| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 771005 = | 15 (0.670) | 42 (1.870) | 27/132 | 0.0 | 73.7% | intergenic (+394/‑453) | mngB/cydA | alpha‑mannosidase/cytochrome d terminal oxidase, subunit I |
| ? | NC_000913 | = 1050545 | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
TATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTAAAG > NC_000913/770938‑771071 | gctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattacct > 1:67246‑M1/68‑68 (MQ=255) aTTAGCCAGTGACCAATAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCttt < 1:244156/68‑1 (MQ=255) aTTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCttt < 2:498029/68‑1 (MQ=255) aTTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCttt < 2:499194/68‑1 (MQ=255) ccAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTg > 1:44999/1‑68 (MQ=255) ccAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTCATCTTTAATTg > 1:582619/1‑68 (MQ=255) gacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGc < 2:226905‑M1/8‑1 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattgtctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGcc < 1:294858‑M1/9‑1 (MQ=255) aagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAAc > 2:829094‑M1/57‑68 (MQ=255) aCCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAAcc > 2:771007/1‑68 (MQ=255) gtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCg < 1:527132‑M1/14‑1 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGa < 1:752867‑M1/15‑1 (MQ=255) aaGAATTAAGGACAACCGAGCTGTTTTAGCATACTCAATTTTTATCTTTAATTGAAACCCGAAACTaa > 1:355147/1‑68 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAAt > 2:73634‑M1/47‑68 (MQ=255) tcttatcataaatcacaatcaataagttggagtcattaccTAAATAGCCAACCGAAACTAATTTCAGc > 2:563328‑M1/41‑68 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAAATTCAGc < 2:332912‑M1/28‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagtaggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGc < 1:342678‑M1/28‑1 (MQ=255) aaGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTCATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGc < 2:582620/68‑1 (MQ=255) gaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCtt > 1:371097‑M1/38‑68 (MQ=255) gTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCtt < 2:276658/68‑1 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATaa < 2:809830‑M1/35‑1 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATaa > 1:134850‑M1/34‑68 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATaa > 2:740832‑M1/34‑68 (MQ=255) caaaacactatcaataagttggagccattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAAc > 1:431994‑M1/33‑68 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTc < 2:658024‑M1/38‑1 (MQ=255) cactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTcaca < 1:81056‑M1/41‑1 (MQ=255) cactatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTcaca < 2:786296‑M1/41‑1 (MQ=255) tatcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACAt > 1:609836‑M1/25‑68 (MQ=255) tttGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACAttt < 2:105898/68‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAACTTCAGCCTTATAACTCACACAttt > 1:332911‑M1/23‑68 (MQ=255) taagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTaaa < 1:483920‑M1/50‑1 (MQ=255) cTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTaaa > 1:647891/1‑68 (MQ=255) aagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAAc > 2:174670‑M1/18‑68 (MQ=255) aagttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAAc > 2:713575‑M1/18‑68 (MQ=255) tCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACa < 2:361589/68‑1 (MQ=255) agttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACAt > 1:548772‑M1/17‑60 (MQ=255) agttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACAt < 2:548773‑M1/44‑1 (MQ=255) agttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACa < 2:705699‑M1/52‑1 (MQ=255) agttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACa < 1:364637‑M1/52‑1 (MQ=255) ttggagtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATa < 2:187050‑M1/54‑1 (MQ=255) agtcattaccTTAATTGCCAACCGAAACAAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATg < 1:461228‑M1/58‑1 (MQ=255) ttttATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTc < 1:644360/68‑1 (MQ=255) tcattaccTTATTAGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTc > 2:629420‑M1/9‑68 (MQ=255) tcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTc > 1:460919‑M1/9‑68 (MQ=255) tcattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTc > 2:483921‑M1/9‑68 (MQ=255) tcaataccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTc < 2:83377‑M1/60‑1 (MQ=255) cattaccTTAATTGCCAACCGAAACTAACTTCAGCCTTATAACTCACACACTTTAAACATAAATGTCa > 1:804050‑M1/8‑68 (MQ=255) tCTTTAATTGCCAACATAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTaa < 1:354541/68‑1 (MQ=255) tCTTTAATAGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTaa > 2:286082/1‑68 (MQ=255) accTTAATTTTCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTaa > 1:148140‑M1/4‑68 (MQ=255) ccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATATATGTcacttaa > 2:364638‑M1/3‑65 (MQ=255) ccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTaaa < 2:315465‑M1/66‑1 (MQ=255) ccTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTaaa > 1:658023‑M1/3‑68 (MQ=255) ccTTAATAGCCAACCGATACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTAAATCATAAATGTCTCTaaa > 2:86217‑M1/3‑68 (MQ=255) cTTAATTGCCACCCGAAACTAATTTCAGCCTTATAAAACACACATTTTAAACATTAATGTCACtaaat > 2:159253‑M1/2‑67 (MQ=255) cTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTAAAg > 2:429585‑M1/2‑68 (MQ=255) cTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTAAAg > 2:819662‑M1/2‑68 (MQ=255) | TATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTCTCTTTTTATCTTTAATTGCCAACCGAAACTAATTTCAGCCTTATAACTCACACATTTTAAACATAAATGTCACTAAAG > NC_000913/770938‑771071 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |