| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 3930336 | 97 (0.590) | 18 (0.140) | 7/208 | NT | 18.6% | intergenic (+46/‑94) | peaE/PP_3464 | phenylacetaldehyde dehydrogenase/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 5121586 = | 82 (0.640) | intergenic (+49/+82) | PP_4505/PP_4506 | sensor histidine kinase/nitroreductase family protein | |||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
TGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGAGCAACCCCATGAGGCACACACTCGCCTGCACATTGGCCCTGCTGTTAACCGCCCCCGCCAGCCA > NC_002947/3930190‑3930485 | tGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCa < 1:708562/150‑1 (MQ=255)tGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCa < 1:3836498/150‑1 (MQ=255)tGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCa < 2:3623433/150‑1 (MQ=255)tGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCa < 2:4157022/150‑1 (MQ=255)tGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCa < 2:4157099/150‑1 (MQ=255) gcagTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAg < 1:2797993/147‑1 (MQ=255) gCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAg < 2:269492/150‑1 (MQ=255) ccGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAgggca < 1:481601‑M1/150‑6 (MQ=255) ccGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAgg < 1:3551422/150‑1 (MQ=255) tttGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTAt > 1:4704549/1‑150 (MQ=255) ggtggCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATcac < 1:826868/150‑1 (MQ=255) gtggCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATcaca > 1:4468513/1‑150 (MQ=255) ggCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATg < 1:3876386/150‑1 (MQ=255) gCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGc > 1:2841246/1‑150 (MQ=255) cTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGcc < 1:2705622/150‑1 (MQ=255) cAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTg < 2:1108068/150‑1 (MQ=255) cAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTg < 2:1693200/150‑1 (MQ=255) aGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTa < 2:2123209/150‑1 (MQ=255) aGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTa < 2:3835921/150‑1 (MQ=255) aGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTa < 2:59364/150‑1 (MQ=255) gATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAg < 1:5038993/150‑1 (MQ=255) tGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAA‑CCCGCTCCTACAgggcatgtgatacctggtgtagga < 1:2154978‑M1/150‑25 (MQ=255) tGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAA‑CCCGCTCCTACAgggcatgtgatacctggtgtagga < 1:2154937‑M1/150‑25 (MQ=255) tGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTGAA‑CCCGCTCCTACAgggcatgtgatacctggtgtagga < 1:49391‑M1/150‑25 (MQ=255) gTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAgggcatgtgatacctggtgtaggag > 2:1308995‑M1/1‑125 (MQ=255) tCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAA‑CCCGCTCCTACAgggcatgtgatacctggtgtaggagc < 1:4209709‑M1/150‑27 (MQ=255) tCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGc < 2:1623953/150‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTGAA‑CCCGCTCCTACAgggcatgtgatacctggtgtaggagcgg < 1:2012618‑M1/150‑29 (MQ=255) tGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCgg < 1:429317/150‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCAGTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTGAA‑CCCGCTCCTACAgggcatgtgatacctggtgtaggagcgg < 2:4885730‑M1/150‑29 (MQ=255) ggCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCggg < 1:3709471/150‑1 (MQ=255) ggCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCggg < 1:5433614/150‑1 (MQ=255) ggCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCggg < 2:2184174/150‑1 (MQ=255) ggCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCggg < 1:3356407/150‑1 (MQ=255) gCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGt < 2:3754327/150‑1 (MQ=255) cGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGtt < 1:2108023/150‑1 (MQ=255) gTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTc < 1:1623282/150‑1 (MQ=255) tCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGcc < 2:4985142/129‑1 (MQ=255) cGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAgggcatgtgatacctggtgtaggagcgg < 2:610606‑M1/140‑29 (MQ=255) cGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACAgggcatgtgatacctggtgtaggagcgg > 1:610606‑M1/1‑112 (MQ=255) agaTGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGGAAA‑ACCCCTCCAACACCAGGGATCACAAGCCCGGTAGGAGCGGGGTCACCCGCGAag > 1:1158991/1‑150 (MQ=255) gaTGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAg > 2:2343153/1‑111 (MQ=255) gaTGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAg < 1:2343153/111‑1 (MQ=255) tGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAgg < 2:257044/150‑1 (MQ=255) 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aggggatgtggatgctgttgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggatgccttgatgcatgaatcagcccaaggccaggttactcaccccagctactaacgaaatcagccgtttccagcaccggcgccgtccgcggttcggtcagc < 2:3054518‑M1/150‑150 (MQ=255) acCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGAGCAACCCCATGAGGCACACACTCGCCTGCACATTGGCCCTGCTGTTAACCGCCCCCgccagcca > 1:2073511/1‑150 (MQ=255) | TGCCGTTTGGTGGCTACAAGATGTCTGGCGTTGGTCGTGAGATGGGTTCAGCGGCCATCGAGCATTACACGGAGCTGAAATCGGTGTTGATCAAGCTCTGATCCTTTTTCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACACCAGGTATCACATGCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACAAAAAAACAACAATAAAAACCATGGAGCAACCCCATGAGGCACACACTCGCCTGCACATTGGCCCTGCTGTTAACCGCCCCCGCCAGCCA > NC_002947/3930190‑3930485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |