New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3314135 = | 47 (1.050) | 3 (0.070) | 3/262 | 2.6 | 6.3% | coding (405/894 nt) | PP_2912 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 4151571 | 42 (0.940) | coding (57/453 nt) | PP_3654 | leucine‑responsive regulatory protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CCGAAGTGGCAGCGCTGTTCCGTTTGGCCGCCGCAGGTGTGAGGGTGCCCAAGCCTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTCCGAGTTCAACGTGCTGCTCGGCCCGGACG > NC_002947/3314008‑3314268 | ccGAAGTGGCAGCGCTGTTCCGTTTGGCCGCCGCAGGTGTGAGGGTGCCCAAGCCTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGt < 1:464807/136‑1 (MQ=255) aaGTGGCAGCGCTGTTCCGTTTGGCCGCCGCAGGTGTGAGGGTGCCCAAGCCTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTaca < 2:772638/136‑1 (MQ=255) gTGGCAGCGCTGTTCCGTTTGGCCGCCGCAGGTGTGAGGGTGCCCAAGCCTTACTACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACAcc > 1:43319/1‑136 (MQ=255) tGGCAGCGCTGTTCCGTTTGGCCGCCGCAGGTGTGAGGGTGCCCAAGCCTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCt > 1:499326/1‑136 (MQ=255) ttCCGTTTGGCCGCCGCAGGTGTGAGGGTGCCCAAGCCTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCggagg < 1:271137/136‑1 (MQ=255) ttGGCCGCCGCAGGTGTGAGGGTGCCCAAGCCTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGccc < 1:391147/136‑1 (MQ=255) gtgtGAGGGTGCCCAAGCCTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGc < 1:584277/136‑1 (MQ=255) aaGCCTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGcc > 1:1020786/1‑136 (MQ=255) aaGCCTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGcc > 1:178688/1‑136 (MQ=255) aGCCTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCa < 2:1047264/136‑1 (MQ=255) aGCCTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCa < 2:1081664/136‑1 (MQ=255) cTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCTCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGt > 1:166207/1‑136 (MQ=255) aCTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGcg > 1:677933/1‑135 (MQ=255) aCTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCt > 1:654666/1‑136 (MQ=255) ccAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATg < 1:260735/136‑1 (MQ=255) cccaatggatagaactgatcgaaaaatccttgccgagctgcaaaaagacgggcgcctgtcgGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCt < 1:406‑M1/75‑1 (MQ=255) aGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCt > 1:255441/1‑136 (MQ=255) aGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCt > 1:555839/1‑136 (MQ=255) aGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCt > 2:883681/1‑136 (MQ=255) atatggatagaactgatcgaaaaatccttgtcgagctgcaaaatgacgggcgcctgtcgGAACGACGTACACCTCGTAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCTGGTCGTGCTGATGCtgt > 2:406‑M1/60‑136 (MQ=255) ccGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCtgtg < 1:1113644/135‑1 (MQ=255) ggTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGcc < 1:1099779/135‑1 (MQ=255) cGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGcc < 1:20249/136‑1 (MQ=255) gTGCTCCTGTTGGAGCTGGTGACAGATGCCGTTGGCGATGCGGCCCCGCGTCTGAACGTCGTACACCTCGAAGCGGAGGTTGCTCGCGCTTTCCTCGCCTTCGTCTTTCGACTTGTAGTGCTTTTGCTGTGGGCCg < 1:720110/136‑1 (MQ=255) tGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGTCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCgg > 1:242885/1‑136 (MQ=255) gCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGa > 2:542512/1‑136 (MQ=255) gCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGa > 2:994437/1‑136 (MQ=255) gCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGa > 1:26478/1‑136 (MQ=255) gCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGa > 1:607954/1‑136 (MQ=255) gCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCAAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGa > 1:644028/1‑136 (MQ=255) tCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAAt < 2:555839/136‑1 (MQ=255) ccTGATGGAGATGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTAGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATg > 1:144560/1‑136 (MQ=255) cTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGTTGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCg < 2:138781/136‑1 (MQ=255) ggTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGAc > 2:945713/1‑136 (MQ=255) ggTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGAc > 2:33803/1‑136 (MQ=255) gTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCa > 2:937598/1‑128 (MQ=255) gTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCa < 1:937598/128‑1 (MQ=255) tCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCt < 2:607954/136‑1 (MQ=255) aCCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGt > 2:977291/1‑136 (MQ=255) ccgatgccgatgGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTc < 2:654666/136‑1 (MQ=255) ccgatgccgatgGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTc > 1:557349/1‑136 (MQ=255) gccgatgGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTCCGAGt < 2:255441/136‑1 (MQ=255) cGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTCCGAGTTCAACGtg < 2:207672/136‑1 (MQ=255) gATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTCCGAGTTCAACGtgc > 2:617069/1‑136 (MQ=255) aTGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTCCGAGTTCAACGtgct < 1:658746/136‑1 (MQ=255) aTGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTCCGAGTTCAACGtgct < 2:836630/136‑1 (MQ=255) gCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTCCGAGTTCAACGtgctgc < 2:304357/136‑1 (MQ=255) ggCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTCCGAGTTCAACGTGCTGCTc > 1:847931/1‑136 (MQ=255) cggcgGAACGACGTACACCTCGACGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCGGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTCCGAGTTCAACGTGCTGCTCGGCCCgg > 2:845220‑M1/6‑136 (MQ=255) cTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTCCGAGTTCAACGTGCTGCTCGGCCCGGACg > 2:276963/1‑136 (MQ=255) | CCGAAGTGGCAGCGCTGTTCCGTTTGGCCGCCGCAGGTGTGAGGGTGCCCAAGCCTTACGACTTCCAGGACGGCGTGCTCCTGATGGAGCTGGTCACCGATGCCGATGGCGATGCGGCCCCGCGGCTGAACGACGTACACCTCGAAGCGGAGGATGCCCGCGCGTTCCACGCCTTCGTCATTCGCCAGGTCGTGCTGATGCTGTGCGCCGGAATGGTGCATGGCGACCTGTCCGAGTTCAACGTGCTGCTCGGCCCGGACG > NC_002947/3314008‑3314268 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |