| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2181342 | 283 (1.070) | 312 (1.190) | 141/292 | 0.2 | 68.3% | intergenic (+176/+92) | PP_1931/PP_5486 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 4459540 = | 8 (0.030) | coding (212/696 nt) | pcaI | 3‑oxoadipate CoA‑transferase subunit A | |||||
Only 100 of 608 total aligned reads displayed.
CATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGTGCGTTCT > NC_002947/4459391‑4459689 | tgcccaaaagacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggt < 2:327077‑M2/1‑1 (MQ=255)tgcccaaaagacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggt < 2:3629427‑M2/1‑1 (MQ=255)tgcccaaaagacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggt < 1:4967370‑M2/1‑1 (MQ=255)tgcccaaaagacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggt > 2:5231577‑M2/150‑150 (MQ=255)catcatGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGt < 1:1061773/150‑1 (MQ=255) ccaaaagacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTgcg > 2:3899531‑M2/147‑150 (MQ=255) ccaaaagacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTgcg > 1:4870405‑M2/147‑150 (MQ=255) aTGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGAGcca < 1:1611430‑M2/150‑4 (MQ=255) aaaagacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCa > 1:5237252‑M2/145‑150 (MQ=255) agacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAgg < 2:3515528‑M2/9‑1 (MQ=255) gacctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAggt < 2:2835337‑M2/10‑1 (MQ=255) cGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactg < 2:64394‑M2/150‑9 (MQ=255) ggTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgt > 1:3176592‑M2/1‑141 (MQ=255) ggTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgt > 1:3327738‑M2/1‑141 (MQ=255) tGGCGTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgt > 2:3049435‑M2/1‑139 (MQ=255) tcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTc > 2:3393207‑M2/137‑150 (MQ=255) caagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCt > 1:2912306‑M2/136‑150 (MQ=255) ttCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaa > 1:3549578‑M2/1‑135 (MQ=255) 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tcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTccc > 1:3397314‑M2/126‑150 (MQ=255) cacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCcg < 1:583667‑M2/26‑1 (MQ=255) acatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCcgc > 1:4125290‑M2/124‑150 (MQ=255) tGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggt < 2:2001072‑M2/150‑27 (MQ=255) gCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttg < 1:2230033‑M2/150‑29 (MQ=255) 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cgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTcgac < 2:3458968‑M2/53‑1 (MQ=255) tCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtg < 2:2927177‑M2/150‑56 (MQ=255) cATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtgg > 2:1472817‑M2/1‑94 (MQ=255) ttGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtgggg > 1:4545615‑M2/1‑92 (MQ=255) gctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTa > 1:947893‑M2/90‑150 (MQ=255) 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aCGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttaca < 1:3258121‑M2/150‑107 (MQ=255) gcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGa < 1:421462‑M2/112‑1 (MQ=255) gagaTCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgct > 1:2527079‑M2/1‑39 (MQ=255) cgccCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctgg > 1:745185‑M2/1‑25 (MQ=255) cgcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCa < 1:1818931‑M2/128‑1 (MQ=255) gcgtgttttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAg > 2:729591‑M2/22‑150 (MQ=255) ccTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacg < 1:3759383‑M2/150‑129 (MQ=255) cTGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacga > 2:2749771‑M2/1‑21 (MQ=255) tGCTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgac < 1:5127587‑M2/150‑131 (MQ=255) cTCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgacta < 1:4440750‑M2/150‑133 (MQ=255) tttcacacagcctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCg > 1:5657933‑M2/16‑150 (MQ=255) tCATGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactac < 1:2032‑M2/150‑134 (MQ=255) tCATGGCAGGCAGCGTGccagacggtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactac < 2:3329849‑M2/150‑134 (MQ=255) tGGCAGGCAGCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtc > 2:4619003‑M2/1‑14 (MQ=255) ggcagCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGt < 1:2992594/150‑1 (MQ=255) gcagCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgat > 1:1179209‑M2/1‑8 (MQ=255) cctggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGTGc < 2:4921943‑M2/145‑1 (MQ=255) cagCGTGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgatg > 1:263753‑M2/1‑7 (MQ=255) tggTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGTGCGt > 1:2386070‑M2/4‑150 (MQ=255) tGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgatgaaaac < 2:1258854‑M2/150‑149 (MQ=255) tGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgatgaaaac < 1:4312117‑M2/150‑149 (MQ=255) tGccagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggatacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgatgaaaac < 1:1425577‑M2/150‑149 (MQ=255) | CATCATGGTCGGTGGCTTCGGCACGGCTGGCATGCCGTCCGAGCTGATCGATGGCCTCATTGCCACCGGTGCCCGCGACCTGACCATCATCAGCAACAACGCCGGCAACGGCGAGATCGGCCTGGCCGCCCTGCTCATGGCAGGCAGCGTGCGCAAGGTGGTCTGCTCGTTCCCGCGCCAGTCCGACTCCTACGTGTTCGACGAACTGTACCGCGCCGGCAAGATCGAGCTGGAAGTGGTCCCGCAGGGCAACCTGGCCGAGCGTATCCGCGCCGCAGGCTCCGGCATTGGTGCGTTCT > NC_002947/4459391‑4459689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |