New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 26 (1.390) | 19/124 | 0.1 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
ACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGA > NC_000913/1300632‑1300760 | ggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 1:696724‑M2/2‑1 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 2:685203‑M2/66‑68 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 2:659751‑M2/66‑68 (MQ=255) ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat < 1:51512‑M2/5‑1 (MQ=255) gaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAtt < 2:294471‑M2/13‑1 (MQ=255) ataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt < 2:416391‑M2/15‑1 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa < 2:153966‑M2/18‑1 (MQ=255) tgatattatattattaattcctctgcctttggtagaggaaagtgctaaTTAATAATCAATTGTTAAat < 2:675573‑M2/20‑1 (MQ=255) gaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaTTAATAATCAATTGTTAAatt < 2:105757‑M2/21‑1 (MQ=255) gatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 1:606577‑M2/26‑1 (MQ=255) tattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGc > 1:37894‑M2/41‑68 (MQ=255) taattccgctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 1:125531‑M2/35‑68 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 1:481689‑M2/35‑68 (MQ=255) taattacactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGAATATCa > 1:512505‑M2/35‑68 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact > 1:34055‑M2/33‑68 (MQ=255) ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta < 1:287784‑M2/37‑1 (MQ=255) ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta < 2:626407‑M2/37‑1 (MQ=255) ctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTg > 1:738692‑M2/23‑68 (MQ=255) tggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa < 1:568760‑M2/49‑1 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 2:304949‑M2/18‑68 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 1:418773‑M2/18‑68 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 1:252114‑M2/18‑68 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 1:169950‑M2/18‑68 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaa > 2:608254‑M2/13‑68 (MQ=255) gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaaa > 2:269314‑M2/12‑68 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa > 2:522890‑M2/6‑68 (MQ=255) | ACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGA > NC_000913/1300632‑1300760 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |