| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 771005 = | 9 (0.480) | 27 (1.450) | 19/132 | 0.1 | 75.0% | intergenic (+394/‑453) | mngB/cydA | alpha‑mannosidase/cytochrome d terminal oxidase, subunit I |
| ? | NC_000913 | = 1050545 | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
ATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTAAAG > NC_000913/770939‑771071 | ctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattacctt > 1:639561‑M1/67‑68 (MQ=255) ccAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTg > 2:112963/1‑68 (MQ=255) ccAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTg > 2:39730/1‑68 (MQ=255) ccAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTg > 1:166984/1‑68 (MQ=255) ccAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTGTTTATCTTTAATTg > 2:334127/1‑68 (MQ=255) aaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCaa < 1:538155‑M1/11‑1 (MQ=255) catcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGaa < 1:21875‑M1/16‑1 (MQ=255) catcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGaa > 2:548192‑M1/53‑68 (MQ=255) catcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGaa > 2:240331‑M1/53‑68 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGaaa < 2:613487‑M1/17‑1 (MQ=255) aaGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTaa > 1:652485/1‑68 (MQ=255) gAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAAtt < 1:456109/68‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGc < 2:157337‑M1/28‑1 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATaa > 2:444618‑M1/34‑68 (MQ=255) aacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTca > 1:157337‑M1/30‑68 (MQ=255) acactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTcac < 2:674466‑M1/40‑1 (MQ=255) cactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTcaca < 1:394205‑M1/41‑1 (MQ=255) ttttGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACAtt < 2:445497/68‑1 (MQ=255) caataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACAtttt < 1:141281‑M1/47‑1 (MQ=255) aagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAAc > 2:94666‑M1/18‑68 (MQ=255) aagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAAc > 1:613491‑M1/18‑68 (MQ=255) agttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACAt > 2:147583‑M1/17‑60 (MQ=255) agttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACAt < 1:147583‑M1/44‑1 (MQ=255) agttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACa < 2:363730‑M1/52‑1 (MQ=255) ttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATa < 1:649613‑M1/54‑1 (MQ=255) ttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATa < 1:345617‑M1/54‑1 (MQ=255) ttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATa < 2:523689‑M1/54‑1 (MQ=255) agtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATg < 1:302226‑M1/58‑1 (MQ=255) ttttATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTc < 1:248822/68‑1 (MQ=255) tcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTc > 1:363732‑M1/9‑68 (MQ=255) tcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTc > 2:471422‑M1/9‑68 (MQ=255) tcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTAAATCTCACACATTTTAAACATAAATGTc > 1:420670‑M1/9‑68 (MQ=255) tCTTTAATTCCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTaa > 2:593187/1‑68 (MQ=255) accTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTaa > 1:344675‑M1/4‑68 (MQ=255) accTAAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTaa > 2:302224‑M1/4‑68 (MQ=255) cTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTAAAg < 1:570941‑M1/67‑1 (MQ=255) | ATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTAAAG > NC_000913/770939‑771071 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |