| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 1429311 = | 129 (1.100) | 117 (1.010) | 105/490 | 0.2 | 64.7% | pseudogene (209/216 nt) | Y75_RS07225 | Ail/Lom family outer membrane beta‑barrel protein |
| ? | NC_007779 | = 3361428 | 0 (0.000) | coding (398/765 nt) | Y75_RS16705 | DUF1120 domain‑containing protein | |||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
GCGGCGGCATTGTTGACTATGGGAAACATCATAACAGTGCGCTGAATCCGACCGGTAAAAGTAATAAACTGGTTCAACTGGGCCGCAAAAACAGCACATTAAATATAACCTGCACAGCACCAACGCTAATTGCTGTAACCTCCAAGGATAACCGTCAGTCGACCATTGTAGCGTTAAACGACACATCCTATATTGAAAAAGCTTATGATACTCTCGTAGATATGAAGGGAACGAAAAACGCCTTTGGTTTAGGTTCTGCGCCTAATGGACAAAAAATTGGCGCTGCATCCATTGGTATTGACAGGTCTAATGGTGGGATTCACGCGGCGGACGATACAGGTGAAATTCCTGTCGACCTGATTCAAACTGACCACTGGTCAGCAGCGACCCCCACATGGAAAGCCTCATCTAATGGCGCATTCTGCTCGCTGACAAGTTGCTCAGCAATCGAGCGCGGTTATTCTGTTGCAAAAACAGGGGAACTGACACCTG > NC_007779/3361179‑3361670 | catggtctccagcggatagggccgtcggccattgcccgccttgggataaaacggctcgatgacagcggtcatattctgccatggcagaatctgctccatgcgggagaggaaaatctcttttcgggtctgacggcgcttagtgctgaattcactatcggcgaaggtgagttgatggctcatgatgtccctctgggatgcgctccggatgaatatgatgatctcatatcaggaacttgttcgcaccttcctt < 1:310539‑M2/2‑1 (MQ=255) atggtctccagcggatagggccgtcggccattgcccgccttgggataaaacggctcgatgacagcggtcatattctgccatggcagaatctgctccatgcgggagaggaaaatctcttttcgggtctgacggcgcttagtgctgaattcactatcggcgaaggtgagttgatggctcatgatgtccctctgggatgcgctccggatgaatatgatgatctcatatcaggaacttgttcgcaccttccTTa > 1:1115072‑M2/248‑250 (MQ=255) tggtctccagcggatagggccgtcggccattgcccgccttgggataaaacggctcgatgacagcggtcatattctgccatggcagaatctgctccatgcgggagaggaaaatctcttttcgggtctgacggcgcttagtgctgaattcactatcggcgaaggtgagttgatggctcatgatgtccctctgggatgcgctccggatgaatatgatgatctcatatcaggaacttgttcgcaccttccTTAg < 1:1063945‑M2/4‑1 (MQ=255) ggcggcATTGTTGACTATGGGAAACATCATAACAGTGCGCTGAATCCGACCGGTAAAAGTAATAAACTGGTTCAACTGGGCCGCAAAAACAGCACATTAAATATAACCTGCACAGCACCAACGCTAATTGCTGTAACCTCCAAGGATAACCGTCAGTCGAACATTGTAGCGTTAAACGACACATCCTATATTGTAAAAGCTTATGATACTCTCGTAGATATGAAGGGAACGAAAAACGCCTTTGGTTTag < 2:741963‑M2/250‑3 (MQ=255) 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ttgACTATGGGAAACATCATAACAGTGCGCTGAATCCGACCGGTAAAAGTAATAAACTGGTTCAACTGGGCCGCAAAAACAGCACATTAAATATAACCTGCACAGCACCAACGCTAATTGCTGTAACCTCCAAGGATAACCGTCAGTCGACCATTGTAGCGTTAAACGACACATCCTATATTGAAAAAGCTTATGATACTCTCGTAGATATGAAGGGAACGAAAAACGCCTTTGGTTTagggaaggtgcg < 1:879371‑M2/250‑13 (MQ=255) cggatagggccgtcggccattgcccgccttgggataaaacggctcgatgacagcggtcatattctgccatggcagaatctgctccatgcgggagaggaaaatctcttttcgggtctgacggcgcttagtgctgaattcactatcggcgaaggtgagttgatggctcatgatgtccctctgggatgcgctccggatgaatatgatgatctcatatcaggaacttgttcgcaccttccTTAGGTTCTGCGcc < 2:1017190‑M2/14‑1 (MQ=255) agggccgtcggccattgcccgccttgggataaaacggctcgatgacagcggtcatattctgccatggcagaatctgctccatgcgggagaggaaaatctcttttcgggtctgacggcgcttagtgctgaattcactatcggcgaaggtgagttgatggctcatgatgtccctctgggatgcgctccggatgaatatgatgatctcatatcaggaacttgttcgcaccttccTTAGGTTCTGCGCCTAATg > 2:616659‑M2/232‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |