| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4585460 | 71 (0.470) | 13 (0.100) | 9/236 | NT | 17.5% | intergenic (‑67/+104) | treSB/glgE | bifunctional trehalose synthase B/maltokinase/alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase |
| ? | NC_002947 | = 4585521 | 62 (0.480) | intergenic (‑128/+43) | treSB/glgE | bifunctional trehalose synthase B/maltokinase/alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase | |||||
GTTCGAGTCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/4585292‑4585460‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccccgtaggagcgggtttaTCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCCGCCCG < NC_002947/4585521‑4585373 GTTCGAGTCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATC < 2:4009836/150‑1 TCGAGTCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCC < 1:4705920/150‑1 GAGTCGAAGAACGACTTGATGTGCTGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCC < 1:4158799/150‑1 AGTCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCG > 1:228187/1‑150 TCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTA > 1:2512918/1‑150 TCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTA > 2:2252844/1‑150 TCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCAGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTA < 1:4276553/150‑1 CGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAG < 1:1264610/150‑1 CGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAG < 2:1123717/150‑1 GAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGC > 1:2446660/1‑150 GAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGC > 1:2651056/1‑150 ACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGG < 2:2527088/150‑1 ACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGG < 1:974672/150‑1 GACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGT > 2:843080/1‑150 GACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGT < 1:3134700/150‑1 GACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGACCCCCCGTAGGAGCGGGT < 2:2768685/150‑1 TTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTA < 2:3642631/150‑1 GGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CG > 1:2580116/1‑150 GTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGC < 1:1176870/150‑1 GTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGC < 2:497487/150‑1 TGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCG < 2:835890/150‑1 GCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGG < 1:4504331/150‑1 GCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGG < 2:1586198/150‑1 CGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTC < 2:4456662/150‑1 TTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCG < 1:2982262/134‑1 TTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCG > 2:2982262/1‑134 GCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGG < 2:1156392/150‑1 GCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGG < 2:4770713/150‑1 CATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATC < 1:4450424/127‑1 CATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATC > 2:4450424/1‑127 CCCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATG < 2:2743702/150‑1 CCCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGG < 2:5094333/150‑1 CCGTAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGC < 2:1481068/150‑1 TAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAA < 2:2475382/150‑1 TAGGAGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAA < 1:2791612/150‑1 AGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGT > 2:302924/1‑150 AGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGA > 2:1589447/1‑107 AGCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGA < 1:1589447/107‑1 GCGGGTTTATCCGCGAC‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCCCGCTCGGATGTCTGTGCATGCACTTGAAAGGAGTCGCACATGGCCACGCGTg > 2:2211548/1‑149 GCGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTT > 1:2647860/1‑150 CGGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTC < 2:3203574/150‑1 GGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCC > 1:924330/1‑150 GGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCC > 2:782582/1‑150 GGGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCC > 2:782605/1‑150 GGTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCC < 2:2394970/150‑1 GTTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCCG > 2:3928767/1‑150 TTTATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCCGC > 1:4609679/1‑150 TATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCCGCCC < 2:5120626/150‑1 ATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGGGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCCGCCCG < 2:315324/150‑1 ATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCCGCCCG < 1:2970888/150‑1 ATCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCCGCCCG < 1:2970931/150‑1 GTTCGAGTCGAAGAACGACTTGATGTGCAGCTGGTAGATGACGGCGTCCTTGTACCACAGCGGGTCGTCGATGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/4585292‑4585460‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccccgtaggagcgggtttaTCCGCGAA‑‑‑CAC‑CGGCGAAGCCGGTGCCATGCACCTCGGCACCGCGGTGTCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGGATCGAGCAAGCTCGGATGTCTGTGCATGCAATTGAAAGGAGTCGCACATGGCCAAGCGTTCCCGCCCG < NC_002947/4585521‑4585373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |