| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1045234 = | 85 (1.130) | 64 (0.850) | 56/296 | 0.3 | 58.5% | intergenic (‑34/‑55) | gfcA/insA | O‑antigen capsule production threonine‑rich inner membrane protein/IS1 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 1973123 | 6 (0.080) | intergenic (‑669/‑111) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TGGTGCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCT > CP009273/1045086‑1045382 | tacaaagaaaggcaacaatcaacttaatgttaatgcaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcacctggagtgattgattaattatctttag > 2:683926‑M1/149‑149 (MQ=255)tacaaagaaaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttag < 2:508204‑M1/1‑1 (MQ=255) acaaagaaaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactcttttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttagg < 1:1168096‑M1/2‑1 (MQ=255) gtgtCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGt > 1:108515/1‑149 (MQ=255) gtgCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCACAACCAACAAACTCAGCGGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCCTGGACAATACGGGt > 1:918511/1‑149 (MQ=255) aagaaaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgattaccgggagtgattgattaattatcgttaGGTGa > 2:892729‑M1/145‑149 (MQ=255) ccAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAATGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAACGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAt > 1:673006/1‑149 (MQ=255) ccAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACCATACGGGTGAt > 1:616758/1‑149 (MQ=255) cAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAtg > 2:186602/1‑149 (MQ=255) gtagtaCCCGTCGTGGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAtgct < 1:931915/149‑1 (MQ=255) caacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCa < 2:310580‑M1/13‑1 (MQ=255) cccGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATTAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAAc < 1:409279/149‑1 (MQ=255) tcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgcttgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTAc < 2:414427‑M1/19‑1 (MQ=255) acaacttaatgttaatgaaatgttttacagatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTAc > 1:432757‑M1/131‑149 (MQ=255) ttGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGa > 1:410457/1‑149 (MQ=255) taatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGAttt < 2:1204072‑M1/25‑1 (MQ=255) aatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTa > 1:108811‑M1/124‑149 (MQ=255) tCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAg > 2:694507/1‑149 (MQ=255) tattaatgaaatgttttaaatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt > 1:104828‑M1/122‑149 (MQ=255) gTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGGGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgtgg > 2:1043053/1‑148 (MQ=255) ccGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatg < 1:323395/149‑1 (MQ=255) atgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtaccctattttcttataattaaattttaaattatatgatcacagggagtgattgattaattatatttaGGTGATGCTGACAACTTAAGGATTTAGTGTatg < 1:1110‑M1/33‑1 (MQ=255) cGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatga > 2:1066288/1‑149 (MQ=255) cGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatga > 2:963743/1‑149 (MQ=255) gaagcgttttacagatattaaccacttgtttaatgcggagaatcaggacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgat > 1:192742‑M1/115‑149 (MQ=255) gTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTTCACATTGAGGCCATAACTAGTTAAGAAAGATTTTTTTTCAAACCATTTCCATAATTCAACGCAGAGACAATACGGGTGATGATGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgtt < 1:584164/149‑3 (MQ=255) atgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgt > 2:1134024‑M1/112‑149 (MQ=255) ttgCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTAACGATTTAGTGTATAATGgtgt > 2:209806/1‑149 (MQ=255) catatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGa > 2:369547‑M1/104‑149 (MQ=255) ggCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGATTCATAACTTTTCCTTTATTCATCACATGGACAATACGGTTGATCGTTCCAACTTACCGATTTAGTGTATGCTGGGGTTTTTGACGtt > 1:906/1‑149 (MQ=255) gcagcaAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTtc > 1:726505/1‑149 (MQ=255) agcaAACGCCGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCCTAAGGATTGCAGAACGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAAGACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTtctc < 1:800646/149‑1 (MQ=255) caAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCa < 2:1076682/149‑1 (MQ=255) ccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatggtcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAg > 2:917323‑M1/94‑149 (MQ=255) ccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAggttctcacg < 1:984657‑M1/56‑4 (MQ=255) cacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGt > 1:508204‑M1/93‑149 (MQ=255) aCGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTGGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTg > 2:854117/1‑149 (MQ=255) cttggttaagtgggagaatcaggaaactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTgg > 1:273115‑M1/91‑149 (MQ=255) gtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCtt > 2:406686‑M1/88‑149 (MQ=255) tttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTGGTGTATGATGGTGTTTTTGAGTTTCGCCAGTGGCTTc < 2:940023‑M1/63‑1 (MQ=255) tGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTg > 2:916487/1‑149 (MQ=255) ggCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTACTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGt > 2:479007/1‑149 (MQ=255) gCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAAATTACTGATTTAGTGTATGATGGTGGTTTTTGGGTTCTCCAGTGGGTTCTGtt > 2:454984/1‑149 (MQ=38) 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gagaatcagtacactatgttcttataattacatttgaaattatatgatcaccaggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCCACTTACTGATTCAGTGTATGGTGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTAt < 1:519526‑M1/72‑1 (MQ=255) tcAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATc > 2:1097805/1‑149 (MQ=255) aaCATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACTATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCACTGGCTTCTGTTTCTATCAg > 2:903658/1‑149 (MQ=255) aaCATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAg > 1:1071399/1‑149 (MQ=255) aaCATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAg < 1:963743/149‑1 (MQ=255) 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aaatgatatggtcgccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGTTGCCACCTTACTGATTTCGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGggtggt > 1:667116‑M1/42‑149 (MQ=255) aTAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACGATACGGGCGATGCTGCCTGCTTACTGTTTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCGCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTaa < 1:842713/149‑1 (MQ=18) aTAACTTTTCCTTTATTCATCGAATGGACAATACGAGTGTTGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTTTCAGCTTTCCCTCCTGTTCTGCTACTGACGGGGTGGTTCGTaa > 2:777369/1‑149 (MQ=17) tAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAAc > 2:695894/1‑149 (MQ=255) tgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACg > 1:387330‑M1/34‑149 (MQ=255) ttttCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTTTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCa > 1:386730/1‑149 (MQ=255) tttCCTTTATTCATCGCATGGACAATCCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGCCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaa < 2:110678/149‑1 (MQ=255) tttCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaa > 1:60971/1‑149 (MQ=255) accgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaa > 1:337377‑M1/29‑149 (MQ=255) ccgggagttattgattaattatcttgaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaaa > 1:430751‑M1/28‑149 (MQ=255) tttATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAGGCa > 2:23007/1‑149 (MQ=255) tCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTACCAGCATTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTACCGGCAAAAGCACTGcc < 1:863669/149‑1 (MQ=255) gattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGcc > 1:69130‑M1/20‑149 (MQ=255) ccgcgtaTGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGGTTCTGTTTTTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCg < 1:1068972/143‑1 (MQ=255) cATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCg < 1:938210/149‑1 (MQ=255) attgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCg > 1:1204072‑M1/19‑149 (MQ=255) aTCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCgg > 2:182120/1‑149 (MQ=255) tgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGa < 2:931748‑M1/133‑1 (MQ=255) tCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTGTGTTGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGa > 1:1113008/1‑149 (MQ=255) tACGGGTGATGCTGCCAACGTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTAt < 1:454984/149‑1 (MQ=25) aCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGACTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGGGCTAtc > 1:267473/1‑149 (MQ=21) gggTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGGGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGGCCAGCTACTGACGGGGTGGTGCTTAACAGGAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCAAtcca > 1:218447/1‑147 (MQ=11) | TGGTGCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCT > CP009273/1045086‑1045382 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |