| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1045234 = | 57 (0.930) | 57 (0.930) | 49/292 | 0.3 | 64.8% | intergenic (‑34/‑55) | gfcA/insA | O‑antigen capsule production threonine‑rich inner membrane protein/IS1 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 1973123 | 5 (0.080) | intergenic (‑669/‑111) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TGCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATC > CP009273/1045089‑1045379 | aaagaaaggcaacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTg < 2:969397‑M1/4‑1 (MQ=255) ccAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACGTGAAGGCCAGAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACgg > 1:322299/1‑144 (MQ=255) ccAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACgg > 1:750019/1‑144 (MQ=255) agtagtACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGTtgc > 2:448219/1‑149 (MQ=255) tagtgCCGGTGGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGTAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAtgctg < 2:213739/149‑1 (MQ=255) tagtaCCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACCATCCGGGTGctgctg > 2:686728/1‑149 (MQ=255) tcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCaa > 1:739739‑M1/131‑144 (MQ=255) cgtTGCCTCGGTCCCGTGTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACt < 2:56036/149‑1 (MQ=255) caacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACt > 2:663648‑M1/130‑149 (MQ=255) caacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACt > 2:890547‑M1/130‑149 (MQ=255) aacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACt > 1:551627‑M1/129‑144 (MQ=255) acttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACtt < 1:16254‑M1/17‑1 (MQ=255) tGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTa < 1:766388/144‑1 (MQ=255) cttaattttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTa > 1:706991‑M1/127‑144 (MQ=255) cttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTa > 1:705369‑M1/127‑144 (MQ=255) cGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 2:133504/149‑1 (MQ=255) tgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttgttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagggattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTCCTGATGTAgtg < 1:61937‑M1/29‑1 (MQ=255) tttGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCCGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgatg < 2:704511/149‑1 (MQ=255) tttGTTGCTGCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTa < 1:404046/144‑1 (MQ=255) acgttttacaaaaattaaccactagtttaaggcgaagaatcagtacacttttttcttataattacatttcaaattatatcatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatg > 1:696324‑M1/112‑144 (MQ=255) ttgCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATACGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTCGTCCTGTCGGGGGCAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGgtgt > 2:243558/1‑149 (MQ=38) ttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgatg < 1:4458‑M1/36‑1 (MQ=255) tgCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGtt > 2:466781/1‑149 (MQ=255) gCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATgg > 1:319493/1‑144 (MQ=255) ttCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttttt > 2:279378/1‑149 (MQ=255) ttCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttttt > 2:520289/1‑149 (MQ=255) ttCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGGTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTCGTGTATGATGGGGttttt > 2:294312/1‑149 (MQ=255) tacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttttt > 2:33360‑M1/106‑149 (MQ=255) tacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGttttt < 2:486988‑M1/44‑1 (MQ=255) tCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATCTAGTGTATGATGGTGTTTTTg < 2:737198/149‑1 (MQ=255) tattaaccacttgtttaatgcggagaaccagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTg < 1:192302‑M1/45‑1 (MQ=255) attaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatccccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGa > 1:766422‑M1/99‑144 (MQ=255) attaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTACGATTGTGTTTTtgt > 1:732764‑M1/99‑143 (MQ=255) ttaaccacttgtttaatgcggagaatccatggacaattgtcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAg < 1:677510‑M1/47‑1 (MQ=255) cagcaAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAg < 1:550486/144‑1 (MQ=255) taaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGACTTAGTGGATGATTTTGTGTTTGAGGTtctc < 2:283826‑M1/53‑1 (MQ=255) gcaAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTCTGATGGTGTTTTTGAGGTTCTcc < 2:681670/149‑1 (MQ=255) gcaAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGATTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGCGCTCCTGCCAACTTACTGTGCTCGGGAATGATGGTGTTTTTGAgtt > 1:614172/1‑142 (MQ=255) caAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATGCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGtt > 1:339552/1‑144 (MQ=255) caAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGtt > 1:769781/1‑144 (MQ=255) accacttgtttaatgcggagaatcagtacaatttatttttgtaattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGGGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCa < 2:1027619‑M1/55‑1 (MQ=255) aaCGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGt < 2:122789/149‑1 (MQ=255) ttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGc < 2:933257‑M1/60‑1 (MQ=255) cTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGCTTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTAATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCAAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCt > 2:227759/1‑149 (MQ=255) taatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTGGTGTAGGATGGGGTTTTTGCGGTTCTCCAGtggg < 1:275893‑M1/60‑2 (MQ=255) aatgcggagaatcagtacacttttttcttataactacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGt > 2:924824‑M1/84‑149 (MQ=255) tcgtcAACATGAAGGCCAGAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTCCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTg < 1:178392/144‑1 (MQ=255) cggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCTGACTTACTGATTTAGTGTATGATGTTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTg < 1:553412‑M1/65‑1 (MQ=255) aaaatcagtacacgattttcttataattacaattgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCTAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGttt > 1:614133‑M1/77‑144 (MQ=255) 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accgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACg > 1:477416‑M1/29‑144 (MQ=255) accgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATCTAGAGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTGCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaa < 2:714635‑M1/121‑1 (MQ=255) ccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaaa > 2:876925‑M1/28‑149 (MQ=255) tttATTCATCGCATGGACAATACTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaa > 1:272863/1‑144 (MQ=255) tATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaaa < 1:162156/144‑1 (MQ=255) agtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCaaaa > 1:857158‑M1/23‑144 (MQ=255) ttCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGc > 2:985358/1‑149 (MQ=255) ttCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGc < 2:375481/149‑1 (MQ=255) tgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGc < 1:639545‑M1/124‑1 (MQ=255) tCACCGCATGGGCAATTCGGGTGATGCTGGCAACTTACGGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGcc < 2:87848/149‑1 (MQ=14) tgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTTGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGa < 2:267474‑M1/133‑1 (MQ=255) ttaattatctttaGGTGGTGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTGTGATGGTGTTTTTGAGGTTCTGCAGTGGCTTCTGTTTCGATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGGCGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCg > 1:161396‑M1/14‑144 (MQ=255) ttaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTCCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACAt < 2:934906‑M1/136‑1 (MQ=255) aTGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCCCTGCCgg > 1:787787/1‑144 (MQ=255) aattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCGGCTTACCCTCCGGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACAtcc < 2:245041‑M1/138‑2 (MQ=255) ttatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGGAACGGCAAAAGCACTGCCGGACa < 1:426129‑M1/135‑1 (MQ=255) cAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAgcgc < 2:411850/149‑1 (MQ=38) tctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGGGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGAGGCTTCTGTGTCTATCATCTGTCCCTCCTGTTCAGCTGCTGACGGGGTGGTGCGTAAGGGCCAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCt < 2:247831‑M1/143‑1 (MQ=255) ctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGGGCTa < 2:113005‑M1/144‑1 (MQ=255) aCGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTACCGGACATCAGCGCTAtc > 2:403979/1‑149 (MQ=21) cGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAgcgc < 1:268441/144‑1 (MQ=33) | TGCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATC > CP009273/1045089‑1045379 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |