| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2269346 | 3 (0.060) | 47 (1.010) | 40/290 | 0.2 | 94.0% | coding (595/1026 nt) | yejE | microcin C transporter YejABEF, permease subunit; ABC family |
| ? | CP009273 | 3576788 = | NA (NA) | intergenic (+10/‑55) | yrhA/insA | pseudogene, interrupted by IS1E/IS1 repressor TnpA | |||||
GACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2269201‑2269346‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA‑GCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCA > CP009273/3576788‑3576925 GACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGT < 1:441257/149‑1 TGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCGCTGGGGACCACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCGGTTTTTGGTTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTG > 1:154265/1‑149 TTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTGGGTCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGGTGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGtc > 1:225373/1‑147 CGTGCTGGGCGTGCCGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTA < 1:325325/149‑1 ATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTTCAGGGTCGGGTGATGCTGCCAACT > 2:204337/1‑143 cggggggcgGGCGGGGGCGCTACGAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTA < 2:224889/134‑1 CGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGCAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCCACTTACcg > 2:194327/1‑141 GCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGCTTTAGTGT > 1:463956/1‑149 GGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGCTTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATG < 1:420849/149‑1 GGGCGCTGCAAGGCTATTACGGCGGCAACGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGTCGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTTGTGTAT < 2:243431/143‑1 GGGCGCTACACGGCTACTGCGGCGGTAATGTCGACCTCCGGGGACAACGCTTTATTGCAGTGTGGTCTGGGTGGCCTACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTAT < 2:24084/143‑1 TACCAGGCCATTACGGCGGTACAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCTACGCTGTTTTTGACTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGT < 2:194577/143‑1 TACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTATTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTT < 1:407680/149‑1 CGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGC > 2:630183/1‑143 GCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTCCTTTGCCGCGCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATGTAGTCTTTGATGGTGTTTTTGAGGTGCTC < 2:709081/143‑1 CGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTCGTGTACGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCC > 2:100260/1‑143 acctGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGTAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGC < 2:680944/139‑1 AGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑T > 1:438233/1‑149 GTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TT > 1:701137/1‑149 TCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTAT < 1:463634/149‑1 CTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTC > 2:621229/1‑143 CTGGGGACAACGACTTATCGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCATCTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAG < 1:199883/149‑1 GGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTG > 1:389095/1‑149 GGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTG > 1:356940/1‑149 ggccaatctTTTATTTAGGTATGGTTGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGTTGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGGGCCCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGT < 1:58146/140‑1 GGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGT < 1:770028/149‑1 ACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGCGGCTTCTG‑TTTCTATCAGATGTCC > 1:67205/1‑149 ACAACGCTTTATTGAAGGATGGCCGGGGGTGCCGACGTTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACCTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAG < 2:397635/143‑1 CTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTTGTCTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTG < 1:598800/149‑1 TTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCC > 2:398247/1‑143 TTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGATGTTTTTGATGAGTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGGTTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCGTCTG‑TTTCTATGAGCTGTCTCTCCTGT > 1:190431/1‑149 TATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTGTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTC < 1:709005/149‑1 ATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTTTTCA > 1:620372/1‑149 GAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGGGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGT > 2:208102/1‑143 AGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTC < 2:341040/143‑1 GTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCT‑CACCAACTGGTGTTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA < 2:690341/143‑1 GTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGGTTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGTTGCTCCAGTGGCTTGTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCGCCT‑TTCACGCTACT > 1:307216/1‑149 GGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA‑GCTACTGACG < 1:757872/149‑1 GCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA‑GCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGG < 1:302004/149‑1 TGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTGGA‑GCTACTGCCGGGGTGGTTGGTATCGGCA > 1:171395/1‑149 TTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA‑GCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACG < 2:313392/143‑1 TATTTTACGTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA‑GCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGC < 1:732966/149‑1 ATTTTACTTTCCAGCGTCCGGTTATGCGGCCAACTTACCGATGTAGTGTACGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCGATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA‑GCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCC < 1:54179/149‑1 TTTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGGATGACGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA‑GCTACTGACGGGGTGCTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCG < 1:585997/149‑1 TTTACTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTT‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA‑GCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC > 2:251513/1‑143 CTTTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA‑GCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACAT < 1:268912/149‑1 TTCCAGCGTCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA‑GCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCA < 1:699382/149‑1 GACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/2269201‑2269346‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG‑TTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA‑GCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCA > CP009273/3576788‑3576925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |