| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1973060 = | 8 (0.070) | 124 (1.030) | 94/296 | 0.1 | 93.9% | intergenic (‑606/‑174) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein |
| ? | CP009273 | = 3577555 | NA (NA) | intergenic (+15/‑1) | insB1/yrhA | IS1 transposase B/pseudogene, interrupted by IS1E | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GGTGACATTAAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1973206‑1973060‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCA < CP009273/3577555‑3577411 GGTGACATTAAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAACGTAATTATAAGAAAATAGGG > 2:1092708/1‑149 ACATTAAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAAT < 1:2005506/149‑1 ATTAAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGA < 1:183000/149‑1 TTAAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGAC > 2:1345423/1‑149 AAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGAAATGCCAACTCGATAAAAGAGGTAAATATTAATCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATAATATAATTTCTAATTTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTC > 2:81951/1‑149 AAGCTTTCCTCCTAAGGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGCCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCC < 1:1776870/149‑1 GCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAA < 1:769416/149‑1 GCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAA < 1:1688722/149‑1 TTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAAATT > 1:148930/1‑149 ACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACCCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTAT < 1:650635/149‑1 cccaaagaAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA < 2:1504255/141‑1 TAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATA > 2:1584808/1‑149 AATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:1250435/1‑149 ATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACCAACGGCGATTAGATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGg > 1:472926/1‑148 TGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCAAACTTATTGATAGTG > 2:956285/1‑149 GGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT > 2:552259/1‑149 GAGAAACGACGCAGTCCCAACTCGGTCAAGCAGGTAAGTATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCGATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTACAACTTATTGCTTGTGTT > 2:483388/1‑149 GAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAAAAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCCAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTCTTGATAGTGat > 2:1533981/1‑147 AGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 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< 2:761884/146‑1 GTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGA < 1:1644748/149‑1 CAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACT < 1:620288/149‑1 AAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTT > 2:700974/1‑149 AAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTT > 2:324070/1‑149 AACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTT < 1:944581/149‑1 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> 1:830323/1‑149 ATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCC > 1:1770259/1‑149 TTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGTTAATTACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCT < 1:1465571/149‑1 TTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCT < 2:859235/149‑1 TGTAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTC < 2:151547/149‑1 TAATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAG < 1:769970/149‑1 AATTATAAGAATATAGGGGAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGCCTTTGTCATGCAGCTCCACCGGTTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGG < 2:808884/149‑1 ATTATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGT < 1:1639235/149‑1 TTATAAGAAAGTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTT > 2:932937/1‑149 cATAAGAAAATAGGGTAATGCCTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGGCGTGCCAGTTGCTGCCTCAGATTCAGGTTA < 1:1052530/148‑1 TATAAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTA < 2:547470/149‑1 AAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGC > 2:647217/1‑149 AAGAAAATAGGGTAATGACTCCAACTTATCGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAAGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGC > 1:1219317/1‑149 AAATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCT < 1:497796/149‑1 AATAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCGGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGGTC > 1:195554/1‑149 GGTGACATTAAAGCTTTACTCCTAATGGAGAAACGACGCAATCCCAACTCGGTCAAACAGGTAAATATTAGTCTGATTATTAGTAAAGATAATTAATCAATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/1973206‑1973060‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCA < CP009273/3577555‑3577411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |