New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 2404880 = | 180 (2.470) | 5 (0.070) | 5/282 | 10.2 | 2.9% | intergenic (‑49/+38) | yfbS/yfbT | putative transporter/sugar phosphatas |
? | CP009273 | 2404900 = | 168 (2.420) | intergenic (‑69/+18) | yfbS/yfbT | putative transporter/sugar phosphatas | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGAC‑CTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAATGACATGACAACCCG > CP009273/2404752‑2405048 | ccATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACCGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAAGTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGGAACGGGGCTag > 1:46561/1‑148 (MQ=255) aTACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAAt > 1:783651/1‑149 (MQ=255) cGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCAt < 1:27695/149‑1 (MQ=255) gCACCCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATg < 1:974361/149‑1 (MQ=255) gCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAAGCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGgt < 2:495866/149‑1 (MQ=255) cccGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACATCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGAGGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGgtg > 2:432563/1‑149 (MQ=255) cccGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACACCTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTTATTCTGCCATCAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGgtg < 2:28558/149‑1 (MQ=255) cccGCCGCAAACACGACGTTGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAGTCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATACAAAAGCCCCTACGCGACGGGGCTAAATCATGATCAGgtg < 2:28231/149‑1 (MQ=255) gTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGACCCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGttt < 1:1023676/149‑1 (MQ=255) gTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGttt < 1:986057/149‑1 (MQ=255) gTCGCAAACAAGACGATGGCAACAGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGttt > 1:667014/1‑149 (MQ=255) cGCAAACAATACGAGGCCAACGGCCAGTAAGGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCa < 1:369390/149‑1 (MQ=255) gCAAACACGACGATGGCAACGGCCAGTAATTAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCAc < 2:591941/149‑1 (MQ=255) 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tAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGAC‑CTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAATGACATGACAAccc > 1:565389/1‑149 (MQ=255) aaaTCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGAC‑CTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAATGACATGACAACccg > 1:694976/1‑149 (MQ=255) | TCCATACGCACTCTGCCCGTCGCAAACAAGACGATGGCAACGGCCAGTAATGAAAGAACCCAAATCAATTCACCGTTCACAACTTATCCTTGTTAATTGAGGGGGATGACTTGATTCTGCCATAAAAAAGCCCCGACGAGACGGGGCTAAATCATGATCAGGTGTTTCACTGAATAATAACATCGCCATTTGGCTGTTTGGTCACAGTAATTTGCTCCAGACTGTGGAGGACCAAATCGAC‑CTCATTCAGGCGCGGGGTATCTGCCGGAGCGTTAACCGCAATGACATGACAACCCG > CP009273/2404752‑2405048 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |