New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3321086 = | 120 (0.610) | 9 (0.050) | 6/254 | NT | 8.0% | intergenic (‑85/+107) | treSA/PP_2919 | trehalose synthase A/LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3321171 = | 96 (0.530) | intergenic (‑170/+22) | treSA/PP_2919 | trehalose synthase A/LysR family transcriptional regulator |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
AGGCCTTGAGCATGGCGCGGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCGGACATACCGCTGAAGATTTGCGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCAAAGGCAGGATCAGCGCCGGGCCGACAACTGCTGCGGTGCCAGAAA > NC_002947/3320941‑3321228 | acgccgatgagcgtggggttggcctggcaccgggaacgggcattcagcccggcgatgcaggcggtgcgcaattacttccatgatgcgtttctggcaccgcagcagttgtcggcccggcgctgatcctgcctttgcaggcccggccTCTTc < 2:2148173‑M1/5‑1 (MQ=255) ccgatgagcgtggggttggcctggcaccgggaacgggcattcagcccggcgatgcaggcggtgcgcaattacttccatgatgcgtttctggcaccgcagcagttgtcggcccggcgctgatcctgcctttgcaggcccggccTCTTcgcg > 1:2577583‑M1/143‑150 (MQ=255) ccTTGAGCATGGCGCGGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTcgcg < 2:98217/150‑1 (MQ=255) ccTTGAGCATGGCGCGGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTcgcg > 2:2783036/1‑150 (MQ=255) cgatgagcgtggggttggcctggcaccgggaacgggcattcagcccggcgatgcaggcggtgcgcaattacttccatgatgcgtttctggcaccgcagcagttgtcggcccggcgctgatcctgcctttgcaggcccggccTCTTCGCgg < 1:4495900‑M1/9‑1 (MQ=255) cgatgagcgtggggttggcctggcaccgggaacgggcattcagcccggcgatgcaggcggtgcgcaattacttccatgatgcgtttctggcaccgcagcagttgtcggcccggcgctgatcctgcctttgcaggcccggccTCTTCGCgg > 2:232042‑M1/142‑150 (MQ=255) cgatgagcgtggggttggcctggcaccgggaacgggcattcagcccggcgatgcaggcggtgcgcaattacttccatgatgcgtttctggcaccgcagcagttgtcggcccggcgctgatcctgcctttgcaggcccggccTCTTCGCgg > 1:2149103‑M1/142‑150 (MQ=255) cTTGAGCATGGCGCGGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCgg > 2:2791360/1‑150 (MQ=255) ttGAGCATGGCGCGGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCggg > 1:1514181/1‑150 (MQ=255) ttGAGCATGGCGCGGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCggg > 1:3092318/1‑150 (MQ=255) ttGAGCATGGCGCGGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCggg < 2:953650/150‑1 (MQ=255) gatgagcgtggggttggcctggcaccgggaacgggcattcagcccggcgatgcaggcggtgcgcaattacttccatgatgcgtttctggcaccgcagcagttgtcggcccggcgctgatcctgcctttgcaggcccggccTCTTCGCggg > 1:2543167‑M1/141‑150 (MQ=255) cATGGCGCGGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTGc < 1:148973/150‑1 (MQ=255) cATGGCGCGGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTGc < 2:1752866/150‑1 (MQ=255) cATGGCGCGGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTGGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTACGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTGc < 2:1753031/150‑1 (MQ=255) tGGCGCGGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTGccc < 1:2781115/150‑1 (MQ=255) cgcgGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTGCCCGCt < 1:1564953/150‑1 (MQ=255) gcgGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCAAGCCCGcga < 2:2086895/150‑3 (MQ=255) 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ttCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCGTGCCCGCGCCCACAg > 2:586668/1‑150 (MQ=255) tCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAgg < 2:1769514/150‑1 (MQ=255) cGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTTCCCCCGCCCACACGc > 1:2014708/1‑150 (MQ=255) cGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTGGCCGCACCCCCAGGc > 1:2727778/1‑150 (MQ=255) cGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGc < 2:751173/150‑1 (MQ=255) 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aaCGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTACGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCGGACATACCGCTGAAGATTTGCGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCAAAGGCAGGATCAGCGCCGGGCCGa < 2:1874701/150‑1 (MQ=255) ttCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTTCCCGCTCCCACAGGCGGACAAAACCCGGAAGGTTTTCGCTGGACCTGTGGGTGCGGGCGCGCCCGCGCAGACGCCCGGCCGGCAAAGGCAGGATAACCGCCCGGCCGCCAAc > 2:154359/1‑150 (MQ=255) atcctgcctttgcaggcccggccTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCGGACATACCGCTGAAGATCTGCGCTGCACCTGTGGGAGc > 2:1853368‑M1/24‑91 (MQ=255) atcctgcctttgcaggcccggccTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCGGACATACCGCTGAAGATCTGCGCTGCACCTGTGGGAGc < 1:1853368‑M1/68‑1 (MQ=255) tCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCGGACATACCGCGGAAGATTTGCGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCCAAGAGGCCGGGCCTGCAAAGGCAGGATCAGCGCCGGGCCGACAACggcagc > 2:3636261/1‑150 (MQ=255) cAAGAGGGGTGTTGGTTTCTGCGCGGGCGTGCCCGCTCCCACCGGCGGACATACCGCTGAAGATTTGCGCTGCACCTGTGGGAGGGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCAAAGGCAGGATCAGCGCCGGGCCGACAACTGCTGCg < 1:4395637/150‑1 (MQ=255) 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AGGCCTTGAGCATGGCGCGGTCTTCGAGCCATTTGACGTATGACGGGTCGGGCTGGGTCATTTCGCGTCCTCTTTGCGTGTCGGCACCGGCTCAGGTTATGACGGCGCTGCGGCCTGAACGTTCGGCTCAAGATGGGTGTTGGTTTCTTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGCGGACATACCGCTGAAGATTTGCGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCAAAGGCAGGATCAGCGCCGGGCCGACAACTGCTGCGGTGCCAGAAA > NC_002947/3320941‑3321228 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |