| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1045234 = | 57 (0.930) | 57 (0.930) | 49/292 | 0.3 | 64.8% | intergenic (‑34/‑55) | gfcA/insA | O‑antigen capsule production threonine‑rich inner membrane protein/IS1 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 1973123 | 5 (0.080) | intergenic (‑669/‑111) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTA > CP009273/1972979‑1973270 | aaagaaagGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtg < 2:969397‑M2/149‑5 (MQ=255) aacctgcatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcacaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTa < 1:818316‑M2/9‑1 (MQ=255) ctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACta > 1:385718‑M2/133‑144 (MQ=255) atctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGa < 2:259123‑M2/21‑1 (MQ=255) gaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAg > 1:256278‑M2/125‑144 (MQ=255) cAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttact > 2:663648‑M2/1‑129 (MQ=255) cAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttact > 2:890547‑M2/1‑129 (MQ=255) agcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggttgagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATAttt < 2:754603‑M2/30‑1 (MQ=255) aaCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactg < 2:891666‑M2/149‑22 (MQ=255) aaCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaact > 1:551627‑M2/1‑128 (MQ=255) aCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaactt < 1:16254‑M2/144‑18 (MQ=255) cTTAATTTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaactta > 1:706991‑M2/1‑126 (MQ=255) cTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaactta > 1:705369‑M2/1‑126 (MQ=255) cTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaactta > 1:872615‑M2/1‑126 (MQ=255) ctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATAttt < 1:772551‑M2/30‑1 (MQ=255) ctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTtaccgg > 2:494110‑M2/115‑147 (MQ=255) tgggatggctgggacggaagtcgctgtcgttcttaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcactatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCGTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGt < 2:343931‑M2/36‑1 (MQ=255) ggcacggccgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTAc < 1:933158‑M2/32‑1 (MQ=255) gcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTAcc > 1:300793‑M2/112‑144 (MQ=255) cggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGAc < 2:528917‑M2/41‑1 (MQ=255) tgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTGTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGGGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttcctgatgtagtg < 1:61937‑M2/144‑30 (MQ=255) tgAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 2:769426‑M2/1‑115 (MQ=255) gctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGttt > 1:667689‑M2/107‑144 (MQ=255) gggacggaagtcgctggcgttctgaaaatcggtggagctgcatgacaaattgatcgggcattaactgcacctaaaactctgtcaattagttggagtcattaccTTCTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGAc < 1:155059‑M2/41‑1 (MQ=255) acgttTTACAAAAATTAACCACTAGTTTAAGGCGAAGAATCAGTACACTTTTTTCTTATAATTACATTTCAAATTATATCATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatg > 1:696324‑M2/3‑111 (MQ=255) ttttACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg < 1:4458‑M2/144‑37 (MQ=255) ggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGt > 1:281432‑M2/99‑144 (MQ=255) ggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcatgatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGaccggct > 1:293608‑M2/99‑141 (MQ=255) tACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 2:486988‑M2/149‑45 (MQ=255) tACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 2:33360‑M2/1‑105 (MQ=255) cgtcgctgtcgttatccatatcggtggatctgcatgacacagtcatcgggcattatctgaacataaaacactttcaataagtaggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTgg < 1:71982‑M2/49‑1 (MQ=255) cgctgtcgtgctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagtttgagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGAt < 1:850139‑M2/52‑1 (MQ=255) tatTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAACCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg < 1:192302‑M2/144‑46 (MQ=255) atTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCCCCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 1:766422‑M2/1‑98 (MQ=255) atTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtacgattgtgtttttgt > 1:732764‑M2/1‑98 (MQ=255) ttAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCCATGGACAATTGTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:677510‑M2/144‑48 (MQ=255) tAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgacttagtggatgattttgtgtttgaggttctc < 2:283826‑M2/149‑54 (MQ=255) gttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTtct < 2:890007‑M2/64‑1 (MQ=255) aCCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACAATTTATTTTTGTAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagggtatgatggtgtttttgaggttctcca < 2:1027619‑M2/149‑56 (MQ=255) tctcaaaatcggtggagtcgcatgacacagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTcc < 2:592771‑M2/66‑1 (MQ=255) tcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGCTTGCGTCATTTCTCCAt > 2:67415‑M2/82‑149 (MQ=255) ttGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggc < 2:933257‑M2/149‑61 (MQ=255) tggcgctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGa < 1:787017‑M2/73‑1 (MQ=255) cGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgctgacttactgatttagtgtatgatgttgtttttgaggttctccagtggcttctg < 1:553412‑M2/144‑66 (MQ=255) aaaatcAGTACACGATTTTCTTATAATTACAATTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgctaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgttt > 1:614133‑M2/3‑76 (MQ=255) tgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTa < 2:987246‑M2/84‑1 (MQ=255) tgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacaccatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTa < 2:273000‑M2/84‑1 (MQ=255) tACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtcc < 2:935300‑M2/149‑82 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCa < 2:844713‑M2/90‑1 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCa < 2:970811‑M2/90‑1 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGGAAAGCTTTACTGTCa > 2:984281‑M2/60‑149 (MQ=255) aaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCAcc > 2:840407‑M2/58‑149 (MQ=255) acTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctc > 2:377221‑M2/1‑65 (MQ=255) tATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcct < 2:875980‑M2/149‑87 (MQ=255) ttttatAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttca > 2:18505‑M2/3‑58 (MQ=255) cgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTACTAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGCGCAAAGCTTtaacgtctgccgc > 1:197194‑M2/50‑138 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGaa < 1:441752‑M2/96‑1 (MQ=255) tataATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgtt > 1:632484‑M2/1‑55 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTGATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTcaca < 2:331695‑M2/103‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATaa > 2:648985‑M2/41‑149 (MQ=255) tACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgac < 2:351169‑M2/149‑101 (MQ=255) cATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacgg < 2:953803‑M2/149‑103 (MQ=255) cATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctact < 1:171186‑M2/144‑98 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGaa > 2:488770‑M2/37‑149 (MQ=255) ttGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccggtggcctctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctacggac < 1:240675‑M2/144‑101 (MQ=255) acataaaacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTCGGAGTAAAGCGTTAAGGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAAc > 2:194787‑M2/36‑149 (MQ=255) taatTATATGATCACCGGGGGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttagtgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggt > 2:5259‑M2/2‑41 (MQ=255) aTTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgc > 2:210214‑M2/1‑39 (MQ=255) ttATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcg < 2:450865‑M2/149‑112 (MQ=255) aacactatcaataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACa > 1:912787‑M2/30‑144 (MQ=255) tataTGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtgg < 1:76967‑M2/144‑108 (MQ=255) cgatctataagtttgagtcattaacTTATCTTTACTAATAATGAGACTAATATTTGCCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAg < 2:115709‑M2/124‑1 (MQ=255) gATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgt > 1:922814‑M2/1‑32 (MQ=255) caacaagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGa < 1:254256‑M2/123‑1 (MQ=255) aataagttggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCtata > 2:74234‑M2/21‑149 (MQ=255) aCCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacg > 1:477416‑M2/1‑28 (MQ=255) aCCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatctagagtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtgcctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaa < 2:714635‑M2/149‑122 (MQ=255) ccGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaa > 2:876925‑M2/1‑27 (MQ=255) aGTGATTGATTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaa > 1:857158‑M2/1‑22 (MQ=255) ggagtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATAtt < 2:784831‑M2/137‑1 (MQ=255) tgattgatTAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagc < 1:639545‑M2/144‑125 (MQ=255) agtcattaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCt > 2:572660‑M2/11‑149 (MQ=255) tgattAATTATCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagttgcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcactgccgga < 2:267474‑M2/149‑134 (MQ=255) attaccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGGGCTATAGCAATATTc > 1:50148‑M2/7‑144 (MQ=255) attaattaTCTTTAggtgatgctgcccaattactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcactgcc < 1:677578‑M2/144‑131 (MQ=255) ttaattaTCTTTAggtggtgctgccaacttactgatttagtgtgtgatggtgtttttgaggttctgcagtggcttctgtttcgatcagctgtccctcctgttcagctactggcggggtggtgcgtaacggcaaaagcactgccg > 1:161396‑M2/1‑13 (MQ=255) ttaattaTCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggctcctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcactgccggacat < 2:934906‑M2/149‑137 (MQ=255) taccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGTTTATGAGCTATAGCAATATTCtt < 1:646412‑M2/140‑1 (MQ=255) taccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCtt > 1:40362‑M2/5‑144 (MQ=255) ccTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATCTTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTg > 2:575240‑M2/3‑149 (MQ=255) aattaTCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcggcttaccctccggttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcactgccggacatcc < 2:245041‑M2/149‑139 (MQ=255) cTTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTc < 1:88927‑M2/143‑1 (MQ=255) ttaTCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcggaacggcaaaagcactgccggaca < 1:426129‑M2/144‑136 (MQ=255) taTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTg < 2:321401/149‑1 (MQ=255) tCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcactgccggacatcagcgct < 2:399047‑M2/149‑144 (MQ=255) tCTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagggtatgatggtgtttttgaggttctccagaggcttctgtgtctatcatctgtccctcctgttcagctgctgacggggtggtgcgtaagggccaaagcactgccggacatcagcgct < 2:247831‑M2/149‑144 (MQ=255) tCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCg > 2:909551/1‑149 (MQ=255) cTTTAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggttctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcactgccggacatcagggcta < 2:113005‑M2/149‑145 (MQ=255) cTTTACTAATACTCAGACTAACATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCAGTAGGAGTACAGCTTTGCTGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATGGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCgg < 2:1035044/149‑1 (MQ=255) tACTAATAAGCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGGTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGTAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTa < 2:309996/149‑1 (MQ=255) | AAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTA > CP009273/1972979‑1973270 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |