New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 1046001 | 73 (0.970) | 87 (1.160) | 65/296 | 0.1 | 69.6% | intergenic (+15/+418) | insB1/cspH | IS1 transposase B/stress protein, member of the CspA‑family |
? | CP009273 | 1973115 = | 3 (0.040) | intergenic (‑661/‑119) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTG > CP009273/1972967‑1973261 | ttgagcggtataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTa > 1:456654‑M2/147‑149 (MQ=255) aTTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATTTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTAt < 1:1061051/149‑1 (MQ=255) gagcggtataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATc < 1:357573‑M2/5‑1 (MQ=255) tAAATACGAAGAAAGTCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCt < 1:1002483/149‑1 (MQ=255) agcggtataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCt < 2:118895‑M2/6‑1 (MQ=255) tACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAg < 2:508204‑M2/149‑2 (MQ=255) tataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagtgggagtcattaccTTATCTTTACt > 2:1089223‑M2/139‑149 (MQ=255) tataacctgaatctagggcagcacctggcacggctgggactgaagtcgcggtcgttctcaaaatcggtggagctgtatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataatttggagtcattaccTTATCTTTaca > 2:897816‑M2/139‑148 (MQ=255) aCAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTCTTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAgg < 1:1168096‑M2/149‑3 (MQ=255) aCAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAGTTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAgg < 2:691340‑M2/149‑3 (MQ=255) aaagaaagGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtg < 1:598542‑M2/149‑5 (MQ=255) aacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACtaat < 1:975712‑M2/14‑1 (MQ=255) ctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTaataat > 2:981590‑M2/133‑149 (MQ=255) tgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgagaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaatacgttgaaggcattaccTTATCTTTACTAATACTc > 2:663588‑M2/132‑149 (MQ=255) ggCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgc < 2:291904‑M2/149‑12 (MQ=255) gCAACAATCAACTTAATGTAAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgcc < 1:829018‑M2/149‑13 (MQ=255) caacaaTCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgcca < 2:310580‑M2/149‑14 (MQ=255) tCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGCTTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttac < 2:414427‑M2/149‑20 (MQ=255) acaACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACAGATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttac > 1:432757‑M2/2‑130 (MQ=255) agcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcctcgggcataatctgaaaataaaacactatcaataagtttccgtcaataccGTATCCTTACTAATAATCAGAGTAAGAttt > 1:543472‑M2/120‑149 (MQ=255) acctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTAcc > 1:1184872‑M2/117‑149 (MQ=255) taatgttaatgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgattt < 2:1204072‑M2/149‑26 (MQ=255) ctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTCCCTg > 2:494403‑M2/115‑149 (MQ=255) aatgttaatgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgattta > 1:108811‑M2/1‑123 (MQ=255) ggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGAcc > 2:1095165‑M2/108‑149 (MQ=255) tgAAATGTTTTACATATATTCACCACTTGGTTAATGCGGAGAATCAGTGCACTATGTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGGGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccgacttaccggcttagcgtatga < 2:667116‑M2/149‑35 (MQ=255) gaagcgttttaCAGATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGGACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat > 1:192742‑M2/6‑114 (MQ=255) ctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGa > 2:265180‑M2/106‑149 (MQ=255) gggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGGGt > 1:160955‑M2/104‑149 (MQ=255) gggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGt < 1:887886‑M2/46‑1 (MQ=255) gaacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcgggggagccgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGtt < 1:498466‑M2/47‑1 (MQ=255) aTGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt > 2:1134024‑M2/1‑111 (MQ=255) gacggcagtccttgtcgttcacaaaatcggtggagccgcatgacaaagtcagcggggattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCCGCCTAATATTTACCTGTTGGACCGAGTTg < 1:513876‑M2/48‑1 (MQ=255) gacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTg < 2:392669‑M2/48‑1 (MQ=255) acggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTgg > 2:631567‑M2/101‑149 (MQ=255) acggaagtcgcggtccttctcaaaatcggaggagctccatgacacagtcatcgggccctatctcaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTgg < 1:1041600‑M2/49‑1 (MQ=255) cATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 2:369547‑M2/1‑103 (MQ=255) atatatTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGGGATTGATTAATTATCTTTAggtgctgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:1051634‑M2/149‑48 (MQ=255) gctgtcggtctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtc < 2:533056‑M2/58‑1 (MQ=255) tgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGcgtcgt < 1:486752‑M2/60‑1 (MQ=255) gttctcaaaagcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTtct < 2:410623‑M2/64‑1 (MQ=255) ttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATGTTTACCTGTTTGAGCGAGTTGGGATTGCGCCGTTtctc > 1:537080‑M2/85‑149 (MQ=255) ccACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctcacg < 1:984657‑M2/149‑57 (MQ=255) cACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAGTTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagt < 1:657008‑M2/149‑58 (MQ=255) cACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatgtagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagt > 2:783972‑M2/1‑92 (MQ=255) ctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgcacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCa < 2:434023‑M2/67‑1 (MQ=255) tcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTCATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCAt < 1:792292‑M2/68‑1 (MQ=255) cTTGGTTAAGTGGGAGAATCAGGAAACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtgg > 1:273115‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaaccggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacattaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTa < 2:557005‑M2/70‑1 (MQ=255) gTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggctt > 2:406686‑M2/1‑87 (MQ=255) tttAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttggtgtatgatggtgtttttgagtttcgccagtggcttc < 2:940023‑M2/149‑64 (MQ=255) atcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGa < 1:569993‑M2/73‑1 (MQ=255) agcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCTTTTCTCCATTAGGa < 1:751684‑M2/73‑1 (MQ=255) taagccggagaATCAGTACACTATTTTCTTATAATTTCATTGGAAATGATATGAGCTCCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccgacttattgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctg > 1:394369‑M2/6‑84 (MQ=255) ggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTa < 2:67370‑M2/76‑1 (MQ=255) tGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgcccacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgttt > 2:1148969‑M2/1‑81 (MQ=255) tgggactgcaggacaaagtcatctggcattatctgaacataaaacactatcaagaagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGAATAATATCTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTaaa < 1:794411‑M2/78‑1 (MQ=255) tggagcggcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTaaa < 2:53682‑M2/78‑1 (MQ=255) cGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttct > 1:676141‑M2/1‑79 (MQ=255) gagaATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctat > 2:805181‑M2/1‑77 (MQ=255) agccccatgacaaactcatcgggcatcatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCt < 2:215008‑M2/81‑1 (MQ=255) ctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacaccatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCttt < 2:1137359‑M2/83‑1 (MQ=255) gcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTaa > 2:133075‑M2/65‑149 (MQ=255) catgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCGTTAAt > 1:365556‑M2/64‑149 (MQ=255) catgacaaagtcaccgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTCATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAAt < 2:130659‑M2/86‑1 (MQ=255) tgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGt > 2:1051715‑M2/62‑149 (MQ=255) gacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTc > 1:738056‑M2/61‑149 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATCTTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCa < 2:795289‑M2/90‑1 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGAGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCa > 1:329491‑M2/60‑149 (MQ=255) cacTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccct < 2:761274‑M2/149‑84 (MQ=255) aaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCAcc > 2:333703‑M2/58‑149 (MQ=255) aaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCGGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCAcc > 2:359321‑M2/58‑149 (MQ=255) gtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGa > 1:847746‑M2/55‑149 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGaa < 2:703285‑M2/96‑1 (MQ=255) ttttCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCAGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgt < 2:332492‑M2/149‑89 (MQ=255) ttttttATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCTGTAGTGATTGATTAATTAGCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgtt > 1:18281‑M2/1‑60 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcaatgatttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCGGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCTTTGGGGGTAACATTTTGATTGCGCCTGAAGtt > 1:209666‑M2/51‑149 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggattcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGtt < 2:220825‑M2/99‑1 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGtt > 2:910368‑M2/51‑149 (MQ=255) gctTATAATTACATTTGAAATTATATGATCTCCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttca > 1:435036‑M2/2‑58 (MQ=255) actTATAATTACCTTTGAGATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttca > 1:1210775‑M2/2‑58 (MQ=255) cTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcag > 2:1168096‑M2/1‑57 (MQ=255) ggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTcac > 1:1028833‑M2/48‑149 (MQ=255) taATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttttttttttttcattgtcttctgtttctatcagctgttcctcctgtttagctac < 1:1109919‑M2/149‑97 (MQ=255) taATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctac > 2:431138‑M2/1‑53 (MQ=255) ttGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggt < 2:141025‑M2/149‑106 (MQ=255) ttGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggt < 2:1050190‑M2/149‑106 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGgaacccg > 1:908012‑M2/33‑146 (MQ=255) aaaTGATATGGTCGCCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgttgccaccttactgatttcgtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggt > 1:667116‑M2/1‑41 (MQ=255) aacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTAACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCCCCTGAAGTCCACAGAATAAGGAACAggtca > 1:512262‑M2/30‑147 (MQ=255) acactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTAt > 2:1003083‑M2/29‑149 (MQ=255) actctcatttagttggtgttcttaccTTATCTTTTCTAATAGTCAGAATCATTTGTACCTGTTTGACCGAGTTGGGTTTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACTGAATAAGGAACAGGTTATGa < 1:561370‑M2/123‑1 (MQ=255) tGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacg > 1:387330‑M2/1‑33 (MQ=255) aCCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaa > 1:337377‑M2/1‑28 (MQ=255) ccGGGAGTTATTGATTAATTATCTTGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaa > 1:430751‑M2/1‑27 (MQ=255) aagtgggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCa < 2:142416‑M2/132‑1 (MQ=255) gttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAat < 1:631567‑M2/134‑1 (MQ=255) ggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATCtt > 1:1031958‑M2/13‑149 (MQ=255) attgattAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcactgccg > 1:1204072‑M2/1‑18 (MQ=255) tgattAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcactgccgga < 2:931748‑M2/149‑134 (MQ=255) | CTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTG > CP009273/1972967‑1973261 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |