| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3661115 = | 88 (1.440) | 4 (0.070) | 4/278 | 8.8 | 5.0% | intergenic (‑175/+36) | gadA/yhjA | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/putative cytochrome C peroxidase |
| ? | CP009273 | 3661143 = | 69 (1.180) | intergenic (‑203/+8) | gadA/yhjA | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/putative cytochrome C peroxidase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAGCGCAG > CP009273/3660967‑3661261 | gCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATaaaaa < 2:888859/149‑1 (MQ=255) cAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAAt < 2:817691/149‑1 (MQ=255) aaatAGGATTTAACCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCaaa < 2:569726/146‑1 (MQ=255) aaGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGc < 1:199494/144‑1 (MQ=255) aaGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCaaa < 2:687947/149‑1 (MQ=255) aGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGcc < 1:733278/144‑1 (MQ=255) aGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGcc < 1:135952/144‑1 (MQ=255) gTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGccc < 1:631953/144‑1 (MQ=255) gaGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACAt < 2:678182/148‑1 (MQ=255) ggATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACATAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTg < 2:107954/149‑1 (MQ=255) ggATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTGAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTg < 2:705936/149‑1 (MQ=255) ggATTTATCCGAAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACACAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACCGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCaaa < 1:928624/144‑1 (MQ=255) gATTTATCCGCAATGGAAGCAAAGCATTACAGGACTAATTTTAATAACAAAATCCTAAGCCGAAAAACGCCTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAAAATTAAAAACAAAATTTATCTCCGTAATAAAAATCGACCCAAc > 1:222840/1‑144 (MQ=255) tagccGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGtt < 2:487641/146‑1 (MQ=255) aTCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGc < 1:295417/144‑1 (MQ=255) aTCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATAGCACAAACATTGCTGTTc > 2:836187/1‑149 (MQ=255) tCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCt < 1:243100/144‑1 (MQ=255) cccGAAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCGTAAGTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCt < 1:418237/143‑1 (MQ=255) cGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCggg > 2:324345/1‑149 (MQ=255) gCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGtt > 1:160849/1‑144 (MQ=255) gCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCAAAGCATTGCTGtt > 1:864518/1‑144 (MQ=255) cAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGAAGAAAAACGACTGTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAACCAGACTTTATTATCGTAGAAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCCGGCg > 2:698246/1‑149 (MQ=255) ggAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGc < 1:813740/144‑1 (MQ=255) aaGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCaaa < 2:256412/149‑1 (MQ=255) aaGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAAGCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGa < 1:73803/144‑1 (MQ=255) aaGCAAGGCAGTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAACACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGa < 1:474853/144‑1 (MQ=255) aacAAGGCAGTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTAAAAAAAAAAAAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGAt < 1:820706/142‑1 (MQ=255) aGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATACTAAAAACAGACTTTATTATCGTACTAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGAt < 1:773500/144‑1 (MQ=255) aaGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGCTCAaattac > 2:430257/1‑148 (MQ=255) aGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCaaa < 1:408916/144‑1 (MQ=255) tACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTTAATACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGCTCAAATTAATTATTGt < 2:658664/149‑1 (MQ=255) gCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCCGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAAGATTGAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTGTc > 2:233775/1‑149 (MQ=255) gCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATCATATTAAAAGCTGACTTTATTATCGTTAAAAGTATCGCCCAAACATTTCTTTTCGCTCGATCAAAGTAATTATCGt < 1:191733/144‑1 (MQ=255) ttAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCCAATTAATTATTGttt > 1:259173/1‑144 (MQ=255) ttAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTAtttttt > 1:432130/1‑144 (MQ=255) tttAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATcc > 1:170807/1‑144 (MQ=255) aaaTAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGc < 1:498998/144‑1 (MQ=255) tAACAAAATTCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACAATTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACgg < 2:62622/149‑1 (MQ=255) tAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCata > 1:451455/1‑144 (MQ=255) tAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACgg < 2:10575/149‑1 (MQ=255) aaCAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCGCAAACATTGCGGTTCGGGCGATCAAATTAATCATAGTTTATCCTGCATATACGGc > 2:142134/1‑149 (MQ=255) aaCAAAATCCTAAGCAGAAAAACAACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAATAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCatat > 1:651375/1‑144 (MQ=255) cAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGCCTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTAGGGCGCTCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCgg > 2:126833/1‑148 (MQ=255) tCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCgt < 1:424107/144‑1 (MQ=255) cTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTCTTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGCGTACAcc > 2:612542/1‑149 (MQ=255) aGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTaca > 1:707103/1‑144 (MQ=255) cAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGtt < 2:932626/149‑1 (MQ=255) cAGAAAAACGACTTTTTATAAGATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACAcc < 1:241608/144‑1 (MQ=255) gAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACAcccc > 1:633616/1‑144 (MQ=255) 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tataaACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTCTCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTAc < 2:713380/149‑1 (MQ=255) tataaACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGaaa < 1:294096/144‑1 (MQ=255) ataaACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAACTTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGGGTGTACACGCCGTTGTTACAGTGCAGGCAAGCTAct > 2:20814/1‑148 (MQ=255) taaACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACGTTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTATACCCCGTTCAGACTGTGCAGGCAAGCTACGa > 2:699666/1‑149 (MQ=255) taaACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCGCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGa < 2:109729/149‑1 (MQ=255) 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ataaAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCCGCTCTTTGCCTACCTg > 1:295556/1‑144 (MQ=255) ataaAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGAGATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCACTGCCTACCTg > 1:762485/1‑144 (MQ=255) ataaAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTCCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAgc < 2:995088/149‑1 (MQ=255) aaaTCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAGCgcag < 2:384097/149‑1 (MQ=255) | GCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATCCTGCATATACGGCGTGTACACCCCGTTCAGACTGTGCAGGAAAGCTACGATATCATCCACATCCTCCTGCGGCAGCTCTTTGCCTACCTGATAGCGCAG > CP009273/3660967‑3661261 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |