New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 30 (1.720) | 22/124 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
TGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCAT > NC_000913/1299431‑1299565 | tGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:625481‑M1/1‑68 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 2:322502‑M1/1‑65 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAata > 2:119063‑M1/1‑65 (MQ=255) ttGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataat > 2:632474‑M1/1‑63 (MQ=255) ttGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataat < 1:497195‑M1/68‑6 (MQ=255) tGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatc > 2:650164‑M1/1‑59 (MQ=255) aatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgtta > 1:563182‑M1/1‑51 (MQ=255) tGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaat > 2:247915‑M1/1‑48 (MQ=255) gAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatt < 1:119063‑M1/68‑22 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGATAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatt < 2:347765‑M1/68‑32 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc > 1:352023‑M1/1‑35 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc > 1:484291‑M1/1‑35 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc > 1:537185‑M1/1‑35 (MQ=255) taATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttatattattgtgcatttca > 1:448420‑M1/1‑34 (MQ=255) taATTCCACTGCCTATGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca > 1:141515‑M1/1‑34 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaatt > 1:104911‑M1/1‑30 (MQ=255) tCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaatt < 2:104911‑M1/43‑14 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact > 1:301502‑M1/1‑29 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactact > 2:160101‑M1/1‑29 (MQ=255) ccACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactaca > 2:398797‑M1/1‑29 (MQ=255) aCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgg > 1:511113‑M1/1‑27 (MQ=255) aCTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgataaattattgtgcatttcactactgg > 2:300265‑M1/1‑27 (MQ=255) cTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgga < 1:138607‑M1/68‑43 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc > 2:2915‑M1/1‑17 (MQ=255) gTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc < 1:2915‑M1/50‑34 (MQ=255) agagGTAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcat < 1:311103‑M1/68‑54 (MQ=255) agagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcag < 1:207318‑M1/68‑54 (MQ=255) ggAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaa > 1:80598‑M1/1‑12 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:637949‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag < 1:322504‑M1/68‑59 (MQ=255) gCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga > 2:390813‑M1/1‑5 (MQ=255) aataataatcttttgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacacg < 2:382396‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:85621‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 1:160101‑M1/68‑68 (MQ=255) aataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatg < 2:352021‑M1/68‑68 (MQ=255) | TGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCAT > NC_000913/1299431‑1299565 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |