1:501142‑M1/141‑150 (MQ=255) ggcttccttcagctgaacgagctggtggagtgctgccatatcgccgagaacgtgttcgacgtcctgcgcaaaggtgagcgccgggtcgatgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCGGCCAg > 1:3399488‑M1/141‑150 (MQ=255) ggcttccttcagctgaacgagctggtggagtgctgccatatcgccgagaacgtgttcgacgtcctgcgcaaaggtgagcgccgggtcgatgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCGGCCAg > 2:2576837‑M1/141‑150 (MQ=255) gcttccttcagctgaacgagctggtggagtgctgccatatcgccgagaacgtgttcgacgtcctgcgcaaaggtgagcgccgggtcgatgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCGGCCAgg < 1:626428‑M1/11‑1 (MQ=255) gcttccttcagctgaacgagctggtggagtgctgccatatcgccgagaacgtgttcgacgtcctgcgcaaaggtgagcgccgggtcgatgcggaactgatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCGGCCAgg < 1:3438149‑M1/11‑1 (MQ=255) aTCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGgcg > 2:3078423/1‑150 (MQ=255) aTCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGgcg > 1:5552506/1‑150 (MQ=255) gAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGa > 1:762389/1‑150 (MQ=255) tgagttCGAGCAGTTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACa > 2:3668179/6‑150 (MQ=255) gCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACa > 2:3984673/1‑150 (MQ=255) gCGAATAGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACa < 1:4161877/150‑1 (MQ=255) aTCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAgcgc > 2:1524254/1‑150 (MQ=255) 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aCCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGa < 1:1213726/121‑1 (MQ=255) aCCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCg < 1:1827106/150‑1 (MQ=255) gatggatgtggtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGa > 1:391812‑M1/43‑150 (MQ=255) cGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAg > 2:110241/1‑150 (MQ=255) ggTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACcaca < 2:3532282/150‑1 (MQ=255) tACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGt < 2:1495749/133‑1 (MQ=255) gtgctcgaggcactggatacggtcaacagcatGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTgg > 2:1743101‑M1/33‑106 (MQ=255) aCGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCAcatcc < 2:201266/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCa < 1:519204/150‑1 (MQ=255) gcTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGt > 1:5465384/1‑150 (MQ=255) tGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTc > 2:2448367/1‑150 (MQ=255) tGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTc > 1:2217139/1‑150 (MQ=255) tGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTc > 2:4066459/1‑150 (MQ=255) gCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCg < 1:273951/150‑1 (MQ=255) ttCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGAc > 1:4234302/1‑150 (MQ=255) ttCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGAc > 1:2627835/1‑150 (MQ=255) tCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGAcc < 1:157454/150‑1 (MQ=255) ggCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCg > 1:2943744/1‑150 (MQ=255) tGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGCCCCGgcg < 1:3175225/150‑1 (MQ=255) ccccAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGGCGCt > 1:856964/1‑150 (MQ=255) cccAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGGCGCTc > 1:1802213/1‑150 (MQ=255) ccAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGGCGCTCa > 2:3921203/1‑150 (MQ=255) ccAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGGCGCTCa < 2:5085353/150‑1 (MQ=255) cAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGAcc < 1:2424284/95‑1 (MQ=255) cAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGGCGCTCAc > 1:4761101/1‑150 (MQ=255) cAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGGCGCTCAc < 2:1424226/150‑1 (MQ=255) GTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGGCGCTCACCtt < 2:2977205‑M1/150‑1 (MQ=255) | CGCCTTGATCGCATCGAGCGAATCGAGCAACTGCTCGAACTCACTGTCAGTGATGTCCTGGTGTTGCTCCTCGGCCTCGGCCGGCGCTGCAGCCACCACGTCGGCAACCGGTGCCGGTACGGGCGCTGCAACAGCTTCGGCTGCCCCAGGTTCGGCCAGGCGCGACAGCGCTGCCAGCAGCGCCGGGGTGGCCGGTGTCACTTCGGCACGCTCGCGCACCTGGCCGAACATGCTGTTGACCGTATCCAGTGCCTCGAGCACCACATCCATCAGTTCCGCATCGACCCGGCGCTCACCTT > NC_002947/4934632‑4934930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |