New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 30 (1.720) | 22/124 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
CATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGC > NC_000913/1300633‑1300765 | gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 2:322502‑M2/66‑68 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 2:119063‑M2/66‑68 (MQ=255) ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat < 1:497195‑M2/5‑1 (MQ=255) ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat > 2:632474‑M2/64‑68 (MQ=255) tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATc > 2:650164‑M2/60‑68 (MQ=255) aattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa > 1:563182‑M2/52‑68 (MQ=255) tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAat > 2:247915‑M2/49‑68 (MQ=255) gaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatt < 1:119063‑M2/21‑1 (MQ=255) tattaattccactgcctttggtagaggatagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 2:347765‑M2/31‑1 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc > 1:537185‑M2/36‑68 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc > 1:484291‑M2/36‑68 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc > 1:352023‑M2/36‑68 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTATATTATTGTGCATTTCa > 1:448420‑M2/35‑68 (MQ=255) taattccactgcctatggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 1:141515‑M2/35‑68 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt > 1:104911‑M2/31‑43 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt < 2:104911‑M2/13‑1 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTcactaca > 2:398797‑M2/30‑67 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact > 1:301502‑M2/30‑68 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact > 2:160101‑M2/30‑68 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTgg > 1:511113‑M2/28‑68 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGATAAATTATTGTGCATTTCACTACTgg > 2:300265‑M2/28‑68 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGa < 1:138607‑M2/42‑1 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:2915‑M2/33‑1 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc > 2:2915‑M2/18‑50 (MQ=255) agaggtaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATcat < 1:311103‑M2/53‑2 (MQ=255) agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg < 1:207318‑M2/53‑1 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaa > 1:80598‑M2/13‑68 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 1:637949‑M2/11‑68 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:322504‑M2/58‑1 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa > 2:390813‑M2/6‑68 (MQ=255) aATAATAATCTTTTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGacacg < 2:382396‑M2/67‑3 (MQ=255) aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATg < 1:85621‑M2/67‑1 (MQ=255) aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATg < 2:352021‑M2/67‑1 (MQ=255) aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATg < 1:160101‑M2/67‑1 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc > 2:596524/1‑68 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGc > 2:664331/1‑68 (MQ=255) | CATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGC > NC_000913/1300633‑1300765 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |