| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1156328 = | 131 (0.480) | 34 (0.150) | 16/226 | NT | 31.8% | intergenic (+25/‑191) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
| ? | NC_002947 | 1156401 = | 39 (0.170) | intergenic (+98/‑118) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase | |||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGTT > NC_002947/1156254‑1156549 | ggggggggggggTGGGGGTGACCCTGTATGTGCGGGGGGGTATGGTTTGAGTTTTTGGGGGGCGTGTGGGGGCTTCTTCGCGGGTGACCCCGCGCCTACCCCGACCGCGTCAGTTTTGCGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGc < 2:5428434/150‑1 (MQ=255) gAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGGACCCGCTCCTACGACGACCGCGTCAGGGTTGCGGGGGAGGGGCGGGTTCAGCCGCGAAGGGGccc > 1:3632310/1‑150 (MQ=255) ggggcTGGGGGTGACCCGGTAGCGGCCGCGGGGTATGGATGGCGTTTTTGGGGTGCGTGTGGGGGCTTCTGCGCGGGTGACCCCGCTCCTACAACGCCCGAGTCTGGTTTGCGTCTTAGGCGGGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGcaca < 2:5788588/149‑1 (MQ=255) ggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAAACCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGGTTGCGTCGGAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAgg > 1:7588866/1‑150 (MQ=255) gACCCTGTATCTGCCGCGGGGTTTGGTTTGTGTTGTGGGGGGGCGTGGGCGGGCTTCTTCGCGGGCGAACCCGCGCCTACACGGACCTCGTCCGGTTGGCGACTTTGGAGGGGGTGCACCCGCTAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAAt < 2:2079095/150‑1 (MQ=255) gACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAACACCGAGTCAGGTTTGGGGCGTAGGAGCGGGGGCACCCGCGAAGAGGCCCCCCCACGCA‑CCCAAAAt > 1:6725236/1‑150 (MQ=38) cccTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGGTTGCGTCGGAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGt > 2:3462909/1‑150 (MQ=255) cccTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCGACAACGAACCAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCCCGAAGAGGCCCCCCCACGCA‑CCCAAAAAGt > 1:7461488/1‑150 (MQ=37) cccTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCCCTCCTACAACCACCGCGTCAGGGTTGCGTCGTAGGAGCGGGGTCACCCGCGCAGAGGCCCGCCCAGGCA‑CCCCAAATGt > 2:1851851/1‑150 (MQ=255) tGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCAc > 2:1390043/1‑150 (MQ=255) ccGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCGACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCCCGAAGAGGCCCCCCCAGGCA‑CCCAAAAAGTCACAGCCCggg > 1:5220627/1‑149 (MQ=38) aTTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGGTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGTGGCCCGCACAGGCA‑CCCCAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCcgtcg > 2:9127655/1‑150 (MQ=255) ttttgGGGGTGCGGGGGGGGGGTTCTTCGGGGGTCACCCCGCTCCACCACCCACCTAGCGCGTTTTGCGTCGTCGGTGGGGGACCCCCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTc < 1:8802793/150‑1 (MQ=255) tttGGGGTGCCGGGGCGGGCTTCTTGGGGGGTGACCCCGCTCCTCCACCGCCCGCGTCGGGTTGGCGTCGTGGGCGCGGGTCCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGt < 2:376149/150‑1 (MQ=255) attGGGGTCCCTGAGCGGCAATCTTCCCGGGTGAACCCCCACCAACAACCACCGACACATGTTTCCGACGTAGGAGCGGGTACACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGt < 2:8845540/149‑1 (MQ=25) ggggTTCTGCGCGGGTGACCCCGCTCCTACCCCGACCGAGTCTGGTTTGGGTCGTAGGAGCGGGTACACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGAcc < 1:5218605/150‑1 (MQ=38) TTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACCACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAAACCCCTCGTTCTTCGTGACATCCGCCCAGACCCCGCTgg < 2:1741718‑M1/150‑1 (MQ=255) cCGCGGGTCCCCCCGCCCCTACCCCCCCCGAGGCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTGCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGc > 2:5705636‑M1/2‑150 (MQ=255) 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cccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCa > 1:6348083‑M2/60‑150 (MQ=255) cccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaAGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCa > 2:7479050‑M2/60‑150 (MQ=255) cccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaAGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCa > 2:4515510‑M2/60‑150 (MQ=255) CCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCa < 1:4373616‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAAGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCa < 2:3287833‑M1/150‑1 (MQ=255) ccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTg < 2:4491046‑M2/78‑1 (MQ=255) ccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTg > 1:4491046‑M2/59‑136 (MQ=255) ccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa > 1:9119368‑M2/59‑150 (MQ=255) ccgctcctacgacgcaaacctgactcggtcgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaAGCCCGCACAGGCA‑CCCACAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa > 1:4630018‑M2/59‑150 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa < 1:5570311‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa < 1:343847‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa < 2:4766469‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa < 1:4815270‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa < 2:7224735‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACAGCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaa < 1:397065‑M1/150‑1 (MQ=255) 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ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAtgt < 2:6725236‑M2/141‑1 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAtgt > 1:1627305‑M2/10‑150 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAtgt > 2:777908‑M2/10‑150 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAtgt > 1:1601899‑M2/10‑150 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAcgt > 1:7262610‑M2/10‑150 (MQ=255) ccgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACATGTAcgt > 1:7262661‑M2/10‑150 (MQ=255) cgcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAtgtg < 1:1851851‑M2/142‑1 (MQ=255) gcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGa > 1:6558772‑M2/8‑150 (MQ=255) gcgaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCAGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGa > 1:6558365‑M2/8‑150 (MQ=255) gaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAAc > 2:391943‑M2/6‑150 (MQ=255) gaagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAAc > 2:4312002‑M2/6‑150 (MQ=255) aagaGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACa < 2:5220627‑M2/146‑1 (MQ=255) tggCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAAGCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCGGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGtt < 2:55078/149‑1 (MQ=255) aGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGtt < 2:7186920‑M2/149‑1 (MQ=255) aGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGtt > 2:2787589‑M2/2‑150 (MQ=255) aGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTAGGTGAACAGtt < 2:55013‑M2/149‑1 (MQ=255) | GGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCA‑CCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGACCCCCCTCAACCTGTATGTGAACAGTT > NC_002947/1156254‑1156549 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |