| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2100380 = | 164 (1.000) | 10 (0.070) | 9/240 | NT | 6.7% | coding (1475/2358 nt) | PP_1875 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| ? | NC_002947 | 2100429 = | 130 (0.880) | coding (1426/2358 nt) | PP_1875 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator | |||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
CCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGCACACCACCGACAATGGCCGCCAAGCGCAC > NC_002947/2100231‑2100528 | cACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGccaggcc < 1:5317297/150‑1 (MQ=255) cgcgGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGccaggccca < 1:3540412/150‑1 (MQ=255) tgctgtccaacgcgctgaagttcacccgcttcggccgcgtcgacgtgcgcttggcggccattgtcggtggtgtgcgtctggaggtacgggataccggcatcggcatccccgaagacgcccaggcgcgcatcttccagcccttcaCCCAgg < 2:2428168‑M1/6‑1 (MQ=255) tgtccaacgcgctgaagttcacccgcttcggccgcgtcgacgtgcgcttggcggccattgtcggtggtgtgcgtctggaggtacgggataccggcatcggcatccccgaagacgcccaggcgcgcatcttccagccctccaCCCAGGCCg < 2:2326509‑M1/9‑1 (MQ=255) tccaacgcgctgaagttcacccgcttcggccgcgtcgacgtgcgcttggcggccattgtcggtggtgtgcgtctggaggtacgggataccggcatcggcatccccgaagacgcccaggcgcgcatcttccagcccttcaCCCAGGCCGGt < 1:2976236‑M1/11‑1 (MQ=255) tccaacgcgctgaagttcacccgcttcggccgcgtcgacgtgcgcttggcggccattgtcggtggtgtgcgtctggaggtacgggataccggcatcggcatccccgaagacgcccaggcgcgcatcttccagcccttcaCCCAGGCCGGt < 2:4228424‑M1/11‑1 (MQ=255) aTGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGt < 2:4257356/150‑1 (MQ=255) aTGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGt > 2:2976236/1‑150 (MQ=255) gCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGc < 1:3787144/150‑1 (MQ=255) caacgcgctgaagttcacccgcttcggccgcgtcgacgtgcgcttggcggccattgtcggtggtgtgcgtctggaggtacgggataccggcatcggcatccccgaagacgcccaggcgcgcatcttccagcccttcaCCCAGGCCGGTGc < 1:2902608‑M1/13‑1 (MQ=255) aacgcgctgaagttcacccgcttcggccgcgtcgacgtgcgcttggcggccattgtcggtggtgtgcgtctggaggtacgggataccggcatcggcatccccgaagacgcccaggcgcgcatcttccagcccttcaCCCAGGCCGGTGcc > 1:3106710‑M1/137‑150 (MQ=255) ggCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCg > 2:2803902/1‑150 (MQ=255) cTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACt > 2:3417254/1‑150 (MQ=255) tGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTg < 1:1982090/150‑1 (MQ=255) tGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTg < 1:203242/150‑1 (MQ=255) gATGGCTTCGGTGTGCTCGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAACGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCTCTGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCGATGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGt < 1:4769374/150‑1 (MQ=255) gATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGt < 1:1672371/150‑1 (MQ=255) aTGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTg < 1:1216913/150‑1 (MQ=255) cTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTAGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGc < 2:1425313/150‑1 (MQ=255) ttCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAACGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGcc > 1:4785480/1‑150 (MQ=255) ttCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGcc > 1:5240056/1‑150 (MQ=255) ttCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGcc > 2:2985657/1‑150 (MQ=255) ttCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGcc > 1:2326509/1‑150 (MQ=255) cGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCgg < 1:5058371/150‑1 (MQ=255) cGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCgg < 1:4269895/150‑1 (MQ=255) ccgcgtcgacgtgcgcttggcggccattgtcggtggtgtgcgtctggaggtacgggataccggcatcggcatccccgaagacgcccaggcgcgcatcttccagcccttcaCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCAc > 1:4364371‑M1/111‑150 (MQ=255) cgcgtcgacgtgcgcttggcggccattgtcggtggtgtgcgtctggaggtacgggataccggcatcggcatccccgaagacgcccaggcgcgcatcttccagcccttcgCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCAcc > 2:1257350‑M1/110‑150 (MQ=255) gCACGGTCAGCGGCGATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCgg < 2:560306/150‑1 (MQ=255) gCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCgg > 2:3068228/1‑150 (MQ=255) gCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCgg < 2:3815400/150‑1 (MQ=255) cACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCg < 1:260582/148‑1 (MQ=255) cACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGc > 2:1689238/1‑150 (MQ=255) aCGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGcc > 1:3711501/1‑150 (MQ=255) 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> 1:4093094‑M1/80‑127 (MQ=255) cAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGt < 1:615139/89‑1 (MQ=255) aGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTggg < 2:3227152/126‑1 (MQ=255) aGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTggg > 1:3227152/1‑126 (MQ=255) aGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCt > 2:173588/1‑150 (MQ=255) aGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCt > 2:1655802/1‑150 (MQ=255) cTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATGTGCAGGTGGCCCTGCATGGCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTgg < 1:3562540/150‑1 (MQ=255) 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gCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGga < 2:2116555/118‑1 (MQ=255) gCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGga > 1:2116555/1‑118 (MQ=255) gCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGc < 1:872275/150‑1 (MQ=255) gCCTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGc < 1:872174/150‑1 (MQ=255) ccTTGCACAGGTTACGCGTCAAAGCGAGGCCGAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATTCCGGCAGCGGCGTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTAGCTCCAGACGca > 2:3293295/1‑150 (MQ=255) tGCACAGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGCacac < 1:342159/150‑1 (MQ=255) cacaGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGCAcacca > 2:4858538/1‑150 (MQ=255) acaGGTTACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCNCCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCANCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGANGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGNCGATGCCGGTATCCCGTCCCTCCANACGCAcacctg > 2:2628481/1‑148 (MQ=255) tACGCGTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGCACACCACCGACaa < 2:1109227/150‑1 (MQ=255) gcgTCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGCACACCACCGACAATgg > 1:1892843/1‑150 (MQ=255) cgTCAAAGCCACGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGCGATGCCGGCACCGGCCTGGGGGACGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGCACACCACCGACAAGGgc > 2:4410721/1‑150 (MQ=255) tCAAAGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGCACACCACCGACAATGgccg > 2:30486/1‑150 (MQ=255) aaaGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGCACACCACCGACAATGgccgcc > 1:4990744/1‑150 (MQ=255) aaaGCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGCACACCACCGACAATGgccgcc < 2:1970848/150‑1 (MQ=255) gCCAGGCCCAGGCCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGCACACCACCGACAATGGCCGCCAAg > 1:1789080/1‑150 (MQ=255) ccaggcccaggcCGGTGCCACCGTACTGGCGGGTGATGCCGGCACCGGCCTGGGTGAAGGGCTGGAAGATGCGCGCCTGGGCGTCTTCGGGGATGCCGATGCCGGTATCCCGTACCTCCAGACGCACACCACCGACAATGGCCGCCAAgc > 1:3910442/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |