| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1045234 = | 85 (1.130) | 64 (0.850) | 56/296 | 0.3 | 58.5% | intergenic (‑34/‑55) | gfcA/insA | O‑antigen capsule production threonine‑rich inner membrane protein/IS1 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 1973123 | 6 (0.080) | intergenic (‑669/‑111) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein | |||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
TACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTT > CP009273/1972976‑1973269 | tACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAg > 1:871743‑M2/1‑148 (MQ=255)gtataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTAc < 1:1200322‑M2/10‑1 (MQ=255) tataacctgaatctagggcagcacctggcacggctgggactgaagtcgcggtcgttctcaaaatcggtggagctgtatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataatttggagtcattaccTTATCTTTaca > 2:897816‑M2/139‑148 (MQ=255) 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tgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgagaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaatacgttgaaggcattaccTTATCTTTACTAATACTc > 2:663588‑M2/132‑149 (MQ=255) ggCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgc < 2:291904‑M2/149‑12 (MQ=255) gCAACAATCAACTTAATGTAAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgcc < 1:829018‑M2/149‑13 (MQ=255) acaaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaac < 2:430751‑M2/149‑16 (MQ=255) tCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCGCTTCATTAATGCGTGGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttac > 1:433190‑M2/1‑130 (MQ=255) 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gaagcgttttaCAGATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGGACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat > 1:192742‑M2/6‑114 (MQ=255) gggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGGGt > 1:160955‑M2/104‑149 (MQ=255) gggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGt < 1:887886‑M2/46‑1 (MQ=255) ggacggacgtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcctgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGtt < 2:509829‑M2/47‑1 (MQ=255) gaacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcgggggagccgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGtt < 1:498466‑M2/47‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |