New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 2404880 = | 180 (2.470) | 5 (0.070) | 5/282 | 10.2 | 2.9% | intergenic (‑49/+38) | yfbS/yfbT | putative transporter/sugar phosphatas |
? | CP009273 | 2404900 = | 168 (2.420) | intergenic (‑69/+18) | yfbS/yfbT | putative transporter/sugar phosphatas | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
TAACAAACAAAGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCA‑GGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAAC > CP009273/2404732‑2405028 | tAACAAACAAAGCGCCCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATCCTGCCATaaaaaa < 1:841521/149‑1 (MQ=255) aaacaaccaAAGCCACCCCATCCCTACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATaaaaaa < 2:431273/148‑1 (MQ=255) aacaaacaAAGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGCAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATCGCGGGGGATGACTTGATTCTGCCCTAAAAAAg > 2:580983/1‑149 (MQ=255) acaaacaaCGCGACCGCATCCATACGCACTCGGCCCGTCGCAAACAAGACCTCGGCAACGGCCAGTAATGAACGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGc < 2:61255/149‑1 (MQ=255) acaaacaaAGCGCCCGCATCCATACGCACCCTGCCCGTCGCAAACAAGCCGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGc < 1:168912/149‑1 (MQ=255) accagaGCCACCGGATCCATTCGCACTGTGCCCGGCGCAAACAAGCCGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTCCACAACTTATCCTTGTTAATTGCTGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGcccc < 2:185213/144‑1 (MQ=255) aacaaaGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGcccc > 2:650141/1‑149 (MQ=255) acaaaGCGACCGCATCCAGACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCcg < 1:101616/149‑1 (MQ=255) agggcccGCATCCATACGCACTCGTCCCGTCGCAAACAAGACGAGGGAAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCGAAGCAATTCACCGTTCACAGCTGATCCTTGTGAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCcgacga < 2:198548/144‑1 (MQ=255) aGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGGCGATGGCCACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCcgacga < 1:285147/149‑1 (MQ=255) aGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCcgacga > 1:184274/1‑149 (MQ=255) gCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCACATCAATTCACAGTTCACAAATTATCCTCGATAATCGCGGGGGAACACCTAATTCGACCATAAAAAACCCCCCACgag > 2:1068243/1‑149 (MQ=255) gCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGCCgag > 1:636026/1‑149 (MQ=255) 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gACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCA‑GGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCgg > 2:917208/1‑149 (MQ=255) tGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCA‑GGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTa < 2:692872/149‑1 (MQ=255) ttCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCA‑GGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCt > 2:350527/1‑149 (MQ=255) cTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCA‑GGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGc < 1:13958/149‑1 (MQ=255) gCCAAAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCA‑GGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCg < 1:614271/149‑1 (MQ=255) ccATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCA‑GGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTACCTGCCgg > 2:1003284/1‑149 (MQ=255) cATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCA‑GGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGCGTATCTGCCGGa > 2:392098/1‑149 (MQ=255) aTAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCA‑GGTGTTTCACTGAATAATGACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAg < 2:438875/149‑1 (MQ=255) aTAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCA‑GGTGTTTCACTGAATAATAACATCTCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCAACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAg > 1:826740/1‑149 (MQ=255) tAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCA‑GGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGc < 1:353867/149‑1 (MQ=255) aaaaaaaGCCCTGACTAGACGGGGCTAAATCAGGATCA‑GGTGTTACACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGc < 1:310150/148‑1 (MQ=255) aaaaGCCCCGCCGAGACGGGGCTCAATCAAGATCA‑GTCGGTACACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTTATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGtt < 1:646797/149‑1 (MQ=255) | TAACAAACAAAGCGACCGCATCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCA‑GGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGACCTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAAC > CP009273/2404732‑2405028 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |