New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1156328 = | 131 (0.480) | 34 (0.150) | 16/226 | NT | 31.8% | intergenic (+25/‑191) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
? | NC_002947 | 1156401 = | 39 (0.170) | intergenic (+98/‑118) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
GGTATGGGCTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCC > NC_002947/1156179‑1156474 | aactgttcacctacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggcct < 2:55013‑M1/1‑1 (MQ=255) aactgttcacatacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggcct > 2:7995879‑M1/150‑150 (MQ=255) aactgttcacatacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggcct < 2:7186920‑M1/1‑1 (MQ=255) ggaggggCTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGcttc < 2:4773651/146‑1 (MQ=255) gTATGGGCTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGcctc < 1:6796882/150‑1 (MQ=255) tATGGGCTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGcttgt > 1:8845540/1‑148 (MQ=255) gttcacatacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTc > 2:391943‑M1/146‑150 (MQ=255) ggCTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATCGCCATGGGGGCGTGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTcgc < 1:834652/150‑1 (MQ=255) ggCTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTTAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTcgc > 1:501668/1‑150 (MQ=255) cgggggTTGGGCATTGCGCGCACCATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCgg < 2:3343464/148‑1 (MQ=255) cTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCgg < 1:5960502/150‑1 (MQ=255) cTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCgg < 1:5365161/150‑1 (MQ=255) cTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCgg < 2:2431531/150‑1 (MQ=255) cTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCgg > 1:3116686/1‑150 (MQ=255) cTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCgg < 1:6071512/150‑1 (MQ=255) cTGGGGTTGGGCATGGCGCGCACCAGCGCCCATCGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCgg < 2:2079642/150‑1 (MQ=255) acgtacatgttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCgg > 1:7262661‑M1/142‑150 (MQ=255) acgtacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCgg > 1:8664155‑M1/142‑150 (MQ=255) acatacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCgg < 2:6725236‑M1/9‑1 (MQ=255) acatacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCgg > 1:1627305‑M1/142‑150 (MQ=255) acatacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCgg > 1:1556309‑M1/142‑150 (MQ=255) acatacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaagtctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCgg > 2:7904588‑M1/142‑150 (MQ=255) tGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCggg > 1:4363910/1‑150 (MQ=255) atacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggctTCTTCGCGGGt > 2:3349001‑M1/140‑150 (MQ=255) tacaggttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTg < 2:6626989‑M1/12‑1 (MQ=255) ttGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAAc < 2:2838866/150‑1 (MQ=255) gttgaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggcctcttcgcgggggtaacc < 1:2379253‑M1/17‑8 (MQ=255) ggCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCg > 2:2668401/1‑150 (MQ=255) ggCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCg > 2:5288860/1‑150 (MQ=255) ggCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCg > 1:2523799/1‑150 (MQ=255) gCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGTAACCgg > 1:8319264/1‑149 (MQ=255) gaggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCt > 2:9005514‑M1/131‑150 (MQ=255) cATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCt > 1:3477412/1‑150 (MQ=255) aggggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCCGCTc > 2:4558160‑M1/130‑150 (MQ=255) aTTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTc < 1:6319788/150‑1 (MQ=255) ttGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGTGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTcc < 1:7778162/150‑1 (MQ=255) ttGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGAGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTcc < 2:1868761/150‑1 (MQ=255) gggggtcatgggccagcttgatccttgccagtcgtttgcgaattctagccagcggggtcatggcggatgtcacgaaggacgacgggattgtcaccgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggccTCTTCGCGGGTGAACCcgctact < 2:8119177‑M1/23‑4 (MQ=255) 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cggggggggggCCGGGCTGGGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGTTTTGATTTTTTGGGGGGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCATACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGaa < 2:3399560/145‑1 (MQ=38) gAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGGACCCGCTCCTACGACGACCGCGTCAGGGTTGCGGGGGAGGGGCGGGTTCAGCCGCGAAGGGGccc > 1:3632310/1‑150 (MQ=255) ggggcTGGGGGTGACCCGGTAGCGGCCGCGGGGTATGGATGGCGTTTTTGGGGTGCGTGTGGGGGCTTCTGCGCGGGTGACCCCGCTCCTACAACGCCCGAGTCTGGTTTGCGTCTTAGGCGGGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGcaca < 2:5788588/149‑1 (MQ=255) gggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGa < 1:5736456/100‑1 (MQ=255) gggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGa > 2:1147610/1‑100 (MQ=255) gggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGa < 1:1147610/100‑1 (MQ=255) gggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGa > 2:5736456/1‑100 (MQ=255) gggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAg < 2:5206034/150‑1 (MQ=255) ggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAAACCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGGTTGCGTCGGAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAgg > 1:7588866/1‑150 (MQ=255) gcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAg < 2:4518326/103‑1 (MQ=255) gcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAg > 1:4518326/1‑103 (MQ=255) gACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAACACCGAGTCAGGTTTGGGGCGTAGGAGCGGGGGCACCCGCGAAGAGGCCCCCCCACGCACCCAAAAt > 1:6725236/1‑150 (MQ=38) cccTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCCCTCCTACAACCACCGCGTCAGGGTTGCGTCGTAGGAGCGGGGTCACCCGCGCAGAGGCCCGCCCAGGCACCCCAAATGt > 2:1851851/1‑150 (MQ=255) ccGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCGACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCCCGAAGAGGCCCCCCCAGGCACCCAAAAAGTCACAGCCCggg > 1:5220627/1‑149 (MQ=38) cgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggctTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGcgtcgt < 2:591719‑M1/50‑1 (MQ=255) cgggcagtgacattttgggtgcctgtgcgggctTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGcgtcgt > 1:591719‑M1/34‑83 (MQ=255) ggATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGa > 2:5952270/1‑85 (MQ=255) ttttgGGGGTGCGGGGGGGGGGTTCTTCGGGGGTCACCCCGCTCCACCACCCACCTAGCGCGTTTTGCGTCGTCGGTGGGGGACCCCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTc < 1:8802793/150‑1 (MQ=255) tttGGGGTGCCTGTGCGCGCTACTACGCGGGTCAACCCGAACCAAAAACCACCGAGTCAGGTTTCCGACCTAGGACCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGt < 2:8845176/150‑1 (MQ=255) tttGGGGTGCCGGGGCGGGCTTCTTGGGGGGTGACCCCGCTCCTCCACCGCCCGCGTCGGGTTGGCGTCGTGGGCGCGGGTCCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGt < 2:376149/150‑1 (MQ=255) tgCGGGCTTCTTCGCGGGTGAAACCGCTCCTACAACGAACGAGTCATGTTTTCGTGGTAGGAGCGGGTTAAACCGCGAAGAGGCCCGCACACGCACCCAAAATGTCAATGCCCCGTGACAATCCCGTCGTCCTTAGTGACATCCGCCaag > 2:1758938/1‑148 (MQ=255) gCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCCCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACAGCCCCGTGACAAACCCCTCGTCCGTCGTGACAAACGCCAAGAcccc > 2:7817015/1‑150 (MQ=38) | GGTATGGGCTGGGGTTGGGCATTGCGCGCAACATCGCCCATAGCCATGGGGGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCC > NC_002947/1156179‑1156474 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |