New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 6021226 = | 105 (0.530) | 6 (0.040) | 4/230 | NT | 5.8% | intergenic (‑49/+96) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
? | NC_002947 | 6021302 = | 107 (0.650) | intergenic (‑125/+20) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCAATCAGGTCGGCCAGC > NC_002947/6021154‑6021445 | gATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCaa > 1:1007220/1‑150 (MQ=255) tCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAAt > 2:1289677/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGCGGGCGGGACGCAGAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATACGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATg < 2:2408469/150‑1 (MQ=255) aGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATgg > 2:4478448/1‑150 (MQ=255) aGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTAGGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTGTCAACAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATgg < 2:3627780/150‑1 (MQ=255) ggCGGGGGGGGGACGCATCGCGGCTGCCTTTTGGTGGTTCGGGTTGAATTGGGTGGTGGTTTATTGGCGGGCTGGCCCGCGCCCACCGGTCGGGCACCGCTTGCAAACGGGGTGGTGTGCCGGTGGGCGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGc < 2:1244160/150‑1 (MQ=255) gcgcGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGcc > 1:1849425/1‑150 (MQ=255) acccATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCAAAGGTCGTGCACACCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGTAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTg < 1:358217/147‑1 (MQ=255) cGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACGGGTCGTGCACAGCTTTCATAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCGCGGGCTGt > 2:932311/1‑150 (MQ=255) gCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGGGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCCGCACAGGCTGtt > 1:1231984/1‑150 (MQ=255) cATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTGGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTa < 1:4137191/150‑1 (MQ=255) aTAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGGGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTAc > 2:4168860/1‑150 (MQ=255) aGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTGGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTActg < 2:537854/150‑1 (MQ=255) gCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCCCAACCACAAGTCGTGCACAGCATTCAAAAGCGGTGGCGTTCAAGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAAAGTGCCGGCACACGCAGTTACAGCTgg > 1:1285846/1‑150 (MQ=255) gCTGCATTAGGGTGGTTCGGGTTTAAATCGGTGGTGGTTTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACCGCTTTCAAAAGGGGTGGTGTTCCTGTGGGTGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTgg < 1:4387299/150‑1 (MQ=38) cTGCCTTATGGTGGTGCGGGTTGACATCGGGGGTGGAGTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCCCCGGTCGGGCACAGCTTTCAACAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGt < 2:3638212/150‑1 (MQ=38) gcctgctggtggTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTAGTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTGCAAACGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGa < 2:3984835/144‑1 (MQ=38) gCCTTTTGGTGTTTCGGGTTCAAACCGGGGGGGGACTATGCGCGGGCGGGCCCGCCCCCACAGGTCGTGCACCGCTTTCAACCGCGGTGTTGGCCCTTTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGa < 1:2289131/150‑1 (MQ=255) gCCTTATGGTGGTTGGGGTTTAAATGGGTGGTGTATTATGCGCGGGCTTGCCCGCACCCACTGTTCGTGCACAGCTTACAAACGGGGTGGTGTTCCTGTGGGAGGGGGAAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGa < 1:969407/150‑1 (MQ=255) gCCTTATGGTGGTTCGGGGTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCCCAGGCTGTTACTGCTGGTGa > 1:3577759/1‑150 (MQ=255) gCCTGATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGa < 2:2554460/150‑1 (MQ=255) cTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGc > 2:4289137/1‑150 (MQ=255) tATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCg > 1:2143917/1‑150 (MQ=255) tATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCg > 2:1835643/1‑150 (MQ=255) ggtggtTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGGACAGCTTTGAAAAGCGGTGGTGTTGGTGTGGGTGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGTGCCGgcg > 1:2376274/1‑150 (MQ=39) ggtggtTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGgcg > 2:1086009/1‑150 (MQ=255) ggtggtTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGgcg > 1:3324655/1‑150 (MQ=255) ggtggtTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGgcg > 1:3324664/1‑150 (MQ=255) gtggtTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCGGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAAAGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGgcgc > 1:3190364/1‑150 (MQ=255) ggtttGAATTGGGTGGTGGTTTTTTCGCGGGCTGGCCCGCTCCCACAGGTCGGGCACTGGTTTCAAACGCGGTGGTGTTCGTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGc < 1:3295060/147‑1 (MQ=37) gTTGAACTCGGTGGTGGATTAGTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGGGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGccc < 2:4084315/150‑1 (MQ=255) gTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGGGCCGGCGCGCTTTGccc < 2:4102701/150‑1 (MQ=255) gTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGccc < 1:2988819/150‑1 (MQ=255) 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aaGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGc < 1:3485396/150‑1 (MQ=255) aaGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCAGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGc < 2:3832101/150‑1 (MQ=255) gCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCgg < 2:4068694/150‑1 (MQ=255) ggtggtGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGACTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGct > 1:3618465/1‑150 (MQ=255) tggtgTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGcttc < 1:2476987/150‑1 (MQ=255) tggtgTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGcttc > 2:529680/1‑150 (MQ=255) gtTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTgc < 2:436645/150‑1 (MQ=255) ttCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCGGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTgcg > 2:332779/1‑150 (MQ=255) ttCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCGGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTgcg > 2:4129735/1‑150 (MQ=255) ttCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTgcg > 1:2925759/1‑150 (MQ=255) ttCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTgcg > 1:2925838/1‑150 (MQ=255) cctgtgggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTgcgcg > 2:3082614‑M2/24‑150 (MQ=255) tgtgggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCa > 2:2242655‑M2/22‑150 (MQ=255) tgtgggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCa > 1:767375‑M2/22‑150 (MQ=255) gtgggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCaa < 1:3996205‑M2/130‑1 (MQ=255) tgggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCAAt > 1:966649‑M2/20‑150 (MQ=255) gggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCAATc > 1:1471196‑M2/19‑150 (MQ=255) tttgcgggcttgcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCAATCa > 2:506937‑M2/18‑150 (MQ=255) ggagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCACGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCAAGGCCTTCGGCACTGATATGCGGCTTCTTGCGCGCAATCa > 2:589762‑M2/18‑150 (MQ=255) gagcgggcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCAATCAg > 1:1008199‑M2/17‑150 (MQ=255) gcaagcccgcAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCAATCAGGTCGGc > 2:2668729‑M2/11‑150 (MQ=255) cAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTAGTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCgg > 2:2907493‑M2/2‑117 (MQ=255) | GATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAGGCCTTCGGCACTGATCTGCGGCTTCTTGCGCGCAATCAGGTCGGCCAGC > NC_002947/6021154‑6021445 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |