| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 243009 | 36 (0.930) | 9 (0.260) | 6/116 | 2.3 | 20.2% | coding (295/2445 nt) | fadE | acyl coenzyme A dehydrogenase |
| ? | NC_000913 | = 243192 | 39 (1.130) | coding (112/2445 nt) | fadE | acyl coenzyme A dehydrogenase | |||||
CAGGCGCGGCTGCGGATAGTTATGCAGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATCGGCGGCATCACCTTACGG > NC_000913/242944‑243076 | cAGGCGCGGCTGCGGATAGTTATGCAGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTccc < 2:680473/68‑1 (MQ=255)cAGGCGCGGCTGCGGATAGTTATGCAGCCTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTccc < 1:891150/68‑1 (MQ=255) cgcgGCTGCGGATAGTTATGCAGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCggcgtt > 2:618948‑M1/1‑62 (MQ=255) gATAGTTATGCAGCTTTTTCCAGTCAGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCggcgttgctggtctgt > 1:322646‑M1/1‑52 (MQ=255) aTAGTTATGCAGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCggcgtagctggtctgtg > 2:979360‑M1/1‑51 (MQ=255) aGTTATGCAGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCa < 2:666919/68‑1 (MQ=255) gTTATGCAGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCAt > 1:407250/1‑68 (MQ=255) tATGCAGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCa > 2:1152063/1‑68 (MQ=255) aTGCAGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCaa < 1:621979/68‑1 (MQ=255) aTGCAGCTATTTCCAGTACGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCaa > 1:1304992/1‑68 (MQ=255) gCAGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATc > 2:1139300/1‑68 (MQ=255) cAGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCggcgttgctggtctgtggtcggcgtg > 2:547893‑M1/1‑42 (MQ=255) aGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGc > 1:1199142/1‑68 (MQ=255) aGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGc > 2:731156/1‑68 (MQ=255) aGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGc > 2:382909/1‑68 (MQ=255) aGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGc > 1:537625/1‑68 (MQ=255) aGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGc > 1:1295298/1‑68 (MQ=255) aGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGc < 1:541073/68‑1 (MQ=255) aGCTTTATCCAGTCCTGCTGGCCCTGGATCTAGTCGACCTCCCACCTGGTGGTGCCCGCAGCTATCGc < 2:953265/68‑1 (MQ=255) aGCATTTACCACACCGGCTTGAACAGGAACAAGTCGCCAACCAACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGc > 2:1455034/1‑68 (MQ=255) ttttCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGcttct < 2:65072/68‑1 (MQ=255) ccAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCggcgttgctggtctgtggtcggcgtgggtactggt > 2:1322007‑M1/1‑33 (MQ=255) ccAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCggcgttgctggtctgtggtcggcgtgggtactggt > 2:36599‑M1/1‑33 (MQ=255) ccAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCggcgttgctggtctgtggtcggcgtgggtactggt > 2:10788‑M1/1‑33 (MQ=255) ccAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCggcgttgctggtctgtggtcggcgtgggtactggt > 2:852561‑M1/1‑33 (MQ=255) cAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTtctc > 2:717237/1‑68 (MQ=255) cAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTtctc < 1:937014/68‑1 (MQ=255) tCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGt < 2:74613/68‑1 (MQ=255) tCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGt < 1:1053676/68‑1 (MQ=255) ccGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCCCCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTACTTTCTCAGTg > 2:123377/1‑68 (MQ=255) ccGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAggg > 2:712694/1‑66 (MQ=255) ccGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCGTTCTCAGTg > 2:1430762/1‑68 (MQ=255) ttGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCggcgttgctggtctgtggtcggcgtgggtactggtgcctctggcc > 2:186143‑M1/1‑23 (MQ=255) ttGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGa > 1:202663/1‑68 (MQ=255) gAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTTGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATcggcg < 1:701067/68‑1 (MQ=255) aCAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATCggcggc > 2:810278/1‑68 (MQ=255) aCAAGTCGCCCTCCAACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATCggcggc > 2:822771/1‑68 (MQ=255) gTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATCGGCGGCATCa > 1:596541/1‑68 (MQ=255) tCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATCGGCGGCATCAc < 1:289320/68‑1 (MQ=255) tCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATCGGCGGCATCAc < 2:189979/68‑1 (MQ=255) tCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATCGGCGGCATCAc < 2:1262553/68‑1 (MQ=255) cGCCCTCggcgttgctggtctgtggtcggcgtgggtactggtgcctctggccattatcctcgtgccat > 1:318120‑M1/1‑7 (MQ=255) cGCCCTCggcgttgctggtctgtggtcggcgtgggtactggtgcctctggccattatcctcgtgccat > 2:1326325‑M1/1‑7 (MQ=255) cGCCCTCggcgttgctggtctgtggtcggcgtgggtactggtgcctctggccattatcctcgtgccat < 1:93956‑M1/68‑62 (MQ=255) cGCCCTCggcgttgctggtctgtggtcggcgtgggtactggtgcctctggccattatcctcgtgccat > 1:792232‑M1/1‑7 (MQ=255) cGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATCGGCGGCATCAcc < 2:265643/68‑1 (MQ=255) cGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATCGGCGGCATCAcc < 1:908262/68‑1 (MQ=255) ccTCggcgttgctggtctgtggtcggcgtgggtactggtgcctctggccattatcctcgtgccattta > 1:284051‑M1/1‑4 (MQ=255) ccTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATCGGCGGCATCACCTTa < 2:148743/68‑1 (MQ=255) tCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATCGGCGGCATCACCTTACg > 2:250445/1‑68 (MQ=255) cggcggtgctgggctgtggtcggcgtgggtactggtgcctctggccattatcctcgtgccatttaact < 2:262251‑M1/68‑68 (MQ=255) | CAGGCGCGGCTGCGGATAGTTATGCAGCTTTTTCCAGTCCGGCTTGCCCTGGAACAAGTCGCCCTCCCACCAGGTGGTGCCCGCATCAATCGCTTCTTTCTCAGTGCGCGACATCGGCGGCATCACCTTACGG > NC_000913/242944‑243076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |