| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 486415 = | 80 (0.490) | 11 (0.080) | 6/236 | NT | 10.4% | intergenic (‑98/+100) | apaG/rsmA | Co(2+)/Mg(2+) efflux protein/ribosomal RNA small subunit methyltransferase A |
| ? | NC_002947 | 486504 = | 119 (0.820) | intergenic (‑187/+11) | apaG/rsmA | Co(2+)/Mg(2+) efflux protein/ribosomal RNA small subunit methyltransferase A | |||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
TAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAGGCTGCCAGGTCGAGCTGTTCAGGGCGCAGGCTGCCATCAACGCCAGCAGCCTCGATGGCGGCGCTGTCCAGCAGGCCTTTCATGGTGTTGC > NC_002947/486355‑486651 | tAGGCCCGTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTGGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGGGGGTTGGGCGAGCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGt > 2:4861623/1‑150 (MQ=38)tAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGt > 1:2677553/1‑150 (MQ=255) ggCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTAc > 1:2087991/1‑150 (MQ=255) ggCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGATTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCATCTTCGCGGGTAAACCCGCTCATACAAGGGGTCGCACAGGAATTTAGGGATGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTAc > 2:4404378/1‑150 (MQ=39) gCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACg > 1:4077630/1‑150 (MQ=255) cATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACggg > 1:3795470/1‑150 (MQ=255) ggtggggggagggCCAGCGGTGTTCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTGTGTGGCGGCGTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCAGTGGATTTGAGGGTTGTGCGATGGCTTGTGGCGCGCGAAGAGGCGGGTAGGGGCTaat > 2:153029/4‑149 (MQ=255) ggaggggggagggCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTaaa > 2:1984926/1‑150 (MQ=255) cAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCt > 2:4454779/1‑150 (MQ=255) aGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTg > 2:3014286/1‑150 (MQ=255) tCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCa > 1:3441561/1‑150 (MQ=255) ccccccgggggggggggTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAg < 2:4900330/143‑1 (MQ=255) gggCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCGTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGt > 2:1009012/1‑150 (MQ=255) ccgccgggggggggggTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGt < 2:1645862/144‑1 (MQ=255) ccgcgcggggCGTTGGCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGt < 2:319480/144‑1 (MQ=255) tGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTc < 2:1298493/150‑1 (MQ=255) ggggggggTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCa > 2:2568848/1‑150 (MQ=255) ggggggTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGc > 2:1780154/1‑150 (MQ=255) 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CGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAGGCTGc > 2:4752142‑M1/1‑150 (MQ=255) cttcgcgggccacaagggatcgcacaaccctcaaatcctgtgcgaccccttgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAGGCTGCCAGGTc > 1:4123487‑M2/83‑150 (MQ=255) ttcgcgggccacaagggatcgcacaaccctcaaatcctgtgcgaccccttgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAGGCTGCCAGGTCg > 1:5261195‑M2/82‑150 (MQ=255) TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCa > 1:1349057‑M1/1‑123 (MQ=255) TTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAGGCTGCCAGGTCg < 1:2949763‑M1/150‑1 (MQ=255) 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TAGGCCATTGGGAGGGGGGAGGGCCAGCGGTGATCGGGCTTGGGGGGGGTGTTGTCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGGGGTCGCACAGGATTTGAGGGTTGTGCGATCCCTTGTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACGGGCTAAATCAGGCTTGTTGCTGATCCGCCAGTTGGTCAGCCAGGCGCACGAAGGCTGCCAGGTCGAGCTGTTCAGGGCGCAGGCTGCCATCAACGCCAGCAGCCTCGATGGCGGCGCTGTCCAGCAGGCCTTTCATGGTGTTGC > NC_002947/486355‑486651 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |