New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2080205 = | 191 (0.690) | 15 (0.060) | 11/242 | NT | 9.2% | intergenic (+25/+90) | PP_1853/PP_1854 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 2080286 = | 130 (0.540) | intergenic (+106/+9) | PP_1853/PP_1854 | LysR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TCAGCCTGTATTTCGCCGAGCACAAGCTGTTGCCGGGCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACA‑GTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATC > NC_002947/2080056‑2080348 | ggttgaagattggcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctct > 1:8975345‑M1/150‑150 (MQ=255) gttgaagattggcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctctt < 1:7294004‑M1/2‑1 (MQ=255) ttgaagattggcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTc < 1:3638858‑M1/3‑1 (MQ=255) aGCCTGTATTTCGCCGAGCACAAGCTGTTGCCGGGCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTc < 1:3868889/150‑1 (MQ=255) gCCTGTATTTCGCCGAGCACAAGCTGTTGCCGGGCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTcg < 1:3152132/150‑1 (MQ=255) gaagattggcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTcgc > 1:3540206‑M1/146‑150 (MQ=255) gaagattggcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTcgc > 1:1533996‑M1/146‑150 (MQ=255) ccTGTATTTCGCCGAGCACAAGCTGTTGCCGGGCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTcgc > 2:284715/1‑150 (MQ=255) aagattggcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTcgcg < 2:6790259‑M1/6‑1 (MQ=255) agattggcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTCGCgg > 1:7049407‑M1/144‑150 (MQ=255) agattggcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTCGCgg > 2:3664143‑M1/144‑150 (MQ=255) agattggcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTCGCgg > 2:204216‑M1/144‑150 (MQ=255) gattggcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTcgc > 1:2305298‑M1/143‑147 (MQ=255) gattggcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTcgc < 2:2305298‑M1/5‑1 (MQ=255) ttggcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTCGCGGgcc < 2:4598024‑M1/10‑1 (MQ=255) tttCGCCGAGCACAAGCTGTTGCCGGGCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGgccc < 1:8490603/150‑1 (MQ=255) tggggagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatctcctctgggggagcatctgctgggcttgcgggtggatgtcgatgtgcacctgggcgcacaggtttcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTCGCtggcgg > 2:1838691‑M1/140‑148 (MQ=255) gcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTCGCGGgcccgc < 2:6286635‑M1/13‑1 (MQ=255) gcgagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTCGCGGgcccgc < 1:6432836‑M1/13‑1 (MQ=255) gagggtgacgggctggtgacggtgattaccccacgatcgccgctggggcagcaactgctgggcaagcgggtggatgacgaggtgcacctgggcgcacaggtatcgttcattgtcgatgttgtctgaaccggcctcTTCGCGGgcccgccc > 1:8862405‑M1/136‑150 (MQ=255) gCCGAGCACAAGCTGTTGCCGGGCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGTCTGAACCGGCCTCTTCGCGGgcccgccc > 2:5986428/1‑150 (MQ=255) ccGAGCACAAGCTGTTGCCGGGCAAGACCCGGGCGTTCCTCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGggccccccc > 1:2574231/1‑149 (MQ=255) ccGAGCACAAGCTGTTGCCGGGCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGcccgcccg > 1:7181279/1‑150 (MQ=255) 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ggTTCGATGCCCTGCTGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACA‑GTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGacaaca < 2:8841145/150‑1 (MQ=255) tCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACA‑GTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCg > 2:7601718/1‑150 (MQ=255) cGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCCGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGCATATCCCCGCCCTGAAGACA‑GTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGa < 2:327892/150‑1 (MQ=255) gATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACA‑GTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGAc < 2:7477828/150‑1 (MQ=255) aTGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCCCCGGGATATCACAGCCCAGAAGACA‑CAGGGGGCCGTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCCGAGCCGCCGGGGCAGacaaccaacacc > 1:8117815/1‑143 (MQ=255) 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agaATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACC‑GTGGGGTCCTGGTGGGGGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACCATGAACGATACCTGGGCGcc > 2:7043394/1‑150 (MQ=255) ggCCTGGGCCGGCCTTTCGGGGGGCCCCCCCGCCCCCACCGGGATACCCCCGCCGTCACCCCT‑GGGGGGGCGTTGTGGGTGGGGGGGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCa < 1:4810934/149‑1 (MQ=255) gCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACCGGGATATCACCGCCCTGAAGACC‑GTGGGGTCCTTGTGGGCGCGGGGGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCAc < 1:3785279/150‑1 (MQ=255) gCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCAACAGGTATATCACAGCCCTGAAGACA‑GTGGGTTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCAc < 2:8083089/150‑1 (MQ=255) gCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGTTTATCACAGCCCTGATGACA‑GTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTc < 2:4158736/150‑1 (MQ=255) | TCAGCCTGTATTTCGCCGAGCACAAGCTGTTGCCGGGCAAGACCCGGGCGTTCATCGATTTTGTGGTGGAGCAGTTTGCCGAGCAGGGGCTGGCGGGGCGGTTCGATGCCCTGCAGGCCCTTTAGAGAATTATTGCCTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGCCCGCCCGCACCCACAGGGATATCACAGCCCTGAAGACA‑GTGGGGTCCTTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGAGGCCGGTTCAGACAACATCGACAATGAACGATACCTGTGCGCCCAGGTGCACCTCGTCATC > NC_002947/2080056‑2080348 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |