| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1973060 = | 8 (0.070) | 124 (1.030) | 94/296 | 0.1 | 93.9% | intergenic (‑606/‑174) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein |
| ? | CP009273 | = 3577555 | NA (NA) | intergenic (+15/‑1) | insB1/yrhA | IS1 transposase B/pseudogene, interrupted by IS1E | |||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
TTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTG > CP009273/1972913‑1973208 | gaccggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagccgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAtt > 1:195554‑M1/145‑149 (MQ=255) cATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAAAAAGACAAAAATAAACATAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTGTAATGCGGAGAATCAGTACACTAtt > 1:1971421/1‑149 (MQ=255) aTGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTAttt < 2:1482179/149‑1 (MQ=255) gcataacctgaatctgaggcagcacttggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcgataagttggagtcattaccCTATTTTCtt > 1:1219317‑M1/140‑149 (MQ=255) gcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCtt > 2:647217‑M1/140‑149 (MQ=255) tACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTCGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggt < 2:1104538‑M1/149‑4 (MQ=255) tACCAGATAAGCAATTTTTAAACAAAAACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCACCGTAATGTTAATGAAAAGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggt < 1:338623‑M1/149‑4 (MQ=255) taacctgaatctgaggcagcaactggcacgcctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggaggcattaccCTATTTTCttatg < 1:1052530‑M1/13‑2 (MQ=255) cctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaaccggtggagctgcatgacaaaggcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattcccCTATATTCTTATAAtt < 2:808884‑M1/16‑1 (MQ=255) ctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTa < 1:769970‑M1/17‑1 (MQ=255) tctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACAttt < 1:679597‑M1/22‑1 (MQ=255) cTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTAAACTATTTTCTggtgatgctgccaa > 2:89146‑M1/1‑135 (MQ=255) aTTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaact > 2:1822700‑M1/1‑133 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |