New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | 3949879 = | 48 (0.290) | 23 (0.180) | 13/212 | NT | 36.5% | coding (136/1797 nt) | PP_3483 | type II secretion system protein |
? | NC_002947 | 3949964 = | 42 (0.320) | coding (51/1797 nt) | PP_3483 | type II secretion system protein |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGATCGTCGTCGGGCCCTG > NC_002947/3949818‑3950112 | gTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGACGACGTc > 2:3436332/1‑150 (MQ=255) gctgccGGGCCTGGGCCTGGAGGTCGCGGGGGTATGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTGCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACCGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAg < 2:5386179/145‑1 (MQ=255) gccgccGGGCCGGGGCCCGGCGGGCGCGGGGGGCGGCGGACCTTTTTGCGGGGGTGTTCGCGGGCATGCCCGCGCCCACCGGTACCGCCCCGGTCGGTGGGCTGCATCCAGCCGGTGGGCGCGGGCAGGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAg < 2:1271052/145‑1 (MQ=255) 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gCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTGTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACCTCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAAGACGGCGGTGCAGGCTTTGCAGAGTcc > 2:2740485/1‑150 (MQ=39) ccAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATTCCCGCACCCACAGGTACATAACAGGTCTGTGGGCTGCATACAACCTGTTGGAGCGGGCAGGCCCCCGCCGAAGTCGGTGCAGGCGTTGCCGAATCCg > 1:2498564/1‑150 (MQ=255) cAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCGCCCACAGGTACATCACCGGTCTGTGGGCGGCCTACATCCGGTGGGAGCGGGCCAGCCCCCGCAGACGTCGGTGCAGGCGTTTCAGATTCCgg > 1:4302959/1‑150 (MQ=255) cgggcgcgGGGGTAGGCGGACATGTTTGCGGGGTCCTTCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACTGGTACCTCCCAGGTCTGTGGGCTGCATACAGCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGtt < 2:4831263/146‑1 (MQ=255) cggTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTGTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACCGGTCCAGCACTGGTGTGTGGGCGGCATACATCCGGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGtt < 2:3934194/149‑1 (MQ=255) aggTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACCGGTACAGCACCGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGGGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGtt < 2:3975212/150‑1 (MQ=255) gtggggggggTTGGCGGAACTTTTGGCTGGGTGCTTCGGGGGCAGGCCCGCTCCCACCGGTACAGCCCGGGTCTGGGGGCTGCATCCCGCCGGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGc < 2:2570144/145‑1 (MQ=255) ggggTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACCGGTACATCACTGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGCAGCAtggcc < 2:2714401/150‑5 (MQ=39) cGGAAATTGTGGCTGGGTTCTGCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACCTCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTg < 2:3548314/150‑1 (MQ=255) ggAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACCGGTACAGCACAGGTCGGTGGGCGGCATACAACCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCTCGGTGCAGGCTTTGCCGATTCCGGGGTTGCATCGACTGCTTCttg > 2:278938/1‑148 (MQ=38) 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ctgtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCtgt > 2:3806891‑M2/28‑150 (MQ=255) gtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGa > 2:4596045‑M2/26‑150 (MQ=255) gtgggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGa < 2:822214‑M2/125‑1 (MQ=255) gtgggagcgggcaggcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGa < 1:4222744‑M2/125‑1 (MQ=255) gggggcgcgggcaggcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGa < 1:1102915‑M2/125‑1 (MQ=255) ggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCa < 2:1285876‑M2/82‑1 (MQ=255) ggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCa > 1:1285876‑M2/23‑104 (MQ=255) ggagcgggcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCa < 2:1590286‑M2/128‑1 (MQ=255) gcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGAtc < 2:3989728‑M2/135‑1 (MQ=255) gcatgcccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGAtc < 1:583415‑M2/135‑1 (MQ=255) cccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTcc < 2:1197071‑M2/118‑1 (MQ=255) cccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTcc > 1:1197071‑M2/11‑128 (MQ=255) ccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGAtcgtcgtc > 2:5383930‑M2/10‑150 (MQ=255) ccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGAtcgtcgtc > 1:1433437‑M2/10‑150 (MQ=255) ccgcgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGAtcgtcgtc > 2:346803‑M2/10‑150 (MQ=255) cgaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGACTGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGATCGTCGTCggg > 1:4888359‑M2/7‑150 (MQ=255) gaagaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGATCGTCGTCGGGc < 1:260066‑M2/145‑1 (MQ=255) gaCGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGATCGTCGTCGGGCCCt < 2:2498564‑M2/148‑1 (MQ=255) | GTGGCTTGCAGACGGGCCTGGGCCAGGAGGTCGCGGGGGTAGGCGGAAATTTTTGCTGGGTTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACATCACAGGTCTGTGGGCTGCATACATCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAGACGTCGGTGCAGGCTTTGCAGATTCCGGGGTTGCATCGAATGCTTCTGGCATGGCCTGCGACTCCGCTCAGGGGCGCGTCGCAGGCTGGCTCGGCCAGGGGTGCGGGCGCCGCTATTCCCCTGTGAGCAGTTGATCGTCGTCGGGCCCTG > NC_002947/3949818‑3950112 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |