New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5642209 = | 49 (0.300) | 10 (0.080) | 7/200 | NT | 27.6% | intergenic (+8/‑102) | PP_4950/PP_4951 | hypothetical protein/EmrB/QacA family drug resistance transporter |
? | NC_002947 | 5642293 = | 16 (0.130) | intergenic (+92/‑18) | PP_4950/PP_4951 | hypothetical protein/EmrB/QacA family drug resistance transporter |
ACTGCATGAAGAAGGCGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/5642389‑5642209 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtaggagcggctttagccgcgaaagggccggcaCTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCG > NC_002947/5642293‑5642439 ACTGCATGAAGAAGGCGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGT < 1:1954907/150‑1 CTGCATGAAGAAGGCGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTA < 2:336740/150‑1 CTGCATGAAGAAGGCGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTA < 1:1841895/150‑1 CTGCATGAAGAAGGCGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTA < 2:1379780/150‑1 TGCATGAAGAAGGCGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAG < 2:3659361/150‑1 TGCATGAAGAAGGCGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAG < 2:3659368/150‑1 TGAAGAAGGCGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGC < 1:2390172/150‑1 AAGAAGGCGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCAACAGGGGTTACGCGTTCCATGTAGGAGCGG > 2:4859443/1‑150 AGAAGGCGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGC < 2:506955/150‑1 cAGGCGACGGCCACCCCCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTT < 1:4635820/149‑1 GGCGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTA < 2:2082376/150‑1 CGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGGTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGC < 2:4335154/150‑1 ATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCG < 1:3757736/150‑1 TGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAAGGAACGCGTAACCCCTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGC < 1:3089617/150‑1 CCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTACTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCG > 2:4521441/1‑150 CCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGA > 2:1501989/1‑55 CCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGA < 1:1501989/55‑1 GCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCA > 1:1639992/1‑150 CTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCAT > 2:2449819/1‑150 TCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATG > 2:5326893/1‑150 TCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATG > 2:2600888/1‑150 TCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAA > 2:2138161/1‑84 TCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAA < 1:2138161/84‑1 TACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAG > 2:3752215/1‑150 TACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAG > 2:4094184/1‑150 TACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATG < 1:5122967/75‑1 TACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATG > 2:5122967/1‑75 TGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCT > 1:1508652/1‑150 GTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTC < 1:744814/150‑1 AGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTG > 2:803353/1‑133 AGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTG < 1:803353/133‑1 GGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAAC > 2:4722679/1‑150 GCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACT > 2:714271/1‑150 GCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACT > 1:4610299/1‑150 CGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTG > 1:3874838/1‑150 gattttcCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCC < 2:2143710/143‑1 GCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCC > 2:2093528/1‑150 TTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCT > 1:1875262/1‑150 TTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCT > 1:2121735/1‑150 TTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCT > 1:588233/1‑150 TAGCCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGC > 1:4344969/1‑150 CCGCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGG > 1:2148312/1‑150 GCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCC > 1:4227738/1‑150 GCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCC > 2:3555185/1‑150 GCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCC > 2:3330676/1‑150 GCGAAAGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCC > 2:4788721/1‑150 taacGGGCCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCAT < 1:2746775/146‑1 CCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGC > 2:1065562/1‑150 CCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCC > 1:3241921/1‑141 CCGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCC < 2:3241921/141‑1 CGGCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCT > 2:1476157/1‑150 GCACTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCG > 1:3018913/1‑150 ACTGCATGAAGAAGGCGATGGCCACCACCCAAGGGATCCAGCGGGCGGTGACGGGGTCCAGCGGGGTGCGTTCGGGCATGACGTCCTCGTTTGTCAGTGCCGGCCCTTTCGCGGCTAAAGCCGCTCCTACAGGGGTTACGCGTTCCTTGTAGGAGCGGCTTTAGCCGCGAAAGGGCCGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/5642389‑5642209 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtaggagcggctttagccgcgaaagggccggcaCTGACAAACGAGGACGTCATGCCCGAACGCACCCCGCTGGACCCCGTCACCGCCCGCTGGATCCCTTGGGTGGTGGCCATCGCCTTCTTCATGCAGTCCCTGGACGGCACCATCCTCAACACTGCCCTGCCGGCCATGGCCCGCTCG > NC_002947/5642293‑5642439 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |